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--- neuroimagen:xnat_pipelines_registro [2020/12/11 13:54] – daniel
+++ neuroimagen:xnat_pipelines_registro [2020/12/11 16:25] (current) – [RegisterPETwithMRImatch: llamadas a los pipelets] daniel
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 {{ :neuroimagen:registerpetwithmri-resources_mri.png?nolink |}}
 ===== Generación del informe =====
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 **Nota:** Cuando un estudio PET no ha podido emparejarse con uno MRI, el usuario recibe un mensaje de error. Entonces, en el archivo CSV la columna de REGISTRATION_QA aparece vacía (y en MRI_EXPERIMENT_ID un valor que no corresponde a ningún experimento).
+----
 ===== Detalle de la implementación =====
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 El resultado del pipeline anterior es un archivo JSON (que también es cargado como recurso de la sesión PET en Xnat) con una la estructura similar a las respuestas de los servicios de Xnat, para poder hacer uso después de este mecanismo de consulta; p.ej.
-<code json>
+<code javascript>
 { "ResultSet": {
     "Result":[
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 **Nota:** Los pipelines de Xnat pueden usar llamadas a funciones Java del /pipeline engine/ para evaluar variables y expresiones y asignar valores a parámetros. En particular, ''fileUtils:getColumn'' y ''fileUtils:GetColumnList'', permiten obtener valores de un campo o de una lista de valores de un /ResultSet/ como el de arriba:
-  ''fileUtils:GetColumn(HOST, USER, PASSWORD, PATH, COLUMN)''
+<code>
-  ''fileUtils:GetColumnList(HOST, USER, PASSWORD, PATH, COLUMN)''
+ fileUtils:GetColumn(HOST, USER, PASSWORD, PATH, COLUMN)
+ fileUtils:GetColumnList(HOST, USER, PASSWORD, PATH, COLUMN)
+</code>
 Más detalles en el código fuente de [[https://github.com/NrgXnat/pipeline-client/blob/master/src/main/java/org/nrg/pipeline/client/utils/FileUtils.java|FileUtils]].
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 Primero, hace la consulta a Xnat sobre los experimentos de modalidad (xsiType) ''xnat:mrSessionData'' que se encuentran del mismo sujeto dentro del proyecto. Esto se guarda como un archivo CSV (''mriSessions.csv'').
-Después, ejecuta el script ''matchPETwithMRI.sh' (representado por el recurso del mismo nombre), llamándolo como
+Después, ejecuta el script ''matchPETwithMRI.sh'' (representado por el recurso del mismo nombre), llamándolo como
-<code bash>matchPETwithMRI.sh --PETdate $DATE --MRIrecords mriSessions.csv --outputMatch mriSessionMatch.json</code>
+<code Bash>
+matchPETwithMRI.sh --PETdate $DATE --MRIrecords mriSessions.csv --outputMatch mriSessionMatch.json
+</code>
 donde ''$DATE'' es sustituida por el valor de la fecha de la sesión de PET (dato que Xnat guarda como ''xnat:imageSessionData/date'').
 ++++El código de este script se puede ver a continuación. |
-<file bash matchPETwithMRI.sh>
+<file Bash matchPETwithMRI.sh>
 #!/bin/bash -l
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 El script se llamaría desde la línea de comandos de esta forma:
-<code bash>linkNIIwithTagValue.sh --tag SequenceName --value _tfl3d1_16ns --link sub-XNAT5_S00037_T1w</bash>
+<code Bash>
+linkNIIwithTagValue.sh --tag SequenceName --value _tfl3d1_16ns --link sub-XNAT5_S00037_T1w
+</code>
 El argumento ''--link'' indica el nombre de los enlaces suaves que se crearán en el directorio de trabajo apuntando a los archivos correspondientes (uno con extensión ''nii.gz'' y otro con extensión ''.json'').
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 La llamada al script desde la línea de comandos se haría como sigue:
-<code bash>mkSlicesQAhtm.sh --sid XNAT5_S00037 --wdir ./reg/</bash>
+<code bash>
+mkSlicesQAhtm.sh --sid XNAT5_S00037 --wdir ./reg/
+</code>
 Como se ve, no necesita más información que el ''id'' del sujeto, porque el acceso al resto de la información se hará con rutas relativas a la carpeta de recursos ''MRI''.