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neuroimagen:fmri_fsl

Preprocesamiento de fMRI con FSL

Paraobtener las imagenes fMRI preprocesadas basta con correr un analisis FEAT individual en cada sujeto delestudio. Esto lo hemos integrado en el pipeline con otro objetivo pero el procesamiento deja las imagenes fMRI preprocesdas en, working/sujXXXX_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz . Siendo sujXXXX el identificador del sujeto. Bastaria recopialr estas imagenes y tenemosuna lista de imagenes fMRI a las que se puede realizar otros analisis pues ya vienen preprocesadas.

Ejemplo en protocolo MOPEAD,

[osotolongo@detritus mopead]$ find working/ -name "filtered_func_data.nii.gz" | grep -v reg
working/mop0001_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0002_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0003_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0004_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0005_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0006_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0007_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0008_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0009_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0010_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0012_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0014_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0015_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0017_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0018_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0019_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0020_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0021_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0022_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz
working/mop0023_rs.ica/filtered_func_data.nii.gz

Las imagenes vienen en espacio nativo, por lo que habria que registrarlas a MNI de ser necesario,

Taly como estan ordenados los archivos sería algo tan simple como hacer,

[osotolongo@detritus mopead]$ for x in `find working/ -name "filtered_func_data.nii.gz" | grep -v reg`; do y=$(echo ${x} | sed 's/_rs.ica\//_/'); cp ${x} ${y}; done

y tendremos todo preparado en el directorio working,

[osotolongo@detritus mopead]$ ls working/*_filtered_func_data.nii.gz
working/mop0001_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0006_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0012_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0019_filtered_func_data.nii.gz
working/mop0002_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0007_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0014_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0020_filtered_func_data.nii.gz
working/mop0003_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0008_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0015_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0021_filtered_func_data.nii.gz
working/mop0004_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0009_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0017_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0022_filtered_func_data.nii.gz
working/mop0005_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0010_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0018_filtered_func_data.nii.gz  working/mop0023_filtered_func_data.nii.gz
neuroimagen/fmri_fsl.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)