Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- neuroimagen:fs_group_analysis [2020/06/11 13:27]
osotolongo [GLM Analysis (mri_glmfit)]
+++ neuroimagen:fs_group_analysis [2020/08/04 10:58]
@@ Line 1: / Line 1: @@
-====== FreeSurfer Group Analysis ======
-https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/GroupAnalysis
-===== FSDG =====
-https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsgdExamples
-https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsgdFormat
-Primero hay que construir el archivo de diseño del experimento,
-<code bash>
-[osotolongo@detritus fsdg]$ head codes.csv
-Subject,PSubject
-,F001
-,F002
-,F003
-,F004
-,F005
-,F006
-,F007
-,F008
-,F009
-[osotolongo@detritus fsdg]$ head demographics.csv
-PSubject,edat_v0,Anyos_Escolaridad_FAC_v0,Sex_1H_0M_v0
-F001,71,8,0
-F002,70,12,1
-F003,70,8,0
-F004,76,16,0
-F005,68,20,1
-F006,64,14,0
-F007,59,19,1
-F008,55,16,0
-F009,67,16,0
-[osotolongo@detritus fsdg]$ join -t"," -1 2 -2 1 codes.csv demographics.csv | awk -F"," '{print "facehbi_"$2","$3","$4","$5}' | sed 's/facehbi_Subject/Variables/;s/edat_v0/Age/;s/Anyos_Escolaridad_FAC_v0/Education/;s/Sex_1H_0M_v0/Gender/' | sed 's/facehbi_\([^,]*\),/Input facehbi_\1 Main /; s/,/ /g' > body.csv
-[osotolongo@detritus fsdg]$ head body.csv
-Variables Age Education Gender
-Input facehbi_0001 Main 71 8 0
-Input facehbi_0002 Main 70 12 1
-Input facehbi_0003 Main 70 8 0
-Input facehbi_0004 Main 76 16 0
-Input facehbi_0005 Main 68 20 1
-Input facehbi_0006 Main 64 14 0
-Input facehbi_0007 Main 59 19 1
-Input facehbi_0008 Main 55 16 0
-Input facehbi_0009 Main 67 16 0
-[osotolongo@detritus fsdg]$ cat headers.txt
-GroupDescriptorFile 1
-Title FACEHBI_all
-Class Main
-[osotolongo@detritus fsdg]$ cat headers.txt body.csv > facehbi.fsdg
-[osotolongo@detritus fsdg]$ head facehbi.fsdg
-GroupDescriptorFile 1
-Title FACEHBI_all
-Class Main
-Variables Age Education Gender
-Input facehbi_0001 Main 71 8 0
-Input facehbi_0002 Main 70 12 1
-Input facehbi_0003 Main 70 8 0
-Input facehbi_0004 Main 76 16 0
-Input facehbi_0005 Main 68 20 1
-Input facehbi_0006 Main 64 14 0
-</code>
-===== GLM Analysis (mri_glmfit) =====
-Primero construimos los contrastes, diciendole a FS cual es la variable que nos interesa, en este caso la edad,
-https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Fsgdf1G2V
-<code bash>
-[osotolongo@detritus fsdg]$ cat facehbi.mtx
-1 0 0
-</code>
-Ahora vamos a correr el modelo con este contraste,
-<code bash>
-[osotolongo@detritus fsdg]$ mris_preproc --fsgd facehbi.fsdg --cache-in thickness.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi lh --out lh.facehbi.age.thickness.10.mgh
-[osotolongo@detritus fsdg]$ mri_glmfit --y lh.facehbi.age.thickness.10.mgh --fsgd facehbi.fsdg --C facehbi.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh.facehbi.age.glmdir
-</code>
-Para usar freeview me he tenido que ir a la [[neuroimagen:virtfsl|FSL VM]]
-<code bash>
-[fsluser@FSLVm7_64 fsdg]$ freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:annot=aparc.annot:annot_outline=1:overlay=lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/sig.mgh:overlay_threshold=4,5 -viewport 3d
-</code>
-{{ :neuroimagen:2020-06-11-095209_grim.png |}}
-Cambiando el //overlay threshold// para que muestre toda la significancia,
-{{ :neuroimagen:2020-06-11-095409_grim.png |}}
-Ejemplo, fijando //uncorrected p<0.001//,
-| {{ :neuroimagen:left.png?300 |}} | {{ :neuroimagen:right.png?300 |}} |
-===== Clusterwise Correction for Multiple Comparisons =====
-Ahora voy a buscar los clusters con una //p>0.05//
-<code bash>
-[osotolongo@detritus fsdg]$ mri_glmfit-sim --glmdir lh.facehbi.age.glmdir --cache 4 neg --cwp 0.05 --2spaces
-</code>
-A ver,
-<code bash>
-freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:overlay=lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.cluster.mgh:overlay_threshold=2,5:annot=lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.ocn.annot -viewport 3d
-</code>
-| {{ :neuroimagen:cleft.png?300 |}} | {{ :neuroimagen:cright.png?300 |}} |
-También hay un resumen de los clusters que se han encontrado a esta significancia,
-<code bash>
-[osotolongo@detritus fsdg]$ cat lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.cluster.summary
-# Cluster Growing Summary (mri_surfcluster)
-# $Id: mri_surfcluster.c,v 1.57.2.3 2016/11/17 18:19:42 zkaufman Exp $
-# $Id: mrisurf.c,v 1.781.2.6 2016/12/27 16:47:14 zkaufman Exp $
-# CreationTime 2020/06/11-08:12:12-GMT
