User Tools

Site Tools


neuroimagen:pib_troubles

Problemas de Corregistro

El corregistro de los PIB tiene algunos problemas que pueden solucionarse haciendolo de varios métodos distintos y comprobando visualmente el resultado.

  1. Corregistro sin extracción de cerebro
  2. Corregistro con extracción de cerebro
  3. Corregistro con threshold
Corregistro sin extracción de cerebro

Este es el más simple y sólo se necesita que exista la MRI del sujeto.

$order ="get_subj_pib.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse;
get_subj_pib.sh
#Now get the corrected PETs and register to MRI
${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet
${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_pet -omat ${dir}/${id}_tmp_pet2struc.mat -out ${dir}/${id}_pet_in_struc
Corregistro con extracción de cerebro

Aquí se necesita además que el cerebro se haya extraído correctamente.

$order ="get_subj_std.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse;
get_subj_pib.sh
#Now get the corrected PETs and register to MRI
${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet
${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_brain -in ${dir}/${id}_pet -omat ${dir}/${id}_tmp_pet2struc.mat -out ${dir}/${id}_pet_in_struc
Corregistro con threshold

En caso de fallar los anteriores se recorta el PIB por debajo de un % de intensidad. Normalmente con un 10% la cosa funciona.

$order ="get_subj_mask.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse." ".$cuts{$subject};
get_subj_mask.sh
${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet
if [ $treshold = 0 ] ; then
	${FSLDIR}/bin/fslmaths ${dir}/${id}_pet -thr ${treshold} -bin ${dir}/${id}_tmp_pet_mask
else
	${FSLDIR}/bin/fslmaths ${dir}/${id}_pet -thrP ${treshold} -bin ${dir}/${id}_tmp_pet_mask
fi
${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_tmp_pet_mask -omat ${dir}/${id}_tmp_pet -dof 9
${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_pet -applyxfm -init ${dir}/${id}_tmp_pet -out ${dir}/${id}_pet_in_struc
neuroimagen/pib_troubles.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)