User Tools

Site Tools


neuroimagen:fs_group_analysis

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
neuroimagen:fs_group_analysis [2020/07/16 10:33]
osotolongo [bulk processing]
neuroimagen:fs_group_analysis [2020/07/17 09:19]
osotolongo [Surface Area]
Line 315: Line 315:
  
 <code bash> <code bash>
-osotolongo@detritus:facehbi$ head executive_fname_n.fsgd+osotolongo@detritus:facehbi$ head wms.fsgd
 GroupDescriptorFile 1 GroupDescriptorFile 1
-Title FACEHBI_executive_fname_n+Title FACEHBI_memory_wms
 Class Main Class Main
-Variables age education gender memory_FNAME_names  +Variables age education gender memory_WMS  
-Input facehbi_0001 Main 71 8 0 0.876729 +Input facehbi_0001 Main 71 8 0 -0.453361 
-Input facehbi_0002 Main 70 12 1 0.399876 +Input facehbi_0002 Main 70 12 1 0.259093 
-Input facehbi_0003 Main 70 8 0 0.195343 +Input facehbi_0003 Main 70 8 0 -0.809587 
-Input facehbi_0004 Main 76 16 0 -0.622202 +Input facehbi_0004 Main 76 16 0 -0.152722 
-Input facehbi_0005 Main 68 20 1 1.321653 +Input facehbi_0005 Main 68 20 1 0.630976 
-Input facehbi_0006 Main 64 14 0 -0.71047+Input facehbi_0006 Main 64 14 0 0.116602 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ ./fsgd.sh wms 
 +</code> 
 + 
 +===== Surface Area ===== 
 + 
 +Tengo que añadir el ICV a los datos, (un poco de awk, sed, join, etc) y deberia quedar, 
 + 
 +<code bash> 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ head -n datacomb_freesurfer_neuro_v0_scdSUMCC_icv.csv | sed 's/,/\n/g' | cat -n 
 +      code_facehbi 
 +      Subject 
 +      SubjID 
 +      N_Interno 
 +      Date 
 +      edat 
 +      Anyos_Escolaridad_FAC 
 +      Sex_1H_0M 
 +      SCDplus_Memorycomplaint 
 +    10  SCDplus_APOE4 
 +    11  SCDplus_concernsaboutcognition 
 +    12  SCDplus_feelingworsethancontemporarypeers 
 +    13  SCDplus_informantcorroboratessymptoms 
 +    14  SCDplus_onset60Y 
 +    15  SCDplus_onsetwithinlast5Y 
 +    16  SCDplus_SUVRgt1.35 
 +    17  SCDplus_SUVRgt1.45 
 +    18  SCDplus_Total7 
 +    19  Q_QSM_JPO 
 +    20  SUVR 
 +    21  Centilod 
 +    22  APOE 
 +    23  COMPOSITE_executive_fluency  
 +    24  COMPOSITE_executive_processing speed  
 +    25  COMPOSITE_executive_attention  
 +    26  COMPOSITE_memory_FNAME professions 
 +    27  COMPOSITE_memory_FNAME names  
 +    28  COMPOSITES_memory_WMS  
 +    29  COMPOSITE_memory_RBANS  
 +    30  COMPOSITE_gnosis 
 +    31  COMPOSITE_praxis 
 +    32  COMPOSITE_languge_naming  
 +    33  EstimatedTotalIntraCranialVol 
 +</code> 
 + 
 +Ahora ir escogiendo y pegando, 
 + 
 +<code bash> 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ awk -F"," {'print $3","$6","$7","$8","$9","$33'} datacomb_freesurfer_neuro_v0_scdSUMCC_icv.csv | sed 's/.*\/facehbi_/facehbi_/;s/SubjID/Variables/;s/edat/age/;s/Anyos_Escolaridad_FAC/education/;s/Sex_1H_0M/gender/;s/facehbi_\([^,]*\),/Input facehbi_\1 Main /; s/,/ /g' > scd9a.tsv 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ head scd9a.tsv 
 +Variables age education gender SCDplus_Memorycomplaint EstimatedTotalIntraCranialVol 
 +Input facehbi_0001 Main 71 8 0 0 1756453.4998 
 +Input facehbi_0002 Main 70 12 1 0 1529412.17649 
 +Input facehbi_0003 Main 70 8 0 0 1326413.64353 
 +Input facehbi_0004 Main 76 16 0 0 1368330.41095 
 +Input facehbi_0005 Main 68 20 1 0 1467058.62476 
 +Input facehbi_0006 Main 64 14 0 0 1300087.33412 
 +Input facehbi_0007 Main 59 19 1 1 1672996.58646 
 +Input facehbi_0008 Main 55 16 0 0 1230515.65242 
 +Input facehbi_0009 Main 67 16 0 0 1526642.95225 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ cat scd9a.header  
