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neuroimagen:freesurfer7

Update Freesurfer 7.2

update

Esta es la parte facil. Bajamos el rpm,

# wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer-CentOS7-7.2.0-1.x86_64.rpm
--2021-07-30 15:26:13--  https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer-CentOS7-7.2.0-1.x86_64.rpm
Resolving surfer.nmr.mgh.harvard.edu (surfer.nmr.mgh.harvard.edu)... 132.183.240.105
Connecting to surfer.nmr.mgh.harvard.edu (surfer.nmr.mgh.harvard.edu)|132.183.240.105|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 4036243420 (3.8G) [application/x-rpm]
Saving to: ‘freesurfer-CentOS7-7.2.0-1.x86_64.rpm’
 
100%[===================================================================================================================================================================================================>] 4,036,243,420 4.72MB/s   in 15m 38s
 
2021-07-30 15:41:53 (4.10 MB/s) - ‘freesurfer-CentOS7-7.2.0-1.x86_64.rpm’ saved [4036243420/4036243420]

y los instalamos en todos los nodos,

[root@cthulhu]~# for x in $(seq 1 5); do ssh brick0${x} rm -f /usr/local/freesurfer; done 
[root@cthulhu]~# for x in $(seq 1 5); do ssh brick0${x} yum -y --nogpgcheck localinstall /nas/software/freesurfer-CentOS7-7.2.0-1.x86_64.rpm; done 
....

Te tomas un cafe mientras que el paquete son 11G a descomprimir en cada maquina.

Ahora hay que bajar una licencia de https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html y copiarla en los nodos,

[root@cthulhu]~# for x in $(seq 1 5); do ssh brick0${x} cp /nas/software/freesurfer_license.txt /usr/local/freesurfer/7.2.0-1/.license; done

user setup

editar el .bash_profile o .bash_rc para que,

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.2.0-1
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export SUBJECTS_DIR=/nas/data/subjects

xnat setup

cambiar el path de FS en /old_nas/xnat/pipeline/catalog/RunFreesurfer/scripts/runFreesurfer.sh ,

algo como,

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.2.0-1

calibracion FS 7.2 vs FS 6.0.1

Esta es la parte delicada. Voy a tomar un proyecto (en este caso MOPEAD) y comprobar que la segmentacion no varia mucho entre versiones de FS. Si detecto variaciones tengo que hacer rollback y volver a calcular la segmentacion.

[osotolongo@brick03 ~]$ cd calib_freesurfer/
[osotolongo@brick03 calib_freesurfer]$ xnat_pullfs.pl -x facemopead -s aseg -o mopead_fs6_aseg.csv
[osotolongo@brick03 calib_freesurfer]$ xnat_pullfs.pl -x facemopead -s aparc -o mopead_fs6_aparc.csv

Y ahora ejecutamos con el nuevo Freesurfer,

[osotolongo@brick03 calib_freesurfer]$ xnatapic run_pipeline --project_id facemopead --pipeline RunFreesurfer

y bajamos las nuevas stats,

[osotolongo@brick03 calib_freesurfer]$ xnat_pullfs.pl -x facemopead -s aseg -o mopead_fs7_aseg.csv
[osotolongo@brick03 calib_freesurfer]$ xnat_pullfs.pl -x facemopead -s aparc -o mopead_fs7_aparc.csv

Ahora ya podemos comparar las segmentaciones entre versiones. Globalmente todo parece bien, si miramos el volumen intracreaneal total, vemos que es casi identico,

eTIV

pero si entramos a regiones mas pequeñas empezamos a observar diferencias,

 left hippocampus  rigth hippocampus

a veces no tan pequeñas,

 left amygdala  right amygdala

Las diferencias son mucho mayores en la parcelacion del cortex,

Conclusiones: Para comparar los proyectos longitudinalmente han de reprocesarse los puntos anteriores con Freesurfer 7.2. Es decir, si quiero mirar en BIOFACE o FACEHBI como ha sido la evolucion longitudinal del cerebro, he de reprocesar las visitas 0 y 2 de FACEHBI y 0 de BIOFACE.

neuroimagen/freesurfer7.txt · Last modified: 2021/08/02 12:36 by osotolongo