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--- neuroimagen:pipe04_user [2020/03/22 11:21]
osotolongo [TRACULA]
+++ neuroimagen:pipe04_user [2021/08/13 13:25] (current)
osotolongo
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== ACE Pipeline (v0.4.0) ======
-{{ :neuroimagen:img-20200320-wa0010.jpg?200|imagen original de un whatsapp de Pablo}}
+{{ :neuroimagen:user_help.png?200|imagen original de un whatsapp de Pablo}}
-__User Guide__
+__User Guide__ ([[neuroimagen:pipe04_user_en|en ingles]] :WIP:)
 La versión 0.4  del pipeline incluye algunas ventajas,
@@ Line 16: / Line 16: @@
 ===== Creando el proyecto =====
-Primero asegurarnos de que el direcotrio donde hemos de crear el proyecto existe y tenemos acceso a el.
+Primero asegurarnos de que el directorio donde hemos de crear el proyecto existe y tenemos acceso a el.
 <code bash>
@@ Line 273: / Line 273: @@
   * -h : Imprime la ayuda en pantalla
 ====QC====
-Trasel registro es necesario realizar una inspeccion visual para descartar los sujetos erroneos,
+Tras el registro es necesario realizar una inspeccion visual para descartar los sujetos erroneos,
 <code bash>
 $ make_dti_report.pl facehbi
@@ Line 513: / Line 513: @@
 [fsluser@FSLVm7_64 ~]$ freeview -v /usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz /nas/data/subjects/tractest_0004/dmri/mni/dtifit_FA.bbr.nii.gz &
 </code>
-{{ :neuroimagen:2020-03-22-121518_grim.png?200 |}}
+{{ :neuroimagen:2020-03-22-121518_grim.png?500 |}}
+Lo que hacemos es incluir una herramienta de //report// al estilo de FSL,
+<code bash>
+[tester@detritus tractest]$ ctrac_report.pl tractest
+</code>
+que produce un report grupal en el directorio //ctrac_report//
+{{ :neuroimagen:2020-03-22-175326_grim.png?500 |}}
 ===== fMRI =====
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 ==== fmriprep ====
-Para ejecutar el preprocesado de las imágenes fMRI disponemos de //fmriprep//. Para paralelizar la ejecución se jecuta el script //dfmriprep.pl//.
+Para ejecutar el preprocesado de las imágenes fMRI disponemos de //fmriprep//. Para paralelizar la ejecución se jecuta el script //sfmriprep.pl//.
 Opciones:
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 <code bash>
-[osotolongo@detritus mopead]$ dfmriprep.pl -st -cut test_fmri.txt mopead
+[osotolongo@detritus mopead]$ sfmriprep.pl -st -cut test_fmri.txt mopead
 Submitted batch job 128285
 Submitted batch job 128286
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 </code>
-Una vez arrglados los erroresse puede volver a correr //pet2bids.pl//. Es bastante rápido asi que no vale la pena  ser selectivo.
+Una vez arreglados los errores se puede volver a correr //pet2bids.pl//. Es bastante rápido asi que no vale la pena  ser selectivo.
 ==== Registro ====
-El registro de los PET a espacio nativo T1 se hace para cada serie de 4min y despues se haya el valor medio de estas. Esto se hace ahora con ANTS, asi que demora un rato
+El registro de los PET a espacio nativo T1 se hace para cada serie de 4min y despues se haya el valor medio de estas. Esto se hace ahora con ANTS, asi que demora un rato FIXME
 <code bash>
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 {{:neuroimagen:2019-12-28-181049_grim.png|}}
-Se presenta el registro de la imagen corregiday tambien el de los cuatro slices tomados para conformar esta imagen. Encaso de haber alguno erroneo, habria que eliminar este slice manualmente.
+Se presenta el registro de la imagen corregida y tambien el de los cuatro slices tomados para conformar esta imagen. Encaso de haber alguno erroneo, habria que eliminar este slice manualmente.
 ==== SUVR y Centiloide ====

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