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--- neuroimagen:pipe04_user [2020/03/20 17:28]
osotolongo [TRACULA]
+++ neuroimagen:pipe04_user [2021/08/13 13:25] (current)
osotolongo
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== ACE Pipeline (v0.4.0) ======
-__User Guide__
+{{ :neuroimagen:user_help.png?200|imagen original de un whatsapp de Pablo}}
+__User Guide__ ([[neuroimagen:pipe04_user_en|en ingles]] :WIP:)
 La versión 0.4  del pipeline incluye algunas ventajas,
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 **Importante:**
 Para manejar el cluster se usa [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|slurm]]. Usando //squeue// y //scancel// se puede encontrar y eliminar cualquier tarea que se haya lanzado. Una explicación simple de estas herramientas se puede ver en [[:cluster|Como usar el cluster sin morir en el intento]].
 ===== Creando el proyecto =====
-Primero asegurarnos de que el direcotrio donde hemos de crear el proyecto existe y tenemos acceso a el.
+Primero asegurarnos de que el directorio donde hemos de crear el proyecto existe y tenemos acceso a el.
 <code bash>
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   * -h : Imprime la ayuda en pantalla
 ====QC====
-Trasel registro es necesario realizar una inspeccion visual para descartar los sujetos erroneos,
+Tras el registro es necesario realizar una inspeccion visual para descartar los sujetos erroneos,
 <code bash>
 $ make_dti_report.pl facehbi
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 trac_step2.post.txt  trac_step2.pre.txt  trac_step2.txt
 </code>
-y se enviaran tres emails de aviso, uno por cada etapa que termine. La primera etapa es muy rapida, pero la segunda es extremadamente larga (aqui es donde se hace el trabajo) y la tercera es tambien relativamente rapida.
+y se enviaran tres emails de aviso, uno por cada etapa que termine. La primera y tercera etapas son rapidas, pero la segunda es extremadamente larga (aqui es donde se hace el trabajo).
 .- El siguiente paso es el [[https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FDT/UserGuide#PROBTRACKX_-_probabilistic_tracking_with_crossing_fibres|PROBTRAC]],
+<code bash>
+[tester@detritus tractest]$ ctrac_path.pl tractest
+INFO: SUBJECTS_DIR is /nas/data/subjects
+INFO: Diffusion root is /nas/data/subjects
+Actual FREESURFER_HOME /nas/usr/local/opt/freesurfer
+Submitted batch job 134822
+Submitted batch job 134823
+Submitted batch job 134824
+Submitted batch job 134825
+Submitted batch job 134826
+Submitted batch job 134827
+</code>
+Aqui se genera el archivo //trac_step3.txt// y se ejecutan las ordenes que contiene. Demora un ratejo pero nada exagerado.
+.- Posteriormente se ejcutael procesamiento estadistico.
+<code bash>
+[tester@detritus tractest]$ ctrac_stat.pl tractest
+INFO: SUBJECTS_DIR is /nas/data/subjects
+INFO: Diffusion root is /nas/data/subjects
+Actual FREESURFER_HOME /nas/usr/local/opt/freesurfer
+Submitted batch job 134828
+Submitted batch job 134829
+Submitted batch job 134830
+Submitted batch job 134831
+Submitted batch job 134832
+Submitted batch job 134833
+Submitted batch job 134834
+Submitted batch job 134835
+Submitted batch job 134836
+Submitted batch job 134837
+Submitted batch job 134838
+Submitted batch job 134839
+Submitted batch job 134840
+Submitted batch job 134841
+Submitted batch job 134842
+Submitted batch job 134843
+Submitted batch job 134844
+Submitted batch job 134845
+Submitted batch job 134846
+</code>
+Estrictamente este paso no es necesario pero puede ser util y es muy rapido. Se genera el archivo //trac_step4.txt// y se ejecutan en el cluster las ordenes que contiene. Aqui se recopilan las estadisticas **grupales** de los tractos calculados y se alamacenan en el directorio //stats// dentro del directorio principal del proyecto.