 +GroupDescriptorFile 1 
 +Title FACEHBI_SCDplus_Memorycomplaint 
 +Class Main 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ cat scd9a.header scd9a.tsv > scd9a.fsgd 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ head scd9a.fsgd 
 +GroupDescriptorFile 1 
 +Title FACEHBI_SCDplus_Memorycomplaint 
 +Class Main 
 +Variables age education gender SCDplus_Memorycomplaint EstimatedTotalIntraCranialVol 
 +Input facehbi_0001 Main 71 8 0 0 1756453.4998 
 +Input facehbi_0002 Main 70 12 1 0 1529412.17649 
 +Input facehbi_0003 Main 70 8 0 0 1326413.64353 
 +Input facehbi_0004 Main 76 16 0 0 1368330.41095 
 +Input facehbi_0005 Main 68 20 1 0 1467058.62476 
 +Input facehbi_0006 Main 64 14 0 0 1300087.33412 
 + 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ cat compsa.mtx  
 +0 0 0 0 1 0 
 + 
 +</code> 
 + 
 +El codigo debe cambiar algo,  
 + 
 +<code bash fsgda.sh> 
 +avar=$1 
 +shift 
 +mris_preproc --fsgd ${avar}.fsgd --cache-in area.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi lh --out lh.${avar}.area.10.mgh 
 +mris_preproc --fsgd ${avar}.fsgd --cache-in area.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi rh --out rh.${avar}.area.10.mgh 
 +mri_glmfit --y lh.${avar}.area.10.mgh --fsgd ${avar}.fsgd --C compsa.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh.${avar}.sa.glmdir 
 +mri_glmfit --y rh.${avar}.area.10.mgh --fsgd ${avar}.fsgd --C compsa.mtx --surf fsaverage rh --cortex --glmdir rh.${avar}.sa.glmdir 
 +mri_glmfit-sim --glmdir lh.${avar}.sa.glmdir --cache 4 neg --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir rh.${avar}.sa.glmdir --cache 4 neg --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir lh.${avar}.sa.glmdir --cache 4 pos --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir rh.${avar}.sa.glmdir --cache 4 pos --cwp 0.05 --2spaces 
 +echo "lh, neg" 
 +grep -v "#" lh.${avar}.sa.glmdir/compsa/cache.th40.neg.sig.cluster.summary 
 +echo "rh, neg" 
 +grep -v "#" rh.${avar}.sa.glmdir/compsa/cache.th40.neg.sig.cluster.summary 
 +echo "lh, pos" 
 +grep -v "#" lh.${avar}.sa.glmdir/compsa/cache.th40.pos.sig.cluster.summary 
 +echo "rh, pos" 
 +grep -v "#" rh.${avar}.sa.glmdir/compsa/cache.th40.pos.sig.cluster.summary 
 +</code> 
 + 
 +No hay demasiados resultados pero alguno si, 
 + 
 +<code bash> 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ ./fsgda.sh scd16a 
 +... 
 +... 
 +... 
 +lh, neg 
 +rh, neg 
 +lh, pos 
 +          4.160   87102    125.74    -25.2  -79.5   13.8  0.03135  0.02820  0.03450    252      991.50  superiorparietal 
 +rh, pos 
 +</code> 
 + 
 +ahi ya sabemos donde buscar, 
 + 
 +<code bash> 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ cat scd16a.header  
 +GroupDescriptorFile 1 
 +Title FACEHBI_SCDplus_SUVRgt1.35 
 +Class Main 
 + 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ cat lh.scd16a.sa.glmdir/compsa/cache.th40.pos.sig.cluster.summary 
 +... 
 +... 
 +... 
 +# ClusterNo  Max   VtxMax   Size(mm^2)  MNIX   MNIY   MNIZ    CWP    CWPLow    CWPHi   NVtxs    WghtVtx   Annot 
 +          4.160   87102    125.74    -25.2  -79.5   13.8  0.03135  0.02820  0.03450    252      991.50  superiorparietal 
 +</code> 
 + 
 + 
 +Otros resultados,  
 + 
 +<code> 
 +scd17a 
 + 
 +lh, neg 
 +rh, neg 
 +lh, pos 
 +          5.013  112180    428.88    -32.5  -81.3   14.8  0.00020  0.00000  0.00040    714     3121.90  inferiorparietal 
 +rh, pos 
 + 
 + 
 +</code> 
  
neuroimagen/fs_group_analysis.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)