User Tools

Site Tools


neuroimagen:fs_group_analysis

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

neuroimagen:fs_group_analysis [2020/06/11 13:27]
osotolongo [GLM Analysis (mri_glmfit)]
neuroimagen:fs_group_analysis [2020/08/04 10:58]
Line 1: Line 1:
-====== FreeSurfer Group Analysis ====== 
- 
-https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/GroupAnalysis 
- 
-===== FSDG ===== 
- 
-https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsgdExamples 
- 
-https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsgdFormat 
- 
- 
-Primero hay que construir el archivo de diseño del experimento,  
- 
-<code bash> 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ head codes.csv 
-Subject,PSubject 
-0001,F001 
-0002,F002 
-0003,F003 
-0004,F004 
-0005,F005 
-0006,F006 
-0007,F007 
-0008,F008 
-0009,F009 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ head demographics.csv 
-PSubject,edat_v0,Anyos_Escolaridad_FAC_v0,Sex_1H_0M_v0 
-F001,71,8,0 
-F002,70,12,1 
-F003,70,8,0 
-F004,76,16,0 
-F005,68,20,1 
-F006,64,14,0 
-F007,59,19,1 
-F008,55,16,0 
-F009,67,16,0 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ join -t"," -1 2 -2 1 codes.csv demographics.csv | awk -F"," '{print "facehbi_"$2","$3","$4","$5}' | sed 's/facehbi_Subject/Variables/;s/edat_v0/Age/;s/Anyos_Escolaridad_FAC_v0/Education/;s/Sex_1H_0M_v0/Gender/' | sed 's/facehbi_\([^,]*\),/Input facehbi_\1 Main /; s/,/ /g' > body.csv 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ head body.csv 
-Variables Age Education Gender 
-Input facehbi_0001 Main 71 8 0 
-Input facehbi_0002 Main 70 12 1 
-Input facehbi_0003 Main 70 8 0 
-Input facehbi_0004 Main 76 16 0 
-Input facehbi_0005 Main 68 20 1 
-Input facehbi_0006 Main 64 14 0 
-Input facehbi_0007 Main 59 19 1 
-Input facehbi_0008 Main 55 16 0 
-Input facehbi_0009 Main 67 16 0 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ cat headers.txt 
-GroupDescriptorFile 1 
-Title FACEHBI_all 
-Class Main 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ cat headers.txt body.csv > facehbi.fsdg 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ head facehbi.fsdg 
-GroupDescriptorFile 1 
-Title FACEHBI_all 
-Class Main 
-Variables Age Education Gender 
-Input facehbi_0001 Main 71 8 0 
-Input facehbi_0002 Main 70 12 1 
-Input facehbi_0003 Main 70 8 0 
-Input facehbi_0004 Main 76 16 0 
-Input facehbi_0005 Main 68 20 1 
-Input facehbi_0006 Main 64 14 0 
- 
-</code> 
- 
-===== GLM Analysis (mri_glmfit) ===== 
-Primero construimos los contrastes, diciendole a FS cual es la variable que nos interesa, en este caso la edad, 
- 
-https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Fsgdf1G2V 
- 
-<code bash> 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ cat facehbi.mtx 
-0 1 0 0 
-</code> 
-Ahora vamos a correr el modelo con este contraste, 
-<code bash> 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ mris_preproc --fsgd facehbi.fsdg --cache-in thickness.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi lh --out lh.facehbi.age.thickness.10.mgh 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ mri_glmfit --y lh.facehbi.age.thickness.10.mgh --fsgd facehbi.fsdg --C facehbi.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh.facehbi.age.glmdir 
-</code> 
- 
-Para usar freeview me he tenido que ir a la [[neuroimagen:virtfsl|FSL VM]] 
-<code bash> 
