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neuroimagen:xnat_api

Usar la API de XNAT

Uploading Hack

Tengo que separar los DCM por scans. La cosa es que tiene el SeriesNumber en el nombre de arhivo asi que deberia ser simple.

[osotolongo@detritus mopead]$ ls /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/ | awk -F"." '{print $4}' | uniq
10001
11001
12001
13
14001
15001
16001
17
18001
19
20001
21
22001
23001
24001
25001
26
27001
28001
5001
6001
7001
8001
9001

Voy a crear un tgz por cada serie

[osotolongo@detritus mopead]$ for x in `ls /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/ | awk -F"." '{print $4}' | uniq`; do tar czvf tmp/${x}.tgz /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/52JAYALW______.MR.RM_CRANEO_PROT_.${x}.*; done
[osotolongo@detritus mopead]$ ls tmp
10001.tgz  12001.tgz  14001.tgz  16001.tgz  18001.tgz  20001.tgz  22001.tgz  24001.tgz  26.tgz     28001.tgz  6001.tgz  8001.tgz
11001.tgz  13.tgz     15001.tgz  17.tgz     19.tgz     21.tgz     23001.tgz  25001.tgz  27001.tgz  5001.tgz   7001.tgz  9001.tgz

Pero si subo todo esto voy a tener problemas seguro.A verque sirve de aqui,

[osotolongo@detritus mopead]$ for x in `ls /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/ | awk -F"." '{print $4}' | uniq`; do h=$(ls /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/52JAYALW______.MR.RM_CRANEO_PROT_.${x}* | head -n 1); sd=$(dckey -k "SeriesDescription" ${h} 2>&1); d=$(dckey -k "AcquisitionDate" ${h} 2>&1); if [[ $(echo ${d} |grep -v Error) ]]; then echo "${x},${d},${sd}";fi; done 
10001,20180705,mIP_Images(SW)
11001,20180705,SWI_Images
12001,20180705,ep2d_bold_p2_resting_state
14001,20180705,ep2d_fid_basic_bold_p2_AP 
15001,20180705,ep2d_fid_basic_bold_p2_PA 
16001,20180705,asl_3d_tra_iso_3.0_highres
18001,20180705,Perfusion_Weighted
20001,20180705,DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP 
22001,20180705,DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_ADC 
23001,20180705,DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_TRACEW
24001,20180705,DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_FA
25001,20180705,DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_ColFA 
27001,20180705,DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_TENSOR_B0 
28001,20180705,DTIep2d_diff_mddw_4b0_PA
5001,20180705,t1_mprage_sag_p2_iso
6001,20180705,t2_space_dark-fluid_sag_p2_iso
7001,20180705,pd+t2_tse_tra_p2_3mm
8001,20180705,Mag_Images
9001,20180705,Pha_Images

Las demas eries dan errores en los tags, no tienen fecha o no tienen Series Description. Un horror. En fin que guardo esto en un csv y solo subo estos.

[osotolongo@detritus mopead]$ for x in `ls /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/ | awk -F"." '{print $4}' | uniq`; do h=$(ls /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/52JAYALW______.MR.RM_CRANEO_PROT_.${x}* | head -n 1); sd=$(dckey -k "SeriesDescription" ${h} 2>&1); d=$(dckey -k "AcquisitionDate" ${h} 2>&1); if [[ $(echo ${d} |grep -v Error) ]]; then echo "${x},${d},${sd}";fi; done > tmp/infoups.csv

Filtrando la subida

O mejor aun, ya que se los tags (por el protocolo!) que en realidad me interesan, los pongo en un file independiente y solo creo la estructura de estos. Esto es facil porque los tags buenos son igual para cualquier sujeto.

[osotolongo@detritus mopead]$ cat tmp/protocol.csv 
ep2d_bold_p2_resting_state
ep2d_fid_basic_bold_p2_AP 
ep2d_fid_basic_bold_p2_PA 
asl_3d_tra_iso_3.0_highres
DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP 
DTIep2d_diff_mddw_4b0_PA
t1_mprage_sag_p2_iso
t2_space_dark-fluid_sag_p2_iso
[osotolongo@detritus mopead]$ grep -f tmp/protocol.csv tmp/infoups.csv 
12001,ep2d_bold_p2_resting_state
14001,ep2d_fid_basic_bold_p2_AP 
15001,ep2d_fid_basic_bold_p2_PA 
16001,asl_3d_tra_iso_3.0_highres
20001,DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP 
28001,DTIep2d_diff_mddw_4b0_PA
5001,t1_mprage_sag_p2_iso
6001,t2_space_dark-fluid_sag_p2_iso
[osotolongo@detritus mopead]$ grep -f tmp/protocol.csv tmp/infoups.csv > tmp/prot2up.csv