-# cmdline mri_surfcluster.bin --in lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/sig.mgh --mask lh.facehbi.age.glmdir/mask.mgh --cwsig lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.cluster.mgh --sum lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.cluster.summary --ocn lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.ocn.mgh --annot aparc --cwpvalthresh 0.05 --o lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.masked.mgh --no-fixmni --csd /usr/local/freesurfer/average/mult-comp-cor/fsaverage/lh/cortex/fwhm14/neg/th40/mc-z.csd --csdpdf lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.pdf.dat --vwsig lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.voxel.mgh --vwsigmax lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.voxel.max.dat --oannot lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.ocn.annot --bonferroni 2 --surf white
-# cwd /nas/data/facehbi/fsdg
-# sysname  Linux
-# hostname detritus.fundacioace.com
-# machine  x86_64
-# FixVertexAreaFlag 1
-# FixSurfClusterArea 1
-#
-# Input      lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/sig.mgh
-# Frame Number      0
-# srcsubj fsaverage
-# hemi lh
-# surface white
-# group_avg_surface_area 82220
-# group_avg_vtxarea_loaded 1
-# annot aparc
-# SUBJECTS_DIR /nas/data/subjects
-# SearchSpace_mm2 75610.7
-# SearchSpace_vtx 147840
-# Bonferroni 2
-# Minimum Threshold 4
-# Maximum Threshold infinity
-# Threshold Sign    neg
-# AdjustThreshWhenOneTail 1
-# CW PValue Threshold: 0.05
-# Area Threshold    0 mm^2
-# CSD thresh  4.000000
-# CSD nreps    10000
-# CSD simtype  null-z
-# CSD contrast NA
-# CSD confint  90.000000
-# Overall max 2.34317 at vertex 124430
-# Overall min -11.9208 at vertex 75951
-# NClusters          27
-# FixMNI = 0
-#
-# ClusterNo  Max   VtxMax   Size(mm^2)  MNIX   MNIY   MNIZ    CWP    CWPLow    CWPHi   NVtxs    WghtVtx   Annot
-       -6.017   60982    491.13    -47.9  -18.5   -2.1  0.00020  0.00000  0.00040   1098    -5034.35  superiortemporal
-      -11.921   75951    428.53    -31.7  -41.3   -9.1  0.00020  0.00000  0.00040    941    -6762.90  parahippocampal
-       -7.640  112606    361.05    -20.6  -99.6   -2.3  0.00020  0.00000  0.00040    432    -2179.37  lateraloccipital
-       -5.486  105941    331.99    -17.1  -32.3   56.5  0.00020  0.00000  0.00040    865    -3748.97  precentral
-       -5.449   35788    316.75    -44.9    6.5  -23.4  0.00020  0.00000  0.00040    611    -2771.80  superiortemporal
-       -7.472   67375    290.75    -20.6   30.7   50.4  0.00020  0.00000  0.00040    424    -2270.56  superiorfrontal
-       -4.824  159440    286.63     -8.8  -58.3   11.9  0.00020  0.00000  0.00040    622    -2552.03  precuneus
-       -6.970  138044    273.27    -30.3  -20.0   68.2  0.00020  0.00000  0.00040    626    -3090.95  precentral
-       -6.527   35125    264.21    -35.4  -12.7   18.8  0.00020  0.00000  0.00040    820    -4057.14  insula
-       -5.259  113827    256.47    -58.3  -17.5  -17.2  0.00020  0.00000  0.00040    522    -2207.87  middletemporal
-       -6.063  142574    227.96    -18.1  -91.7   16.1  0.00020  0.00000  0.00040    329    -1494.23  lateraloccipital
-       -4.901  142130    215.89    -61.7  -35.5    5.4  0.00020  0.00000  0.00040    478    -2005.09  bankssts
-       -7.124   88387    197.22    -10.7  -56.5   26.6  0.00020  0.00000  0.00040    436    -2167.82  precuneus
-       -5.977  112248    187.37    -31.2  -83.9    6.5  0.00040  0.00000  0.00080    312    -1449.31  lateraloccipital
-       -5.741  127670    174.29    -54.6   -0.9  -30.3  0.00080  0.00040  0.00140    210     -946.11  middletemporal
-       -5.957  110612    155.97    -44.6   23.1   18.8  0.00180  0.00100  0.00260    258    -1195.22  parsopercularis
-       -5.156  102514    136.16    -22.9   56.1   15.5  0.00459  0.00340  0.00579    163     -710.54  rostralmiddlefrontal
-       -5.618   43104    128.92    -24.3    6.2   48.4  0.00619  0.00479  0.00759    289    -1317.77  caudalmiddlefrontal
-       -5.445   91005    128.90    -21.8  -66.5    0.5  0.00619  0.00479  0.00759    285    -1241.01  lingual
-       -4.760   47386    121.71     -8.2   33.1   33.9  0.00759  0.00599  0.00918    190     -780.64  superiorfrontal
-       -4.778  107013    120.23    -19.8  -83.3   38.4  0.00798  0.00639  0.00958    223     -941.62  superiorparietal
-       -4.954   58975    118.93    -10.8   25.6  -17.8  0.00818  0.00659  0.00978    269    -1155.28  medialorbitofrontal
-       -4.799   38711    117.04    -60.9  -46.0   -1.9  0.00898  0.00739  0.01077    232     -956.50  bankssts
-       -6.095    1815    116.62    -47.1  -19.1   56.1  0.00918  0.00739  0.01097    319    -1485.15  postcentral
-       -4.976   77509    113.61    -35.6   37.8   13.2  0.01057  0.00878  0.01236    190     -814.05  rostralmiddlefrontal
-       -4.228   51760     87.69    -45.5  -72.1   10.1  0.02524  0.02247  0.02800    140     -552.81  inferiorparietal
-       -6.056  126177     68.80    -27.1  -68.1   22.7  0.04898  0.04508  0.05288    181     -854.08  superiorparietal
-</code>

Detritus Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools