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--- neuroimagen:pipe05 [2022/01/12 10:10]
osotolongo [Extraer resultados]
+++ neuroimagen:pipe05 [2022/05/02 08:34] (current)
osotolongo [Dependencias]
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== Pipeline de Procesamiento de FACE v0.5 ======
-Nueva version en etapa de planificacion.
 ===== Porque una nueva version? =====
-  * // Introducir containers. Preparar el pipeline para utilizarlo en Microsoft Azure, AWS o similar. Todas las llamadas a FSL, Freesurfer o ANTs deben sustituirse por una llamada a containers. // **Nota: De momento no parece ser necesario y los containers de FSL o Fs pueden ser mas complicados de lo que parecen** DELETEME
   * <del>Modularizacion de las llamadas a SLURM. Los script sbatch han de crearse y lanzarse a traves del modulo SLURM.pm. Deben reescribirse los scripts.</del> DONE ([[neuroimagen:neuro4.pm|Modulos del pipeline]])
   * Reparalelizar los procesos de registro, y extraccion de metricas PET en modulos mas pequeños :?:
@@ Line 13: / Line 11: @@
   * <del>Usar Freesurfer 7.2 [[https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ReleaseNotes|Release Notes]]</del> DONE ([[neuroimagen:freesurfer7|Update Freesurfer 7.2]])
-===== TODO =====
-  - acenip Containers? DELETEME
-{{ :neuroimagen:map_container_build.png?600 |}}
 ===== Dependencias =====
@@ Line 28: / Line 22: @@
   * fmriprep: https://fmriprep.org/en/stable/
   * dicom3tools: https://www.dclunie.com/dicom3tools.html (//no estrictamente necesario pero conveniente//)
-  * xnatapic: https://github.com/asqwerty666/xnatapic (para las operaciones con XNAT)
+  * xnatapic: https://github.com/asqwerty666/xnatapic (para las operaciones con XNAT). Intentando eliminar estas dependencias
 ===== DB =====
@@ Line 2092: / Line 2086: @@
 [osotolongo@brick03 facehbi]$ for x in `cat xnat_pet_experiments.list`; do xnatapic run_pipeline --project_id facehbi --pipeline RegisterPETwithMRImatch --experiment_id ${x}; done
 </code>
+==== Extraer resultados ====
+La idea fundamental aqui es obtener los valores de SUVR y centiloide calculados en XNAT. Estos pueden obtenerse con,
+<code bash>
+$ xnatapic get_registration_report --project_id f5cehbi --output xnat_pet_results.csv
+</code>
+y esto vamos a limpiarlo un poco,
+<code bash>
+$ awk -F"," '{print $2","$6","$7}' xnat_pet_results.csv | sed 's/"//g' | tail -n +2 | sort -t, -k 1 > pet.results
+</code>
+La lista de sujetos del proyecto se obtiene con,
+<code bash>
+$  xnatapic list_subjects --project_id f5cehbi --label > xnat_subjects.list
+</code>
+Esto se puede ordenar rapidamente haciendo,
+<code bash>
+$ sort -t, -k 1 xnat_subjects.list > xnat_subjects_sorted.list
+</code>
+Y entonces podemos integrar los ID de proyecto con los resultaos, a traves de los ID de XNAT, y seleccionar los datos que queremos guardar,
+<code bash>
+$ join -t, xnat_subjects_sorted.list pet.results | sort -t, -k 2 | awk -F"," '{if ($3) print $2";"$3";"$4}' | sed '1iSubject;SUVR;Centiloid'"
+</code>
+Todo esto se resume en el script [[https://github.com/asqwerty666/acenip/blob/main/bin/xnat_pullcl.pl | xnat_pullcl.pl]]. Los archivos intermedios se borran una vez que se obtienen los resultados. Las opciones son,
+  * -p : nombre del proyecto en XNAT, se ignora si existe //-x//. Solo existe por compatibilidad.
+  * -x : nombre del proyecto en XNAT
+  * -o : archivo de salida (default STDOUT)
@@ Line 2348: / Line 2381: @@
 </code>
-y para cada experiento gurdamos los resultados del analisis de FS en un directorio,
+y para cada experiento guardamos los resultados del analisis de FS en un directorio,
 <code perl>
@@ Line 2364: / Line 2397: @@
 my $fsout = $fsoutput.'/fsrecon';
 make_path $fsout;
-</code perl>
+</code>
 podemos utilizar las sintaxis de la funcion //fs_file_metrics()// almacenadas en [[neuroimagen:neuro4.pm#fsmetricspm|FSMetrics.pm]]. //L ultima version actualizada, siempre [[https://github.com/asqwerty666/acenip/blob/main/lib/FSMetrics.pm|en github]]//.

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