-[fsluser@FSLVm7_64 fsdg]$ freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:annot=aparc.annot:annot_outline=1:overlay=lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/sig.mgh:overlay_threshold=4,5 -viewport 3d 
-</code> 
- 
-{{ :neuroimagen:2020-06-11-095209_grim.png |}} 
- 
-Cambiando el //overlay threshold// para que muestre toda la significancia, 
- 
-{{ :neuroimagen:2020-06-11-095409_grim.png |}} 
- 
-Ejemplo, fijando //uncorrected p<0.001//, 
- 
-| {{ :neuroimagen:left.png?300 |}} | {{ :neuroimagen:right.png?300 |}} | 
- 
-===== Clusterwise Correction for Multiple Comparisons ===== 
- 
-Ahora voy a buscar los clusters con una //p>0.05// 
-<code bash> 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ mri_glmfit-sim --glmdir lh.facehbi.age.glmdir --cache 4 neg --cwp 0.05 --2spaces 
-</code> 
- 
-A ver, 
-<code bash> 
-freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:overlay=lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.cluster.mgh:overlay_threshold=2,5:annot=lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.ocn.annot -viewport 3d 
-</code> 
- 
-| {{ :neuroimagen:cleft.png?300 |}} | {{ :neuroimagen:cright.png?300 |}} | 
- 
-También hay un resumen de los clusters que se han encontrado a esta significancia, 
- 
-<code bash> 
-[osotolongo@detritus fsdg]$ cat lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.cluster.summary 
-# Cluster Growing Summary (mri_surfcluster) 
-# $Id: mri_surfcluster.c,v 1.57.2.3 2016/11/17 18:19:42 zkaufman Exp $ 
-# $Id: mrisurf.c,v 1.781.2.6 2016/12/27 16:47:14 zkaufman Exp $ 
-# CreationTime 2020/06/11-08:12:12-GMT 
-# cmdline mri_surfcluster.bin --in lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/sig.mgh --mask lh.facehbi.age.glmdir/mask.mgh --cwsig lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.cluster.mgh --sum lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.cluster.summary --ocn lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.ocn.mgh --annot aparc --cwpvalthresh 0.05 --o lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.masked.mgh --no-fixmni --csd /usr/local/freesurfer/average/mult-comp-cor/fsaverage/lh/cortex/fwhm14/neg/th40/mc-z.csd --csdpdf lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.pdf.dat --vwsig lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.voxel.mgh --vwsigmax lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.voxel.max.dat --oannot lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/cache.th40.neg.sig.ocn.annot --bonferroni 2 --surf white 
-# cwd /nas/data/facehbi/fsdg 
-# sysname  Linux 
-# hostname detritus.fundacioace.com 
-# machine  x86_64 
-# FixVertexAreaFlag 1 
-# FixSurfClusterArea 1 
-# 
-# Input      lh.facehbi.age.glmdir/facehbi/sig.mgh 
-# Frame Number      0 
-# srcsubj fsaverage 
-# hemi lh 
-# surface white 
-# group_avg_surface_area 82220 
-# group_avg_vtxarea_loaded 1 
-# annot aparc 
-# SUBJECTS_DIR /nas/data/subjects 
-# SearchSpace_mm2 75610.7 
-# SearchSpace_vtx 147840 
-# Bonferroni 2 
-# Minimum Threshold 4 
-# Maximum Threshold infinity 
-# Threshold Sign    neg 
-# AdjustThreshWhenOneTail 1 
-# CW PValue Threshold: 0.05 
-# Area Threshold    0 mm^2 
-# CSD thresh  4.000000 
-# CSD nreps    10000 
-# CSD simtype  null-z 
-# CSD contrast NA 
-# CSD confint  90.000000 
-# Overall max 2.34317 at vertex 124430 
-# Overall min -11.9208 at vertex 75951 
-# NClusters          27 
-# FixMNI = 0 
-# 
-# ClusterNo  Max   VtxMax   Size(mm^2)  MNIX   MNIY   MNIZ    CWP    CWPLow    CWPHi   NVtxs    WghtVtx   Annot 
