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neuroimagen:tau_analysis_refact

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neuroimagen:tau_analysis_refact [2022/07/28 09:09]
osotolongo [Problemas y Workarounds]
neuroimagen:tau_analysis_refact [2022/07/28 09:34]
osotolongo [Problemas y Workarounds]
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 ==== Problemas y Workarounds ==== ==== Problemas y Workarounds ====
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   * **Las imagenes PET estan hechas muy ajustadas, practicamente desde la base del craneo (ver imagenes abajo). Las imagenes MRI son ma generosas y tienen mas de la mitad del cuello. El algoritmo de registro (script antsRegistrationSyNQuick.sh) tiene problemas con esto y muchas veces no logra registrar correctamente.**   * **Las imagenes PET estan hechas muy ajustadas, practicamente desde la base del craneo (ver imagenes abajo). Las imagenes MRI son ma generosas y tienen mas de la mitad del cuello. El algoritmo de registro (script antsRegistrationSyNQuick.sh) tiene problemas con esto y muchas veces no logra registrar correctamente.**
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                 ${ANTS_PATH}/antsApplyTransforms -d 3 -r ${wdir}/${id}_struc.nii.gz -i ${x%.nii.gz}_reg_croped.nii.gz -t ${wdir}/${id}_cropedToFixed_0GenericAffine.mat -o ${x%.nii.gz}_reg.nii.gz;                 ${ANTS_PATH}/antsApplyTransforms -d 3 -r ${wdir}/${id}_struc.nii.gz -i ${x%.nii.gz}_reg_croped.nii.gz -t ${wdir}/${id}_cropedToFixed_0GenericAffine.mat -o ${x%.nii.gz}_reg.nii.gz;
 </code> </code>
 +
 +Todo el codigo en github, tanto [[https://github.com/asqwerty666/acenip/blob/main/bin/tau_proc.pl|para el wrapper]] como [[https://github.com/asqwerty666/acenip/blob/main/bin/tau_reg.sh|para el script de registro]].
  
   * **Las imagenes con poca informacion (con poca o ninguna captacion) tienes problemas para registrarse correctamente a espacio nativo MRI. Esto es particularmente cierto para PI2620, donde la señal es muy baja. Para RO948 la señal es mas fuerte y se aprecian mejor los matices, dando mas informacion y facilitando el registro.**   * **Las imagenes con poca informacion (con poca o ninguna captacion) tienes problemas para registrarse correctamente a espacio nativo MRI. Esto es particularmente cierto para PI2620, donde la señal es muy baja. Para RO948 la señal es mas fuerte y se aprecian mejor los matices, dando mas informacion y facilitando el registro.**
neuroimagen/tau_analysis_refact.txt · Last modified: 2022/11/10 13:56 by osotolongo