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neuroimagen:xnat_apiclient_using2

Ejemplo de automatización con xnatapic - resultados de Freesurfer

El pipeline para procesamiento de Freesurfer en el cluster guarda sus resultados en una carpeta de recursos del experimento llamada FS: en un archivo .tar.gz se guardan todos los resultados comprimidos, y en varios archivos .stat, las estadísticas de ese procesamiento.

Para acceder a estos archivos se puede usar la herramienta get_fsresults de la xnatapic, de este modo:

  • para descargar todos los resultados en el directorio actual
    xnatapic get_fsresults --project_id FStest2 --subject_id F001____ --experiment_id XE0094 --all-tgz
  • para descargar todas las estadísticas en el directorio estadisticas dentro del actual
    xnatapic get_fsresults --project_id FStest2 --subject_id F001____ --experiment_id XNAT_E0094 --all-stats estadisticas
  • para descargar sólo las estadísiticas aseg.stats y wmparc.stats en el directorio ~/freesurfer/estadisticas_F001
    xnatapic get_fsresults --project_id FStest2 --subject_id F001____ --experiment_id XNAT_E0094 --stats aseg.stats,wmparc.stats ~/freesurfer/estadisticas_F001

Notas para extender: Notas para obtener FS metrics del XNAT

neuroimagen/xnat_apiclient_using2.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)