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neuroimagen:tau_analysis_refact

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neuroimagen:tau_analysis_refact [2022/07/28 09:13]
osotolongo [Problemas y Workarounds]
neuroimagen:tau_analysis_refact [2022/11/10 13:56] (current)
osotolongo [FSGA]
Line 1913: Line 1913:
 $ xnat_pullcl.pl -x f5cehbi -o f5cehbi_fbb_cl.csv $ xnat_pullcl.pl -x f5cehbi -o f5cehbi_fbb_cl.csv
 $ sed 's/;/,/g;s/Subject/PSubject/' f5cehbi_fbb_cl.csv > f5cehbi_fbb_cl_lone.csv $ sed 's/;/,/g;s/Subject/PSubject/' f5cehbi_fbb_cl.csv > f5cehbi_fbb_cl_lone.csv
-$ join -t, -1 2 -2 1 codes_sorted.csv f5cehbi_fbb_cl_lone.csv > f5cehbi_fbb_ok.csv+$ (head -n 1 f5cehbi_fbb_cl_lone.csv && tail -n +2 f5cehbi_fbb_cl_lone.csv | sort -t,) > f5cehbi_fbb_cl_lone_sorted.csv 
 +$ join -t, -1 2 -2 1 codes_sorted.csv f5cehbi_fbb_cl_lone_sorted.csv > f5cehbi_fbb_ok.csv
 $ (head -n 1 f5cehbi_fbb_ok.csv && tail -n +2 f5cehbi_fbb_ok.csv | sort -t, -k 2) > f5cehbi_fbb_resorted.csv $ (head -n 1 f5cehbi_fbb_ok.csv && tail -n +2 f5cehbi_fbb_ok.csv | sort -t, -k 2) > f5cehbi_fbb_resorted.csv
 $ join -t, -1 1 -2 2 f5cehbi_tau_suvr_pi2620_unc_tracer.csv f5cehbi_fbb_resorted.csv > comp_fbb_pi2620.csv $ join -t, -1 1 -2 2 f5cehbi_tau_suvr_pi2620_unc_tracer.csv f5cehbi_fbb_resorted.csv > comp_fbb_pi2620.csv
Line 2020: Line 2021:
 </code> </code>
  
-**RO948**+++++ **RO948** |
  
 | braak 1 || braak 2 | | braak 1 || braak 2 |
Line 2028: Line 2029:
 | braak 5 || braak 6 | | braak 5 || braak 6 |
 | {{:neuroimagen:fbb_ro948_local_braak_5.png?600|}} || {{:neuroimagen:fbb_ro948_local_braak_6.png?600|}} | | {{:neuroimagen:fbb_ro948_local_braak_5.png?600|}} || {{:neuroimagen:fbb_ro948_local_braak_6.png?600|}} |
 +++++
  
-**PI2620**+++++ **PI2620** |
  
 | braak 1 || braak 2 | | braak 1 || braak 2 |
Line 2038: Line 2040:
 | {{:neuroimagen:fbb_pi2620_local_braak_5.png?600|}} || {{:neuroimagen:fbb_pi2620_local_braak_6.png?600|}} | | {{:neuroimagen:fbb_pi2620_local_braak_5.png?600|}} || {{:neuroimagen:fbb_pi2620_local_braak_6.png?600|}} |
  
 +++++
  
 Si quiero comparar los tracers entre ellos, Si quiero comparar los tracers entre ellos,
Line 2266: Line 2269:
                 ${ANTS_PATH}/antsApplyTransforms -d 3 -r ${wdir}/${id}_struc.nii.gz -i ${x%.nii.gz}_reg_croped.nii.gz -t ${wdir}/${id}_cropedToFixed_0GenericAffine.mat -o ${x%.nii.gz}_reg.nii.gz;                 ${ANTS_PATH}/antsApplyTransforms -d 3 -r ${wdir}/${id}_struc.nii.gz -i ${x%.nii.gz}_reg_croped.nii.gz -t ${wdir}/${id}_cropedToFixed_0GenericAffine.mat -o ${x%.nii.gz}_reg.nii.gz;
 </code> </code>
 +
 +Todo el codigo en github, tanto [[https://github.com/asqwerty666/acenip/blob/main/bin/tau_proc.pl|para el wrapper]] como [[https://github.com/asqwerty666/acenip/blob/main/bin/tau_reg.sh|para el script de registro]].
  