+.- Por ultimo, queremos los valores medios  de //FA// y //MD// en cada tracto y cada sujeto, dentro de una tabla,
+<code bash>
+[tester@detritus tractest]$ ctrac_metrics.pl tractest
+Collecting needed files
+tar: Removing leading `/' from member names
+</code>
+Esto es solo un parser y produce como resultado el archivo //proj_dti_tracula.csv//,
+<code bash>
+[tester@detritus tractest]$ head tractest_dti_tracula.csv
+Subject;fmajor_FA;fmajor_MD;fminor_FA;fminor_MD;lh.atr_FA;lh.atr_MD;lh.cab_FA;lh.cab_MD;lh.ccg_FA;lh.ccg_MD;lh.cst_FA;lh.cst_MD;lh.ilf_FA;lh.ilf_MD;lh.slfp_FA;lh.slfp_MD;lh.slft_FA;lh.slft_MD;lh.unc_FA;lh.unc_MD;rh.atr_FA;rh.atr_MD;rh.cab_FA;rh.cab_MD;rh.ccg_FA;rh.ccg_MD;rh.cst_FA;rh.cst_MD;rh.ilf_FA;rh.ilf_MD;rh.slfp_FA;rh.slfp_MD;rh.slft_FA;rh.slft_MD;rh.unc_FA;rh.unc_MD
+;0.520145;0.000843642;0.410587;0.00081121;0.391214;0.000774988;0.377662;0.00081455;0.487602;0.000783913;0.455246;0.000763673;0.419238;0.000839407;0.38455;0.00077119;0.399054;0.00079663;0.384662;0.000819744;0.404623;0.000769576;0.34408;0.000861059;0.448894;0.000788219;0.453546;0.000795844;0.411876;0.000899053;0.374587;0.000811536;0.389295;0.000819078;0.347546;0.000849276
+;0.596899;0.000820075;0.475061;0.000804296;0.40034;0.000754748;0.304636;0.000869977;0.542709;0.000784643;0.495381;0.000739234;0.483681;0.000785939;0.453369;0.000727648;0.452678;0.000749013;0.417608;0.000767704;0.392618;0.000788396;0.368962;0.000829129;0.46229;0.000752411;0.493338;0.000771179;0.473559;0.000834579;0.440308;0.000755965;0.437991;0.000774135;0.407445;0.000797903
+;0.527555;0.00105621;0.428527;0.000852201;0.39575;0.000822193;0.301705;0.000881434;0.496036;0.000806009;0.490595;0.000764855;0.472789;0.000899013;0.43059;0.000784625;0.450091;0.000799839;0.382866;0.000849374;0.372634;0.000825224;0.345963;0.000865059;0.518088;0.000821214;0.499748;0.00078346;0.423711;0.00094588;0.401581;0.000826089;0.399061;0.000828376;0.354049;0.000894577
+;0.669996;0.000783834;0.488369;0.000810749;0.446545;0.000758311;0.372283;0.000817222;0.559518;0.000752429;0.532042;0.000731524;0.54095;0.000753004;0.450834;0.000735433;0.471832;0.000730669;0.426412;0.000810054;0.457772;0.000766213;0.387319;0.000801796;0.510041;0.000753322;0.516689;0.000753535;0.478745;0.000788816;0.492937;0.000804665;0.446911;0.000782436;0.43206;0.000821713
+;0.517881;0.000847023;0.431189;0.000811166;0.422534;0.000738637;0.340224;0.000875277;0.432297;0.000770767;0.501685;0.000754257;0.446785;0.000832244;0.422139;0.000721088;0.451182;0.000742156;0.388619;0.000804834;0.406584;0.000775454;0.327958;0.000909032;0.374263;0.000797442;0.514622;0.000779207;0.417395;0.000865411;0.414617;0.000784126;0.450303;0.000790643;0.381713;0.000834836
+</code>
+Este es el archivo con los resultados finales y ya está listo para [[neuroimagen:dando_formato_a_las_resultados|formatearse]] correctamente.
+**Importante:**
+Comprobar que el registro se ha hecho satisfactoriamente,
+<code bash>
+[fsluser@FSLVm7_64 ~]$ freeview -v /usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz /nas/data/subjects/tractest_0004/dmri/mni/dtifit_FA.bbr.nii.gz &
+</code>
+{{ :neuroimagen:2020-03-22-121518_grim.png?500 |}}
+Lo que hacemos es incluir una herramienta de //report// al estilo de FSL,
+<code bash>
+[tester@detritus tractest]$ ctrac_report.pl tractest
+</code>
+que produce un report grupal en el directorio //ctrac_report//
+{{ :neuroimagen:2020-03-22-175326_grim.png?500 |}}
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 ==== fmriprep ====
-Para ejecutar el preprocesado de las imágenes fMRI disponemos de //fmriprep//. Para paralelizar la ejecución se jecuta el script //dfmriprep.pl//.
+Para ejecutar el preprocesado de las imágenes fMRI disponemos de //fmriprep//. Para paralelizar la ejecución se jecuta el script //sfmriprep.pl//.
 Opciones:
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 <code bash>
-[osotolongo@detritus mopead]$ dfmriprep.pl -st -cut test_fmri.txt mopead
+[osotolongo@detritus mopead]$ sfmriprep.pl -st -cut test_fmri.txt mopead
 Submitted batch job 128285
 Submitted batch job 128286
@@ Line 747: / Line 831: @@
 </code>
-Una vez arrglados los erroresse puede volver a correr //pet2bids.pl//. Es bastante rápido asi que no vale la pena  ser selectivo.
+Una vez arreglados los errores se puede volver a correr //pet2bids.pl//. Es bastante rápido asi que no vale la pena  ser selectivo.
 ==== Registro ====
-El registro de los PET a espacio nativo T1 se hace para cada serie de 4min y despues se haya el valor medio de estas. Esto se hace ahora con ANTS, asi que demora un rato
+El registro de los PET a espacio nativo T1 se hace para cada serie de 4min y despues se haya el valor medio de estas. Esto se hace ahora con ANTS, asi que demora un rato FIXME
 <code bash>
@@ Line 787: / Line 871: @@
 {{:neuroimagen:2019-12-28-181049_grim.png|}}
-Se presenta el registro de la imagen corregiday tambien el de los cuatro slices tomados para conformar esta imagen. Encaso de haber alguno erroneo, habria que eliminar este slice manualmente.
+Se presenta el registro de la imagen corregida y tambien el de los cuatro slices tomados para conformar esta imagen. Encaso de haber alguno erroneo, habria que eliminar este slice manualmente.
 ==== SUVR y Centiloide ====

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