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neuroimagen:md_nph

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neuroimagen:md_nph [2021/10/18 14:59]
osotolongo [Implementación] 		neuroimagen:md_nph [2021/10/19 09:04]
osotolongo [Uso]
Line 45: Line 45:
 asi que todo deberia ser sencillo. asi que todo deberia ser sencillo.
  
-Ok. Pero no tan sencillo. :-P+Ok. Pero no taaaan sencillo. :-P
  
 Antes que nada, no voy a sacar el valor medio de toda la imagen MD sino de la porcion correspondiente a la WM. Es decir, que tengo que empezar por hacer una mascara de la WM. Es to no deberia ser dificil si reutilizo el //aseg// de FS, Antes que nada, no voy a sacar el valor medio de toda la imagen MD sino de la porcion correspondiente a la WM. Es decir, que tengo que empezar por hacer una mascara de la WM. Es to no deberia ser dificil si reutilizo el //aseg// de FS,
Line 70: Line 70:
 </code> </code>
  
 +{{ :neuroimagen:wm_mask.png?400 |}}
 Pero ojo, que esa mascara esta en espacio nativo T1, asi que tendria que hacer algo como, Pero ojo, que esa mascara esta en espacio nativo T1, asi que tendria que hacer algo como,
  
 <code bash> <code bash>
-antsApplyTransforms -d 3 -i ${tmp_dir}/wm_mask.nii.gz -r ${tmp_dir}/hifi_b0.nii.gz -t ${fslmaths '.$wm_mask_pre.' -thr 0.5 '.$wm_mask_indtitmp_dir}/${subject}_epi_reg_ANTS.mat -o ${tmp_dir}/wm_tmp.nii.gz+antsApplyTransforms -d 3 -i ${tmp_dir}/wm_mask.nii.gz -r ${tmp_dir}/hifi_b0.nii.gz -t ${tmp_dir}/$subject_epi_reg_ANTS.mat -n GenericLabel -o ${tmp_dir}/wm_tmp.nii.gz
 </code> </code>
  
-y ahora a esto hay que hacerle un //treshold//, 
  
-<code bash> +La mascara resultante hay que aplicarla a la imagen MD,
-fslmaths ${tmp_dir}/wm_tmp.nii.gz -thr 0.5 ${tmp_dir}/wm_mask.nii.gz +
-</code>+
  
-La mascar resultante hay que aplicarla a la imagen MD y a esta ultima imagen es a la que hay que sacarle el histograma.+{{ :neuroimagen:wm_mask_indti.png?400 |}}
  
-:WIP:+y a esta ultima imagen,
  
-Primero leo la DB del proyecto y por cada unos de las imagenes MD que he llegado a procesar ejecuto el procedimiento anterior,+{{ :neuroimagen:dti_md_masked.png?400 |}} 
 + 
 +es a la que hay que sacarle el histograma.
  
 <code perl> <code perl>
-foreach my $subject (@dtis){ + 
-        my $dti_md = $w_dir.'/'.$subject.'_dti_MD.nii.gz'; +                my $order = $ENV{'FSLDIR'}.'/bin/fslstats '.$dti_md_masked.' -l 0 -u '.$up_threshold.' -h '.$nbins;
-        if($subject and -e $dti_md){ +
-                my $order = $ENV{'FSLDIR'}.'/bin/fslstats '.$dti_md.' -l 0 -u '.$up_threshold.' -h '.$nbins;+
                 my @shist = qx/$order/;                 my @shist = qx/$order/;
-                chomp @shist; 
-                push @allsums, sum(@shist); 
-                $nph{$subject} = max(@shist); 
-        } 
-} 
 </code> </code>
  
-ahora, el valor para normalizar es el medio de todas las areas,+ahora, el valor para normalizar es el numero de voxels de la mascara de WM
  