   * **Las imagenes con poca informacion (con poca o ninguna captacion) tienes problemas para registrarse correctamente a espacio nativo MRI. Esto es particularmente cierto para PI2620, donde la señal es muy baja. Para RO948 la señal es mas fuerte y se aprecian mejor los matices, dando mas informacion y facilitando el registro.**   * **Las imagenes con poca informacion (con poca o ninguna captacion) tienes problemas para registrarse correctamente a espacio nativo MRI. Esto es particularmente cierto para PI2620, donde la señal es muy baja. Para RO948 la señal es mas fuerte y se aprecian mejor los matices, dando mas informacion y facilitando el registro.**
Line 2299: Line 2304:
 ${FSLDIR}/bin/fslmaths ${tmp_dir}/rois/icgm_masked.nii.gz -kernel gauss 3.3973 -fmean -thr 0.7 -bin ${tmp_dir}/rois/icgm.nii.gz ${FSLDIR}/bin/fslmaths ${tmp_dir}/rois/icgm_masked.nii.gz -kernel gauss 3.3973 -fmean -thr 0.7 -bin ${tmp_dir}/rois/icgm.nii.gz
 </code> </code>
 +
 +===== FSGA =====
 +
 +
 +Para hacer el archivo principal del analisis SBM, voy a añadir las covariables. La edad y el genero puedo sacarlos de XNAT. Luego he de ir pegando archivos,
 +
 +<code bash>
 + $ join -t, f5cehbi_tau_suvr_pi2620_unc_icgm.csv f5cehbi_age_gender_recoded_sorted.csv > f5cehbi_unc_covs.csv
 +</code>
 +
 +para lograr un archivo con este formato,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@brick03 fsga]$ head f5cehbi_unc_covs.csv
 +Subject,braak_1,braak_2,braak_3,braak_4,braak_5,braak_6,extra,AGE,Gender
 +0065,1.89537957199309,1.36073293452894,1.92020844877494,1.88817601591982,2.08289077909769,1.75747791947603,1.4028012031543,74.7,2
 +0070,0.935908461890794,0.872846276787541,1.04387128228284,1.09844634695409,1.15393097798958,1.01620313973646,0.822044288302219,66.4,1
 +0074,1.09330958102051,0.621896466311178,0.87135791910626,0.979736826194312,1.00314766091566,0.972597967319522,0.761565234181486,72.7,2
 +0075,0.920501428843966,0.899281738999484,1.12014603844927,1.29233468764307,1.24634622596148,1.10127253846343,0.911070304464376,71.4,1
 +0077,1.01453341640456,0.895199397062266,1.07513513726626,1.20334944569985,1.24142400884331,1.10915864591335,0.806642437912619,74.1,1
 +0081,0.893958373845497,1.01441844592613,1.09955643311136,1.13720575703509,1.26856292004374,1.25774989729188,0.761363147503239,70.6,1
 +0083,1.11738653957562,0.863383448881703,1.09900763626122,1.12559774574884,1.31892444435365,1.30752258555954,0.933675941180505,75.8,2
 +0085,1.13475873873386,1.64498323110215,1.27987508437459,1.40300220404692,1.6178920664913,1.3331126537738,1.31511774746641,72.8,1
 +0086,1.50160642584409,1.36626632369982,1.44629967994608,1.32724721966787,1.45714468139895,1.3348357481023,1.1177271105864,74.3,1
 +</code>
 +
 +
 +y ahora, el listado de variables es,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@brick03 fsga]$ head -n 1 f5cehbi_unc_covs.csv | sed 's/,/\n/g' | cat -n
 +     1 Subject
 +     2 braak_1
 +     3 braak_2
 +     4 braak_3
 +     5 braak_4
 +     6 braak_5
 +     7 braak_6
 +     8 extra
 +     9 AGE
 +    10 Gender
 +</code>
 +
 +asi que para braak 1 hacemos,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@brick03 fsga]$ tail -n +2 f5cehbi_unc_covs.csv | awk -F',' '{print "Input f5cehbi_"$1" Main "$9" "$10" "$2}' | sed '1iVariables Age Gender SUVR' > braak1_unc_body.dat
 +[osotolongo@brick03 fsga]$ head braak1_unc_body.dat
 +Variables Age Gender SUVR
 +Input f5cehbi_0065 Main 74.7 2 1.89537957199309
 +Input f5cehbi_0070 Main 66.4 1 0.935908461890794
 +Input f5cehbi_0074 Main 72.7 2 1.09330958102051
 +Input f5cehbi_0075 Main 71.4 1 0.920501428843966
 +Input f5cehbi_0077 Main 74.1 1 1.01453341640456
 +Input f5cehbi_0081 Main 70.6 1 0.893958373845497
 +Input f5cehbi_0083 Main 75.8 2 1.11738653957562
 +Input f5cehbi_0085 Main 72.8 1 1.13475873873386
 +Input f5cehbi_0086 Main 74.3 1 1.50160642584409
 +[osotolongo@brick03 fsga]$ cat header_braak1.txt braak1_unc_body.dat > braak1_unc.fsgd
 +[osotolongo@brick03 fsga]$ head  braak1_unc.fsgd
 +GroupDescriptorFile 1
 +Title FACEHBIV5_Braak_1
 +Class Main
 +Variables Age Gender SUVR
 +Input f5cehbi_0065 Main 74.7 2 1.89537957199309
 +Input f5cehbi_0070 Main 66.4 1 0.935908461890794
 +Input f5cehbi_0074 Main 72.7 2 1.09330958102051
 +Input f5cehbi_0075 Main 71.4 1 0.920501428843966
 +Input f5cehbi_0077 Main 74.1 1 1.01453341640456
 +Input f5cehbi_0081 Main 70.6 1 0.893958373845497
 +
 +</code>
 +
  
neuroimagen/tau_analysis_refact.1658999597.txt.gz · Last modified: 2022/07/28 09:13 by osotolongo