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neuroimagen:fs_group_analysis

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neuroimagen:fs_group_analysis [2020/07/16 09:39]
osotolongo [Full data]
neuroimagen:fs_group_analysis [2020/07/17 08:40]
osotolongo [Surface Area]
Line 273: Line 273:
  
  
-Aqui no hay nada asi que podemos seguir hacia la siguiente variable, ;-)+Y esto lo hacemos para el otro hemisferio igualmente. Aqui no hay nada asi que podemos seguir hacia la siguiente variable, ;-) 
 + 
 +**ejemplo de resultados** 
 + 
 +<code bash> 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ grep -v "#" lh.executive_processing.glmdir/comps/cache.th40.neg.sig.cluster.summary 
 +         -6.662  147537    122.63    -24.1  -78.1   17.4  0.00739  0.00579  0.00898    237    -1176.13  superiorparietal 
 +</code> 
 + 
 +{{ :neuroimagen:sig.png|}} 
 + 
 +{{ :neuroimagen:clusters.png|}} 
 + 
 +===== bulk processing ===== 
 + 
 +Esto es muy aburrido, asi que vamos a hacerlo todo junto, 
 + 
 +<code bash fsgd.sh> 
 +avar=$1 
 +shift 
 +mris_preproc --fsgd ${avar}.fsgd --cache-in thickness.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi lh --out lh.${avar}.thickness.10.mgh 
 +mris_preproc --fsgd ${avar}.fsgd --cache-in thickness.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi rh --out rh.${avar}.thickness.10.mgh 
 +mri_glmfit --y lh.${avar}.thickness.10.mgh --fsgd ${avar}.fsgd --C comps.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh.${avar}.glmdir 
 +mri_glmfit --y rh.${avar}.thickness.10.mgh --fsgd ${avar}.fsgd --C comps.mtx --surf fsaverage rh --cortex --glmdir rh.${avar}.glmdir 
 +mri_glmfit-sim --glmdir lh.${avar}.glmdir --cache 4 neg --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir rh.${avar}.glmdir --cache 4 neg --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir lh.${avar}.glmdir --cache 4 pos --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir rh.${avar}.glmdir --cache 4 pos --cwp 0.05 --2spaces 
 +echo "lh, neg" 
 +grep -v "#" lh.${avar}.glmdir/comps/cache.th40.neg.sig.cluster.summary 
 +echo "rh, neg" 
 +grep -v "#" rh.${avar}.glmdir/comps/cache.th40.neg.sig.cluster.summary 
 +echo "lh, pos" 
 +grep -v "#" lh.${avar}.glmdir/comps/cache.th40.pos.sig.cluster.summary 
 +echo "rh, pos" 
 +grep -v "#" rh.${avar}.glmdir/comps/cache.th40.pos.sig.cluster.summary 
 +</code> 
 + 
 + 
 +todavia hay que hacer el archivo fsgd a mano pero despues de eso, 
 + 
 +<code bash> 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ head wms.fsgd 
 +GroupDescriptorFile 1 
 +Title FACEHBI_memory_wms 
 +Class Main 
 +Variables age education gender memory_WMS  
 +Input facehbi_0001 Main 71 8 0 -0.453361 
 +Input facehbi_0002 Main 70 12 1 0.259093 
 +Input facehbi_0003 Main 70 8 0 -0.809587 
 +Input facehbi_0004 Main 76 16 0 -0.152722 
 +Input facehbi_0005 Main 68 20 1 0.630976 
 +Input facehbi_0006 Main 64 14 0 0.116602 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ ./fsgd.sh wms 
 +</code> 
 + 
 +===== Surface Area ===== 
 + 
 +Tengo que añadir el ICV a los datos, (un poco de awk, sed, join, etc) y deberia quedar, 
 + 
 +<code bash> 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ head -n 1 datacomb_freesurfer_neuro_v0_scdSUMCC_icv.csv | sed 's/,/\n/g' | cat -n 
 +      code_facehbi 
 +      Subject 
 +      SubjID 
 +      N_Interno 
 +      Date 
 +      edat 
 +      Anyos_Escolaridad_FAC 
 +      Sex_1H_0M 
 +      SCDplus_Memorycomplaint 
 +    10  SCDplus_APOE4 
 +    11  SCDplus_concernsaboutcognition 
 +    12  SCDplus_feelingworsethancontemporarypeers 
 +    13  SCDplus_informantcorroboratessymptoms 
 +    14  SCDplus_onset60Y 
 +    15  SCDplus_onsetwithinlast5Y 
 +    16  SCDplus_SUVRgt1.35 
 +    17  SCDplus_SUVRgt1.45 
 +    18  SCDplus_Total7 
 +    19  Q_QSM_JPO 
 +    20  SUVR 