-         -6.017   60982    491.13    -47.9  -18.5   -2.1  0.00020  0.00000  0.00040   1098    -5034.35  superiortemporal 
-        -11.921   75951    428.53    -31.7  -41.3   -9.1  0.00020  0.00000  0.00040    941    -6762.90  parahippocampal 
-         -7.640  112606    361.05    -20.6  -99.6   -2.3  0.00020  0.00000  0.00040    432    -2179.37  lateraloccipital 
-         -5.486  105941    331.99    -17.1  -32.3   56.5  0.00020  0.00000  0.00040    865    -3748.97  precentral 
-         -5.449   35788    316.75    -44.9    6.5  -23.4  0.00020  0.00000  0.00040    611    -2771.80  superiortemporal 
-         -7.472   67375    290.75    -20.6   30.7   50.4  0.00020  0.00000  0.00040    424    -2270.56  superiorfrontal 
-         -4.824  159440    286.63     -8.8  -58.3   11.9  0.00020  0.00000  0.00040    622    -2552.03  precuneus 
-         -6.970  138044    273.27    -30.3  -20.0   68.2  0.00020  0.00000  0.00040    626    -3090.95  precentral 
-         -6.527   35125    264.21    -35.4  -12.7   18.8  0.00020  0.00000  0.00040    820    -4057.14  insula 
-  10       -5.259  113827    256.47    -58.3  -17.5  -17.2  0.00020  0.00000  0.00040    522    -2207.87  middletemporal 
-  11       -6.063  142574    227.96    -18.1  -91.7   16.1  0.00020  0.00000  0.00040    329    -1494.23  lateraloccipital 
-  12       -4.901  142130    215.89    -61.7  -35.5    5.4  0.00020  0.00000  0.00040    478    -2005.09  bankssts 
-  13       -7.124   88387    197.22    -10.7  -56.5   26.6  0.00020  0.00000  0.00040    436    -2167.82  precuneus 
-  14       -5.977  112248    187.37    -31.2  -83.9    6.5  0.00040  0.00000  0.00080    312    -1449.31  lateraloccipital 
-  15       -5.741  127670    174.29    -54.6   -0.9  -30.3  0.00080  0.00040  0.00140    210     -946.11  middletemporal 
-  16       -5.957  110612    155.97    -44.6   23.1   18.8  0.00180  0.00100  0.00260    258    -1195.22  parsopercularis 
-  17       -5.156  102514    136.16    -22.9   56.1   15.5  0.00459  0.00340  0.00579    163     -710.54  rostralmiddlefrontal 
-  18       -5.618   43104    128.92    -24.3    6.2   48.4  0.00619  0.00479  0.00759    289    -1317.77  caudalmiddlefrontal 
-  19       -5.445   91005    128.90    -21.8  -66.5    0.5  0.00619  0.00479  0.00759    285    -1241.01  lingual 
-  20       -4.760   47386    121.71     -8.2   33.1   33.9  0.00759  0.00599  0.00918    190     -780.64  superiorfrontal 
-  21       -4.778  107013    120.23    -19.8  -83.3   38.4  0.00798  0.00639  0.00958    223     -941.62  superiorparietal 
-  22       -4.954   58975    118.93    -10.8   25.6  -17.8  0.00818  0.00659  0.00978    269    -1155.28  medialorbitofrontal 
-  23       -4.799   38711    117.04    -60.9  -46.0   -1.9  0.00898  0.00739  0.01077    232     -956.50  bankssts 
-  24       -6.095    1815    116.62    -47.1  -19.1   56.1  0.00918  0.00739  0.01097    319    -1485.15  postcentral 
-  25       -4.976   77509    113.61    -35.6   37.8   13.2  0.01057  0.00878  0.01236    190     -814.05  rostralmiddlefrontal 
-  26       -4.228   51760     87.69    -45.5  -72.1   10.1  0.02524  0.02247  0.02800    140     -552.81  inferiorparietal 
-  27       -6.056  126177     68.80    -27.1  -68.1   22.7  0.04898  0.04508  0.05288    181     -854.08  superiorparietal 
- 
-</code> 
  
neuroimagen/fs_group_analysis.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)