 <code perl> <code perl>
-my $norm = sum(@allsums)/scalar(@allsums);+                $order = $ENV{'FSLDIR'}.'/bin/fslstats '.$dti_md_masked.' -V'; 
 +                my $oout =  qx/$order/; 
 +                my @gout = split ' ', $oout; 
 +                my $norm = $gout[0]; 
 </code> </code>
  
-y saco todo por //STDOUT//,+y todo esto se guarda,
  
 <code perl> <code perl>
-print "Subject,NPH\n";+                $nph{$subject}{'sum'} = sum(@shist); 
 +                $nph{$subject}{'norm'} = $norm; 
 +                $nph{$subject}{'max'} = max(@shist); 
 +</code> 
 + 
 +para escribirlo luego, 
 + 
 +<code perl> 
 +open ODF, ">$ofile"; 
 +print ODF "Subject,NPH\n";
 foreach my $subject (sort keys %nph){ foreach my $subject (sort keys %nph){
-        my $nphv = $nph{$subject}/$norm; +        my $nphv = $nph{$subject}{'max'}/$nph{$subject}{'norm'}; 
-        print "$subject,$nphv\n";+        print ODF "$subject,$nphv\n";
 } }
 +close ODF;
 </code> </code>
  
Line 124: Line 131:
  
 <code bash> <code bash>
-[osotolongo@brick03 nph]$ ./nph.pl bioface > nph.csv+[osotolongo@brick03 nph]$ ./nph.pl bioface  
 +[osotolongo@brick03 nph]$ head ../bioface_normalised_peak_height.csv 
 +Subject,NPH 
 +0002,0.142459141831309 
 +0003,0.101291664281762 
 +0004,0.128800261523374 
 +0005,0.131614509246088 
 +0006,0.116625745352508 
 +0007,0.142582104338399 
 +0008,0.140059946569362 
 +0009,0.129072904095975 
 +0010,0.12497310864109
 [osotolongo@brick03 nph]$ sed 's/;/,/;1iSubject,Subject_ID' ../bioface_mri.csv > bioface_codes.csv [osotolongo@brick03 nph]$ sed 's/;/,/;1iSubject,Subject_ID' ../bioface_mri.csv > bioface_codes.csv
-[osotolongo@brick03 nph]$ join -t, -j 1 bioface_codes.csv nph.csv | awk -F"," '{print $2","$3}' | csvsort -c 1 > normalised_peak_height.csv +[osotolongo@brick03 nph]$ join -t, -j 1 bioface_codes.csv ../bioface_normalised_peak_height.csv | awk -F"," '{print $2","$3}' | csvsort -c 1 > nph_sorted.csv 
-[osotolongo@brick03 nph]$ head normalised_peak_height.csv+[osotolongo@brick03 nph]$ head nph_sorted.csv
 Subject_ID,NPH Subject_ID,NPH
-B002,0.0731249323687369 +B002,0.142459141831309 
-B003,0.0732767676009448 +B003,0.101291664281762 
-B004,0.0745456763272544 +B004,0.128800261523374 
-B005,0.0746812434988687 +B005,0.131614509246088 
-B006,0.0697899799470258 +B006,0.116625745352508 
-B007,0.0788675577583173 +B007,0.142582104338399 
-B008,0.0932810594443464 +B008,0.140059946569362 
-B009,0.0787428359604322 +B009,0.129072904095975 
-B010,0.0681414831401963+B010,0.12497310864109 
 </code> </code>
  
 **Nota:** Para simplificar he usado //csvsort// de [[https://csvkit.readthedocs.io/en/latest/ | csvkit ]] pero tambien se puede dar una vuelta y usar //gnu sort//. **Nota:** Para simplificar he usado //csvsort// de [[https://csvkit.readthedocs.io/en/latest/ | csvkit ]] pero tambien se puede dar una vuelta y usar //gnu sort//.
neuroimagen/md_nph.txt · Last modified: 2021/10/19 09:04 by osotolongo

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