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El corregistro de los PIB tiene algunos problemas que pueden solucionarse haciendolo de varios métodos distintos y comprobando visualmente el resultado.

1. Corregistro sin extracción de cerebro
2. Corregistro con extracción de cerebro
3. Corregistro con threshold

Este es el más simple y sólo se necesita que exista la MRI del sujeto.

$order ="get_subj_pib.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse;

get_subj_pib.sh

#Now get the corrected PETs and register to MRI
${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet
${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_pet -omat ${dir}/${id}_tmp_pet2struc.mat -out ${dir}/${id}_pet_in_struc

Aquí se necesita además que el cerebro se haya extraído correctamente.

$order ="get_subj_std.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse;

get_subj_pib.sh

#Now get the corrected PETs and register to MRI
${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet
${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_brain -in ${dir}/${id}_pet -omat ${dir}/${id}_tmp_pet2struc.mat -out ${dir}/${id}_pet_in_struc

En caso de fallar los anteriores se recorta el PIB por debajo de un % de intensidad. Normalmente con un 10% la cosa funciona.

$order ="get_subj_mask.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse." ".$cuts{$subject};

get_subj_mask.sh

${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet
if [ $treshold = 0 ] ; then
	${FSLDIR}/bin/fslmaths ${dir}/${id}_pet -thr ${treshold} -bin ${dir}/${id}_tmp_pet_mask
else
	${FSLDIR}/bin/fslmaths ${dir}/${id}_pet -thrP ${treshold} -bin ${dir}/${id}_tmp_pet_mask
fi
${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_tmp_pet_mask -omat ${dir}/${id}_tmp_pet -dof 9
${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_pet -applyxfm -init ${dir}/${id}_tmp_pet -out ${dir}/${id}_pet_in_struc