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neuroimagen:pipe04_user

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neuroimagen:pipe04_user [2020/03/22 10:35]
osotolongo [ACE Pipeline (v0.4.0)]
neuroimagen:pipe04_user [2021/08/13 13:25]
osotolongo
Line 1: Line 1:
 ====== ACE Pipeline (v0.4.0) ====== ====== ACE Pipeline (v0.4.0) ======
  
-{{ :neuroimagen:img-20200320-wa0010.jpg?200|imagen original de un whatsapp de Pablo}} +{{ :neuroimagen:user_help.png?200|imagen original de un whatsapp de Pablo}} 
  
-__User Guide__ +__User Guide__ ([[neuroimagen:pipe04_user_en|en ingles]] :WIP:)
  
 La versión 0.4  del pipeline incluye algunas ventajas, La versión 0.4  del pipeline incluye algunas ventajas,
Line 16: Line 16:
 ===== Creando el proyecto ===== ===== Creando el proyecto =====
  
-Primero asegurarnos de que el direcotrio donde hemos de crear el proyecto existe y tenemos acceso a el. +Primero asegurarnos de que el directorio donde hemos de crear el proyecto existe y tenemos acceso a el. 
  
 <code bash> <code bash>
Line 273: Line 273:
   * -h : Imprime la ayuda en pantalla    * -h : Imprime la ayuda en pantalla 
 ====QC==== ====QC====
-Trasel registro es necesario realizar una inspeccion visual para descartar los sujetos erroneos,+Tras el registro es necesario realizar una inspeccion visual para descartar los sujetos erroneos,
 <code bash> <code bash>
 $ make_dti_report.pl facehbi $ make_dti_report.pl facehbi
Line 456: Line 456:
 </code> </code>
  
-Aqui se genera el archivo //trac_step3.txt// y se ejecutan las ordenes que contiene.+Aqui se genera el archivo //trac_step3.txt// y se ejecutan las ordenes que contiene. Demora un ratejo pero nada exagerado. 
 + 
 +4.- Posteriormente se ejcutael procesamiento estadistico. 
 + 
 +<code bash> 
 +[tester@detritus tractest]$ ctrac_stat.pl tractest 
 +INFO: SUBJECTS_DIR is /nas/data/subjects 
 +INFO: Diffusion root is /nas/data/subjects 
 +Actual FREESURFER_HOME /nas/usr/local/opt/freesurfer 
 +Submitted batch job 134828 
 +Submitted batch job 134829 
 +Submitted batch job 134830 
 +Submitted batch job 134831 
 +Submitted batch job 134832 
 +Submitted batch job 134833 
 +Submitted batch job 134834 
 +Submitted batch job 134835 
 +Submitted batch job 134836 
 +Submitted batch job 134837 
 +Submitted batch job 134838 
 +Submitted batch job 134839 
 +Submitted batch job 134840 
 +Submitted batch job 134841 
 +Submitted batch job 134842 
 +Submitted batch job 134843 
 +Submitted batch job 134844 
 +Submitted batch job 134845 
 +Submitted batch job 134846 
 +</code> 
 +Estrictamente este paso no es necesario pero puede ser util y es muy rapido. Se genera el archivo //trac_step4.txt// y se ejecutan en el cluster las ordenes que contiene. Aqui se recopilan las estadisticas **grupales** de los tractos calculados y se alamacenan en el directorio //stats// dentro del directorio principal del proyecto. 
 + 
 +5.- Por ultimo, queremos los valores medios  de //FA// y //MD// en cada tracto y cada sujeto, dentro de una tabla, 
 + 
 +<code bash> 
 +[tester@detritus tractest]$ ctrac_metrics.pl tractest 
 +Collecting needed files 
 +tar: Removing leading `/' from member names 
 +</code> 
 +Esto es solo un parser y produce como resultado el archivo //proj_dti_tracula.csv//, 
 +<code bash> 
 +[tester@detritus tractest]$ head tractest_dti_tracula.csv 
 +Subject;fmajor_FA;fmajor_MD;fminor_FA;fminor_MD;lh.atr_FA;lh.atr_MD;lh.cab_FA;lh.cab_MD;lh.ccg_FA;lh.ccg_MD;lh.cst_FA;lh.cst_MD;lh.ilf_FA;lh.ilf_MD;lh.slfp_FA;lh.slfp_MD;lh.slft_FA;lh.slft_MD;lh.unc_FA;lh.unc_MD;rh.atr_FA;rh.atr_MD;rh.cab_FA;rh.cab_MD;rh.ccg_FA;rh.ccg_MD;rh.cst_FA;rh.cst_MD;rh.ilf_FA;rh.ilf_MD;rh.slfp_FA;rh.slfp_MD;rh.slft_FA;rh.slft_MD;rh.unc_FA;rh.unc_MD 
 +0004;0.520145;0.000843642;0.410587;0.00081121;0.391214;0.000774988;0.377662;0.00081455;0.487602;0.000783913;0.455246;0.000763673;0.419238;0.000839407;0.38455;0.00077119;0.399054;0.00079663;0.384662;0.000819744;0.404623;0.000769576;0.34408;0.000861059;0.448894;0.000788219;0.453546;0.000795844;0.411876;0.000899053;0.374587;0.000811536;0.389295;0.000819078;0.347546;0.000849276 
 +0015;0.596899;0.000820075;0.475061;0.000804296;0.40034;0.000754748;0.304636;0.000869977;0.542709;0.000784643;0.495381;0.000739234;0.483681;0.000785939;0.453369;0.000727648;0.452678;0.000749013;0.417608;0.000767704;0.392618;0.000788396;0.368962;0.000829129;0.46229;0.000752411;0.493338;0.000771179;0.473559;0.000834579;0.440308;0.000755965;0.437991;0.000774135;0.407445;0.000797903 
 +0028;0.527555;0.00105621;0.428527;0.000852201;0.39575;0.000822193;0.301705;0.000881434;0.496036;0.000806009;0.490595;0.000764855;0.472789;0.000899013;0.43059;0.000784625;0.450091;0.000799839;0.382866;0.000849374;0.372634;0.000825224;0.345963;0.000865059;0.518088;0.000821214;0.499748;0.00078346;0.423711;0.00094588;0.401581;0.000826089;0.399061;0.000828376;0.354049;0.000894577 
 +0059;0.669996;0.000783834;0.488369;0.000810749;0.446545;0.000758311;0.372283;0.000817222;0.559518;0.000752429;0.532042;0.000731524;0.54095;0.000753004;0.450834;0.000735433;0.471832;0.000730669;0.426412;0.000810054;0.457772;0.000766213;0.387319;0.000801796;0.510041;0.000753322;0.516689;0.000753535;0.478745;0.000788816;0.492937;0.000804665;0.446911;0.000782436;0.43206;0.000821713 
 +0067;0.517881;0.000847023;0.431189;0.000811166;0.422534;0.000738637;0.340224;0.000875277;0.432297;0.000770767;0.501685;0.000754257;0.446785;0.000832244;0.422139;0.000721088;0.451182;0.000742156;0.388619;0.000804834;0.406584;0.000775454;0.327958;0.000909032;0.374263;0.000797442;0.514622;0.000779207;0.417395;0.000865411;0.414617;0.000784126;0.450303;0.000790643;0.381713;0.000834836 
 +</code> 
 + 
 +Este es el archivo con los resultados finales y ya está listo para [[neuroimagen:dando_formato_a_las_resultados|formatearse]] correctamente. 
 + 
 +**Importante:** 
 + 
 +Comprobar que el registro se ha hecho satisfactoriamente, 
 +<code bash> 
 +[fsluser@FSLVm7_64 ~]$ freeview -v /usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz /nas/data/subjects/tractest_0004/dmri/mni/dtifit_FA.bbr.nii.gz & 
 +</code> 
 +{{ :neuroimagen:2020-03-22-121518_grim.png?500 |}} 
 + 
 +Lo que hacemos es incluir una herramienta de //report// al estilo de FSL, 
 + 
 +<code bash> 
 +[tester@detritus tractest]$ ctrac_report.pl tractest 
 +</code> 
 + 
 +que produce un report grupal en el directorio //ctrac_report// 
 + 
 +{{ :neuroimagen:2020-03-22-175326_grim.png?500 |}}
  
