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neuroimagen:pipe04_user

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neuroimagen:pipe04_user [2020/03/22 11:07]
osotolongo [TRACULA]
neuroimagen:pipe04_user [2020/11/27 15:01]
osotolongo [Registro]
Line 3: Line 3:
 {{ :neuroimagen:img-20200320-wa0010.jpg?200|imagen original de un whatsapp de Pablo}}  {{ :neuroimagen:img-20200320-wa0010.jpg?200|imagen original de un whatsapp de Pablo}} 
  
-__User Guide__ +__User Guide__ ([[neuroimagen:pipe04_user_en|en ingles]] :WIP:)
  
 La versión 0.4  del pipeline incluye algunas ventajas, La versión 0.4  del pipeline incluye algunas ventajas,
Line 16: Line 16:
 ===== Creando el proyecto ===== ===== Creando el proyecto =====
  
-Primero asegurarnos de que el direcotrio donde hemos de crear el proyecto existe y tenemos acceso a el. +Primero asegurarnos de que el directorio donde hemos de crear el proyecto existe y tenemos acceso a el. 
  
 <code bash> <code bash>
Line 273: Line 273:
   * -h : Imprime la ayuda en pantalla    * -h : Imprime la ayuda en pantalla 
 ====QC==== ====QC====
-Trasel registro es necesario realizar una inspeccion visual para descartar los sujetos erroneos,+Tras el registro es necesario realizar una inspeccion visual para descartar los sujetos erroneos,
 <code bash> <code bash>
 $ make_dti_report.pl facehbi $ make_dti_report.pl facehbi
Line 506: Line 506:
  
 Este es el archivo con los resultados finales y ya está listo para [[neuroimagen:dando_formato_a_las_resultados|formatearse]] correctamente. Este es el archivo con los resultados finales y ya está listo para [[neuroimagen:dando_formato_a_las_resultados|formatearse]] correctamente.
 +
 +**Importante:**
 +
 +Comprobar que el registro se ha hecho satisfactoriamente,
 +<code bash>
 +[fsluser@FSLVm7_64 ~]$ freeview -v /usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz /nas/data/subjects/tractest_0004/dmri/mni/dtifit_FA.bbr.nii.gz &
 +</code>
 +{{ :neuroimagen:2020-03-22-121518_grim.png?500 |}}
 +
 +Lo que hacemos es incluir una herramienta de //report// al estilo de FSL,
 +
 +<code bash>
 +[tester@detritus tractest]$ ctrac_report.pl tractest
 +</code>
 +
 +que produce un report grupal en el directorio //ctrac_report//
 +
 +{{ :neuroimagen:2020-03-22-175326_grim.png?500 |}}
 +
  
 ===== fMRI ===== ===== fMRI =====
Line 566: Line 585:
 ==== fmriprep ==== ==== fmriprep ====
  
-Para ejecutar el preprocesado de las imágenes fMRI disponemos de //fmriprep//. Para paralelizar la ejecución se jecuta el script //dfmriprep.pl//.+Para ejecutar el preprocesado de las imágenes fMRI disponemos de //fmriprep//. Para paralelizar la ejecución se jecuta el script //sfmriprep.pl//.
  
 Opciones: Opciones:
Line 576: Line 595:
  
 <code bash> <code bash>
-[osotolongo@detritus mopead]$ dfmriprep.pl -st -cut test_fmri.txt mopead+[osotolongo@detritus mopead]$ sfmriprep.pl -st -cut test_fmri.txt mopead
 Submitted batch job 128285 Submitted batch job 128285
 Submitted batch job 128286 Submitted batch job 128286
Line 812: Line 831:
 </code> </code>
  
-Una vez arrglados los erroresse puede volver a correr //pet2bids.pl//. Es bastante rápido asi que no vale la pena  ser selectivo.+Una vez arreglados los errores se puede volver a correr //pet2bids.pl//. Es bastante rápido asi que no vale la pena  ser selectivo.
  
 ==== Registro ==== ==== Registro ====
  
-El registro de los PET a espacio nativo T1 se hace para cada serie de 4min y despues se haya el valor medio de estas. Esto se hace ahora con ANTS, asi que demora un rato+El registro de los PET a espacio nativo T1 se hace para cada serie de 4min y despues se haya el valor medio de estas. Esto se hace ahora con ANTS, asi que demora un rato FIXME
  
 <code bash> <code bash>
neuroimagen/pipe04_user.txt · Last modified: 2021/08/13 13:25 by osotolongo