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neuroimagen:pipe05 [2022/01/12 10:07] osotolongo [Segmentación Freesurfer] |
neuroimagen:pipe05 [2022/05/02 08:34] (current) osotolongo [Dependencias] |
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====== Pipeline de Procesamiento de FACE v0.5 ====== | ====== Pipeline de Procesamiento de FACE v0.5 ====== | ||
- | Nueva version en etapa de planificacion. | ||
===== Porque una nueva version? ===== | ===== Porque una nueva version? ===== | ||
- | * // Introducir containers. Preparar el pipeline para utilizarlo en Microsoft Azure, AWS o similar. Todas las llamadas a FSL, Freesurfer o ANTs deben sustituirse por una llamada a containers. // **Nota: De momento no parece ser necesario y los containers de FSL o Fs pueden ser mas complicados de lo que parecen** DELETEME | ||
* < | * < | ||
* Reparalelizar los procesos de registro, y extraccion de metricas PET en modulos mas pequeños :?: | * Reparalelizar los procesos de registro, y extraccion de metricas PET en modulos mas pequeños :?: | ||
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* < | * < | ||
- | ===== TODO ===== | ||
- | - acenip Containers? DELETEME | ||
- | |||
- | {{ : | ||
===== Dependencias ===== | ===== Dependencias ===== | ||
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* fmriprep: https:// | * fmriprep: https:// | ||
* dicom3tools: | * dicom3tools: | ||
- | * xnatapic: https:// | + | * xnatapic: https:// |
===== DB ===== | ===== DB ===== | ||
Line 506: | Line 500: | ||
[[neuroimagen: | [[neuroimagen: | ||
- | ===== Bajar proyecto de XNAT ===== | + | ==== Bajar proyecto de XNAT ==== |
Una a vez procesada la segmentación de Freesurfer, si queremos hacer algo mas complejo, hemos de bajar ordenadamente el directorio de procesamiento de cada sujeto. El primer paso sería crear el proyecto local, pero no es necesario (al menos en principio) identificar la posicion de las imagenes RAW. Es decir que practicamente se puede hacer a mano a partir del listado de XNAT. | Una a vez procesada la segmentación de Freesurfer, si queremos hacer algo mas complejo, hemos de bajar ordenadamente el directorio de procesamiento de cada sujeto. El primer paso sería crear el proyecto local, pero no es necesario (al menos en principio) identificar la posicion de las imagenes RAW. Es decir que practicamente se puede hacer a mano a partir del listado de XNAT. | ||
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[osotolongo@brick03 facehbi]$ for x in `cat xnat_pet_experiments.list`; | [osotolongo@brick03 facehbi]$ for x in `cat xnat_pet_experiments.list`; | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | ==== Extraer resultados ==== | ||
+ | |||
+ | La idea fundamental aqui es obtener los valores de SUVR y centiloide calculados en XNAT. Estos pueden obtenerse con, | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ xnatapic get_registration_report --project_id f5cehbi --output xnat_pet_results.csv | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | y esto vamos a limpiarlo un poco, | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ awk -F"," | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | La lista de sujetos del proyecto se obtiene con, | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ xnatapic list_subjects --project_id f5cehbi --label > xnat_subjects.list | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Esto se puede ordenar rapidamente haciendo, | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ sort -t, -k 1 xnat_subjects.list > xnat_subjects_sorted.list | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Y entonces podemos integrar los ID de proyecto con los resultaos, a traves de los ID de XNAT, y seleccionar los datos que queremos guardar, | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ join -t, xnat_subjects_sorted.list pet.results | sort -t, -k 2 | awk -F"," | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Todo esto se resume en el script [[https:// | ||
+ | |||
+ | * -p : nombre del proyecto en XNAT, se ignora si existe //-x//. Solo existe por compatibilidad. | ||
+ | * -x : nombre del proyecto en XNAT | ||
+ | * -o : archivo de salida (default STDOUT) | ||
+ | |||
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- | ==== Extraer resultados ==== | ||
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- | La idea fundamental aqui es obtener los valores de SUVR y centiloide calculados en XNAT. Estos pueden obtenerse con, | ||
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- | <code bash> | ||
- | $ xnatapic get_registration_report --project_id f5cehbi --output xnat_pet_results.csv | ||
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- | y esto vamos a limpiarlo un poco, | ||
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- | <code bash> | ||
- | $ awk -F"," | ||
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- | La lista de sujetos del proyecto se obtiene con, | ||
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- | <code bash> | ||
- | $ xnatapic list_subjects --project_id f5cehbi --label > xnat_subjects.list | ||
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- | Esto se puede ordenar rapidamente haciendo, | ||
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- | <code bash> | ||
- | $ sort -t, -k 1 xnat_subjects.list > xnat_subjects_sorted.list | ||
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- | Y entonces podemos integrar los ID de proyecto con los resultaos, a traves de los ID de XNAT, y seleccionar los datos que queremos guardar, | ||
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- | <code bash> | ||
- | $ join -t, xnat_subjects_sorted.list pet.results | sort -t, -k 2 | awk -F"," | ||
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- | Todo esto se resume en el script [[https:// | ||
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- | * -p : nombre del proyecto en XNAT, se ignora si existe //-x//. Solo existe por compatibilidad. | ||
- | * -x : nombre del proyecto en XNAT | ||
- | * -o : archivo de salida (default STDOUT) | ||
===== PET-tau ===== | ===== PET-tau ===== | ||
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</ | </ | ||
- | y para cada experiento | + | y para cada experiento |
<code perl> | <code perl> | ||
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my $fsout = $fsoutput.'/ | my $fsout = $fsoutput.'/ | ||
make_path $fsout; | make_path $fsout; | ||
- | </ | + | </ |
podemos utilizar las sintaxis de la funcion // | podemos utilizar las sintaxis de la funcion // |