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neuroimagen:xnat_pipelines_registro

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neuroimagen:xnat_pipelines_registro [2020/12/11 15:18]
daniel
neuroimagen:xnat_pipelines_registro [2020/12/11 16:25] (current)
daniel [RegisterPETwithMRImatch: llamadas a los pipelets]
Line 60: Line 60:
  
 {{ :neuroimagen:registerpetwithmri-resources_mri.png?nolink |}} {{ :neuroimagen:registerpetwithmri-resources_mri.png?nolink |}}
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 ===== Generación del informe ===== ===== Generación del informe =====
Line 79: Line 81:
  
 **Nota:** Cuando un estudio PET no ha podido emparejarse con uno MRI, el usuario recibe un mensaje de error. Entonces, en el archivo CSV la columna de REGISTRATION_QA aparece vacía (y en MRI_EXPERIMENT_ID un valor que no corresponde a ningún experimento). **Nota:** Cuando un estudio PET no ha podido emparejarse con uno MRI, el usuario recibe un mensaje de error. Entonces, en el archivo CSV la columna de REGISTRATION_QA aparece vacía (y en MRI_EXPERIMENT_ID un valor que no corresponde a ningún experimento).
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 ===== Detalle de la implementación ===== ===== Detalle de la implementación =====
Line 138: Line 142:
  
 **Nota:** Los pipelines de Xnat pueden usar llamadas a funciones Java del /pipeline engine/ para evaluar variables y expresiones y asignar valores a parámetros. En particular, ''fileUtils:getColumn'' y ''fileUtils:GetColumnList'', permiten obtener valores de un campo o de una lista de valores de un /ResultSet/ como el de arriba: **Nota:** Los pipelines de Xnat pueden usar llamadas a funciones Java del /pipeline engine/ para evaluar variables y expresiones y asignar valores a parámetros. En particular, ''fileUtils:getColumn'' y ''fileUtils:GetColumnList'', permiten obtener valores de un campo o de una lista de valores de un /ResultSet/ como el de arriba:
-  ''fileUtils:GetColumn(HOST, USER, PASSWORD, PATH, COLUMN)'' +<code> 
-  ''fileUtils:GetColumnList(HOST, USER, PASSWORD, PATH, COLUMN)''+ fileUtils:GetColumn(HOST, USER, PASSWORD, PATH, COLUMN) 
 + fileUtils:GetColumnList(HOST, USER, PASSWORD, PATH, COLUMN) 
 +</code> 
 Más detalles en el código fuente de [[https://github.com/NrgXnat/pipeline-client/blob/master/src/main/java/org/nrg/pipeline/client/utils/FileUtils.java|FileUtils]]. Más detalles en el código fuente de [[https://github.com/NrgXnat/pipeline-client/blob/master/src/main/java/org/nrg/pipeline/client/utils/FileUtils.java|FileUtils]].
  
Line 260: Line 267:
  fi  fi
 ) )
- 
 </file> </file>
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neuroimagen/xnat_pipelines_registro.1607699933.txt.gz · Last modified: 2020/12/11 15:18 by daniel