  
Line 518: Line 585:
 ==== fmriprep ==== ==== fmriprep ====
  
-Para ejecutar el preprocesado de las imágenes fMRI disponemos de //fmriprep//. Para paralelizar la ejecución se jecuta el script //dfmriprep.pl//.+Para ejecutar el preprocesado de las imágenes fMRI disponemos de //fmriprep//. Para paralelizar la ejecución se jecuta el script //sfmriprep.pl//.
  
 Opciones: Opciones:
Line 528: Line 595:
  
 <code bash> <code bash>
-[osotolongo@detritus mopead]$ dfmriprep.pl -st -cut test_fmri.txt mopead+[osotolongo@detritus mopead]$ sfmriprep.pl -st -cut test_fmri.txt mopead
 Submitted batch job 128285 Submitted batch job 128285
 Submitted batch job 128286 Submitted batch job 128286
Line 764: Line 831:
 </code> </code>
  
-Una vez arrglados los erroresse puede volver a correr //pet2bids.pl//. Es bastante rápido asi que no vale la pena  ser selectivo.+Una vez arreglados los errores se puede volver a correr //pet2bids.pl//. Es bastante rápido asi que no vale la pena  ser selectivo.
  
 ==== Registro ==== ==== Registro ====
  
-El registro de los PET a espacio nativo T1 se hace para cada serie de 4min y despues se haya el valor medio de estas. Esto se hace ahora con ANTS, asi que demora un rato+El registro de los PET a espacio nativo T1 se hace para cada serie de 4min y despues se haya el valor medio de estas. Esto se hace ahora con ANTS, asi que demora un rato FIXME
  
 <code bash> <code bash>
Line 804: Line 871:
 {{:neuroimagen:2019-12-28-181049_grim.png|}} {{:neuroimagen:2019-12-28-181049_grim.png|}}
  
-Se presenta el registro de la imagen corregiday tambien el de los cuatro slices tomados para conformar esta imagen. Encaso de haber alguno erroneo, habria que eliminar este slice manualmente.+Se presenta el registro de la imagen corregida y tambien el de los cuatro slices tomados para conformar esta imagen. Encaso de haber alguno erroneo, habria que eliminar este slice manualmente.
 ==== SUVR y Centiloide ==== ==== SUVR y Centiloide ====
  
neuroimagen/pipe04_user.txt · Last modified: 2021/08/13 13:25 by osotolongo