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neuroimagen:fs_long_analysis

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neuroimagen:fs_long_analysis [2020/08/04 10:58]
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neuroimagen:fs_long_analysis [2020/08/16 10:25] (current)
osotolongo [Paired Analysis]
Line 2: Line 2:
  
 https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LongitudinalProcessing https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LongitudinalProcessing
 +
 +https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LongitudinalStatistics
  
 Tengo dos puntos del proyecto FACEHBI asi que puedo hacer un proyecto longitudinal (apenas). A tener en cuenta, Tengo dos puntos del proyecto FACEHBI asi que puedo hacer un proyecto longitudinal (apenas). A tener en cuenta,
Line 722: Line 724:
  
 {{ :neuroimagen:screenshot2020-07-1511_42_58.png|}} {{ :neuroimagen:screenshot2020-07-1511_42_58.png|}}
 +
 +
 +
 +===== Paired Analysis =====
 +
 +Esto es una especie de ANOVA simplificada para dos puntos.
 +
 +https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/PairedAnalysis
 +
 +Variables:
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ join -t";" -1 1 -2 2 flong_2concat.csv data_2concat_wvars.csv | head -n 1 | sed 's/;/\n/g' | cat -n
 +     1 Subject
 +     2 flong_subject
 +     3 SubjID_v0
 +     4 SubjID_v2
 +     5 PSubject
 +     6 years
 +     7 age
 +     8 Education
 +     9 Gender
 +    10 CLv0
 +    11 CLv2
 +    12 ApoeE4
 +</code>
 +
 +Los pares son asi entonces,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ join -t";" -1 1 -2 2 flong_2concat.csv data_2concat_wvars.csv | tail -n +2 |awk -F";" '{print "Input "$3" Main "$7" "$8" "$9" "$10" "$12"\nInput "$4" Main "$7+$6" "$8" "$9" "$11" "$12}' > pairs.fsgd
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ sed -i '1iGroupDescriptorFile 1\nClass Main' pairs.fsgd
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ head pairs.fsgd
 +GroupDescriptorFile 1
 +Class Main
 +Input facehbi_0001 Main 71 8 0 -5.5932502480232 1
 +Input f2cehbi_0001 Main 73.14 8 0 -3.01177159588474 1
 +Input facehbi_0002 Main 70 12 1 12.0568081099059 0
 +Input f2cehbi_0002 Main 72.3 12 1 9.07793600565404 0
 +Input facehbi_0003 Main 70 8 0 -7.34233394547346 0
 +Input f2cehbi_0003 Main 72.12 8 0 -7.74822070800795 0
 +Input facehbi_0005 Main 68 20 1 -8.16586361015402 0
 +Input f2cehbi_0004 Main 70.05 20 1 39.4041710834628 0
 +</code>
 +
 +y empezamos,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ mris_preproc --target fsaverage --hemi lh --meas thickness --out lh.paired-diff.thickness.mgh --fsgd pairs.fsgd --paired-diff
 +nsubjects = 318
 +tmpdir is ./tmp.mris_preproc.89542
 +/nas/data/lfacehbi
 +Log file is lh.paired-diff.thickness.mris_preproc.log
 +...
 +...
 +...
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ mri_surf2surf --s fsaverage --hemi lh --fwhm 5 --sval lh.paired-diff.thickness.mgh --tval lh.paired-diff.thickness.sm05.mgh
 +...
 +...
 +...
 +
 +</code>
 +
 +hacemos los //.mtx//,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ echo "0 1 0 0 0 0" > age.mtx
 +</code>
 +
 +cada variable a analizar debe tener uno,
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ cat mean.mtx
 +1 0 0 0 0 0
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ cat age.mtx
 +0 1 0 0 0 0
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ cat apoe.mtx
 +0 0 0 0 0 1
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ cat centiloid.mtx
 +0 0 0 0 1 0
 +</code>
 +
 +y hay que hacer el segundo archivo //.fsgd//. Primero voy a eliminar lso caracteres raros que de alguan manera han venido del archivo windows original.
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ sed 's/^M//' pairs.fsgd > pairs_unix.fsgd
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ tr -d '\r' < pairs_unix.fsgd > pairs_ok.fsgd
 +</code>
 +
 +y ahora elimino las referencias al segundo punto y cambio el nombre del primer punto, para tener nombres que no existan aun,
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ grep -v  f2cehbi pairs_ok.fsgd | sed 's/facehbi/facehbi_pair/' > pair_diff.fsgd
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ sed -i '3iVariables Age Education Gender CL APOE' pair_diff.fsgd
 +</code>
 +
 +y ahora el //glmfit//,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ mri_glmfit --glmdir lh.paired-diff --y lh.paired-diff.thickness.sm05.mgh --fsgd pair_diff.fsgd --C mean.mtx --C age.mtx --C apoe.mtx --C centiloid.mtx --surf fsaverage lh
 +</code>
 +
 +y obtenemos un analisis para cada variable,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ tree -d lh.paired-diff/
 +lh.paired-diff/
 +├── age
 +├── apoe
 +├── centiloid
 +└── mean
 +
 +4 directories
 +[osotolongo@detritus lfacehbi]$ tree lh.paired-diff/mean/
 +lh.paired-diff/mean/
 +├── C.dat
 +├── cnr.mgh
 +├── efficiency.dat
 +├── F.mgh
 +├── gamma.mgh
 +├── gammavar.mgh
 +├── maxvox.dat
 +├── pcc.mgh
 +├── sig.mgh
 +└── z.mgh
 +
 +0 directories, 10 files
 +
 +</code>
 +
 +**Desgraciadamente sin resultados** m(
neuroimagen/fs_long_analysis.1596538696.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:58 by 127.0.0.1