Ahora lo que voy a hacer es preparar la estructura para subir todo junto,

[osotolongo@detritus mopead]$ for x in `awk -F"," '{print $1}' tmp/prot2up.csv`; do mkdir tmp/scans/${x}; done 
[osotolongo@detritus mopead]$ tree tmp/scans/
tmp/scans/
├── 12001
├── 14001
├── 15001
├── 16001
├── 20001
├── 28001
├── 5001
└── 6001
 
8 directories, 0 files
[osotolongo@detritus mopead]$ for x in `awk -F"," '{print $1}' tmp/prot2up.csv`; do cp /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/52JAYALW______.MR.RM_CRANEO_PROT_.${x}.* tmp/scans/${x}; done
[osotolongo@detritus scans]$ cd tmp/scans
[osotolongo@detritus scans]$ [osotolongo@detritus mopead]$ for x in `awk -F"," '{print $1}' tmp/prot2up.csv`; do tar czvf tmp/${x}.tar.gz -C tmp/scans/ ${x}; done

Nota: Esto se tiene que hacer mas rapido pasando el paso de copiar!!!

Comandos simples de gestión

Añadir proyecto, (TestAPI)

$ curl -X PUT -u osotolongo:kaponko http://localhost:8088/data/projects/TestAPI

Añadir sujeto al proyecto, (Test001)

$ curl -X PUT -u osotolongo:kaponko http://localhost:8088/data/projects/TestAPI/subjects/Test001
XNAT_S00010

Subir imagenes. Primero se ha de crear la sesion y el scan,

https://wiki.xnat.org/display/XAPI/Upload+Image+Session+Files+with+REST+API

Ahora si, a subir,

$ f=$(ls /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/ | head -n 1); d=$(dckey -k "AcquisitionDate" /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/${f} 2>&1); echo $d
20180705
$ f=$(ls /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/ | head -n 1); pid=$(dckey -k "PatientID" /nas/corachan/MOPEAD/52JAYALW/${f} 2>&1 | sed 's/^[ \t]*$//'); echo $pid
D18318024
 
$ curl -X PUT -u osotolongo:kaponko http://localhost:8088/data/projects/TestAPI/subjects/Test001/experiments/"${pid}"?xnat:mrSessionData/date="${d}"
$ for x in `awk -F"," '{print $1}' tmp/prot2up.csv`; do curl -X PUT -u osotolongo:kaponko http://localhost:8088/data/projects/TestAPI/subjects/Test001/experiments/"${pid}"/scans/"${x}"?xsiType=xnat:mrScanData; done]$ for l in `cat tmp/prot2up.csv`; do x=$(echo ${l} |awk -F"," '{print $1}'); tag=$(echo ${l} |awk -F"," '{print $2}'); curl -X PUT -u osotolongo:kaponko "http://localhost:8088/data/projects/TestAPI/subjects/Test001/experiments/${pid}/scans/${x}?xsiType=xnat:mrScanData&xnat:mrScanData/series_description=${tag}&xnat:imageScanData/quality=usable&xnat:imageScanData/type=${tag}"; done
$ for x in `awk -F"," '{print $1}' tmp/prot2up.csv`; do curl -X PUT -u osotolongo:kaponko http://localhost:8088/data/projects/TestAPI/subjects/Test001/experiments/"${pid}"/scans/"${x}"/resources/DICOM/?format=DICOM; done
$ for x in `awk -F"," '{print $1}' tmp/prot2up.csv`; do curl -X PUT -u osotolongo:kaponko http://localhost:8088/data/projects/TestAPI/subjects/Test001/experiments/"${pid}"/scans/"${x}"/resources/DICOM/files?extract=true -F "file.tar.gz=@tmp/"${x}".tar.gz"; done

Nota: Hacer scripting de esto y ya tengo el primer paso de la pipeline v0.4, upload_subject

El código, en forma de script, sería así:

neuroimagen/xnat_api.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)