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neuroimagen:pipe03

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neuroimagen:pipe03 [2019/04/30 09:52]
osotolongo [PET-FBB]
neuroimagen:pipe03 [2020/08/04 10:58] (current)
Line 131: Line 131:
 Los archivos de //DTI// deben estar almacenados en el directorio //dti// dentro del directorio del proyecto y en formato NIfTI-1. Deben ademas ser nombrados de acuerdo a la base de datos del proyecto. El archivo //mop0001sXXXX.nii.gz// (las X son cualquier numero) es el correspondiente a la linea //0001;mop// de la base de datos. Deben existir ademas los archivos //mop0001sXXXX.bval// y //mop0001sXXXX.bvec//. En caso de tenerlo, el archivo //mop0001_p2a_b0.nii.gz//, permite hacer correccion de susceptibilidad.  Los archivos de //DTI// deben estar almacenados en el directorio //dti// dentro del directorio del proyecto y en formato NIfTI-1. Deben ademas ser nombrados de acuerdo a la base de datos del proyecto. El archivo //mop0001sXXXX.nii.gz// (las X son cualquier numero) es el correspondiente a la linea //0001;mop// de la base de datos. Deben existir ademas los archivos //mop0001sXXXX.bval// y //mop0001sXXXX.bvec//. En caso de tenerlo, el archivo //mop0001_p2a_b0.nii.gz//, permite hacer correccion de susceptibilidad. 
  
-De cara al cluster, hay dos maneras de ejecutar el procesamiento DTI. Los scripts //dti_reg.pl// y //dti_reg_split.pl// hacen exactamente lo mismo pero mientras el primero lanza todas las tareas en el mismo trabajo, el segundo lanza una tarea por trabajo permitiendo un control individual del proceso de cada sujeto a cambio de velocidad de procesamiento. Dependiendo de las opciones, la cantidad de sujetos y los fallos que se obtenga en el proceso es preferible uno o el otro. +El registro DTI se ejecuta con el scripts //dti_reg.pl//. Las opciones son, 
- +
-Las opciones son, +
   * //-cut//, (Ver [[neuroimagen:pipe03#opciones_comunes|Opciones comunes]])    * //-cut//, (Ver [[neuroimagen:pipe03#opciones_comunes|Opciones comunes]]) 
   * //-nocorr//, no realiza correciones (para cuando no existe el //P>>A//   * //-nocorr//, no realiza correciones (para cuando no existe el //P>>A//
Line 141: Line 139:
  
 <code bash> <code bash>
-dti_reg_split -nocorr -cut soloestos.csv facehbi+dti_reg.pl -nocorr -cut soloestos.csv facehbi
 </code> </code>
  
 procesara los sujetos contenidos en el archivo //soloestos.csv// que pertenezcan al proyecto //facehbi// sin realizar correciones por suceptibilidad. procesara los sujetos contenidos en el archivo //soloestos.csv// que pertenezcan al proyecto //facehbi// sin realizar correciones por suceptibilidad.
 +
 +**Report aqui** FIXME
  
 Los valores de FA y MD se obtienen ejecutando //dti_metrics.pl//. Este script calcula, y envia la tabla por email, estos valores en las regiones de referencia definidos por los [[https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Atlases|atlas de la JHU]]. Los valores de FA y MD se obtienen ejecutando //dti_metrics.pl//. Este script calcula, y envia la tabla por email, estos valores en las regiones de referencia definidos por los [[https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Atlases|atlas de la JHU]].
Line 297: Line 297:
 Esta herramienta se creo ustilizando el estudio FACEHBI como piloto. El procedimiento sigue las lineas de este estudio. Se reciben 4 imagenes, cada una integrando 5 minutos. Las imagenes se coregistran independientemente al espacio del sujeto y se luego promedian.  Esta herramienta se creo ustilizando el estudio FACEHBI como piloto. El procedimiento sigue las lineas de este estudio. Se reciben 4 imagenes, cada una integrando 5 minutos. Las imagenes se coregistran independientemente al espacio del sujeto y se luego promedian. 
  
-** El analisis de FBB está integrado en el cluster y ahora utiliza SLURM ** por lo que puede controlarse con las herramientas +** El analisis de FBB está integrado en el cluster y ahora utiliza SLURM ** por lo que puede controlarse con las herramientas correspondientes.  
 Para ello, Para ello,
  
Line 365: Line 366:
  
 Los resultados de cada sujeto quedan en //working/rs.gica/groupmelodic.ica/ // y el informe en //working/rs.gica/groupmelodic.ica/report/00index.html// Los resultados de cada sujeto quedan en //working/rs.gica/groupmelodic.ica/ // y el informe en //working/rs.gica/groupmelodic.ica/report/00index.html//
 +
 +==== fmriprep ====
 ===== Opciones comunes ===== ===== Opciones comunes =====
  
neuroimagen/pipe03.1556617940.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:45 (external edit)