 +    21  Centilod 
 +    22  APOE 
 +    23  COMPOSITE_executive_fluency  
 +    24  COMPOSITE_executive_processing speed  
 +    25  COMPOSITE_executive_attention  
 +    26  COMPOSITE_memory_FNAME professions 
 +    27  COMPOSITE_memory_FNAME names  
 +    28  COMPOSITES_memory_WMS  
 +    29  COMPOSITE_memory_RBANS  
 +    30  COMPOSITE_gnosis 
 +    31  COMPOSITE_praxis 
 +    32  COMPOSITE_languge_naming  
 +    33  EstimatedTotalIntraCranialVol 
 +</code> 
 + 
 +Ahora ir escogiendo y pegando, 
 + 
 +<code bash> 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ awk -F"," {'print $3","$6","$7","$8","$9","$33'} datacomb_freesurfer_neuro_v0_scdSUMCC_icv.csv | sed 's/.*\/facehbi_/facehbi_/;s/SubjID/Variables/;s/edat/age/;s/Anyos_Escolaridad_FAC/education/;s/Sex_1H_0M/gender/;s/facehbi_\([^,]*\),/Input facehbi_\1 Main /; s/,/ /g' > scd9a.tsv 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ head scd9a.tsv 
 +Variables age education gender SCDplus_Memorycomplaint EstimatedTotalIntraCranialVol 
 +Input facehbi_0001 Main 71 8 0 0 1756453.4998 
 +Input facehbi_0002 Main 70 12 1 0 1529412.17649 
 +Input facehbi_0003 Main 70 8 0 0 1326413.64353 
 +Input facehbi_0004 Main 76 16 0 0 1368330.41095 
 +Input facehbi_0005 Main 68 20 1 0 1467058.62476 
 +Input facehbi_0006 Main 64 14 0 0 1300087.33412 
 +Input facehbi_0007 Main 59 19 1 1 1672996.58646 
 +Input facehbi_0008 Main 55 16 0 0 1230515.65242 
 +Input facehbi_0009 Main 67 16 0 0 1526642.95225 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ cat scd9a.header  
 +GroupDescriptorFile 1 
 +Title FACEHBI_SCDplus_Memorycomplaint 
 +Class Main 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ cat scd9a.header scd9a.tsv > scd9a.fsgd 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ head scd9a.fsgd 
 +GroupDescriptorFile 1 
 +Title FACEHBI_SCDplus_Memorycomplaint 
 +Class Main 
 +Variables age education gender SCDplus_Memorycomplaint EstimatedTotalIntraCranialVol 
 +Input facehbi_0001 Main 71 8 0 0 1756453.4998 
 +Input facehbi_0002 Main 70 12 1 0 1529412.17649 
 +Input facehbi_0003 Main 70 8 0 0 1326413.64353 
 +Input facehbi_0004 Main 76 16 0 0 1368330.41095 
 +Input facehbi_0005 Main 68 20 1 0 1467058.62476 
 +Input facehbi_0006 Main 64 14 0 0 1300087.33412 
 + 
 +osotolongo@detritus:facehbi$ cat compsa.mtx  
 +0 0 0 0 1 0 
 + 
 +</code> 
 + 
 +El codigo debe cambiar algo,  
 + 
 +<code bash fsgda.sh> 
 +avar=$1 
 +shift 
 +mris_preproc --fsgd ${avar}.fsgd --cache-in area.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi lh --out lh.${avar}.area.10.mgh 
 +mris_preproc --fsgd ${avar}.fsgd --cache-in area.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi rh --out rh.${avar}.area.10.mgh 
 +mri_glmfit --y lh.${avar}.area.10.mgh --fsgd ${avar}.fsgd --C compsa.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh.${avar}.sa.glmdir 
 +mri_glmfit --y rh.${avar}.area.10.mgh --fsgd ${avar}.fsgd --C compsa.mtx --surf fsaverage rh --cortex --glmdir rh.${avar}.sa.glmdir 
 +mri_glmfit-sim --glmdir lh.${avar}.sa.glmdir --cache 4 neg --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir rh.${avar}.sa.glmdir --cache 4 neg --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir lh.${avar}.sa.glmdir --cache 4 pos --cwp 0.05 --2spaces 
 +mri_glmfit-sim --glmdir rh.${avar}.sa.glmdir --cache 4 pos --cwp 0.05 --2spaces 
 +echo "lh, neg" 
 +grep -v "#" lh.${avar}.sa.glmdir/compsa/cache.th40.neg.sig.cluster.summary 
 +echo "rh, neg" 
 +grep -v "#" rh.${avar}.sa.glmdir/compsa/cache.th40.neg.sig.cluster.summary 
 +echo "lh, pos" 
 +grep -v "#" lh.${avar}.sa.glmdir/compsa/cache.th40.pos.sig.cluster.summary 
 +echo "rh, pos" 
 +grep -v "#" rh.${avar}.sa.glmdir/compsa/cache.th40.pos.sig.cluster.summary 
 +</code> 
 + 
 + 
neuroimagen/fs_group_analysis.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)