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neuroimagen:fbb

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Problemas con el procesamiento de FBB y como no morir en el intento

de DICOM a NiFTI

Necesitamos convertir los DICOM de FBB a formato NiFTI-1 para trabajar con FSL. El servidor DICOM corta el numero de slices por directorio a 500 por lo que inicialmente hubo muchisimos problemas de conversion y procesamiento.

Luego hay que buscar por todas las subcarpetas del DICOM las imagenes 4x5min que estan desordenadas. Para convertir uno de los sujetos ha de hacerse algo asi,

$ for x in `find /nas/raw_images/facehbi/fbb/FACEHBI-F001B/DICOM/ -type f`; do if [[ `dckey -k "SeriesDescription" $x 2>&1 | grep  "4x5min"` ]]; then cp $x /nas/facehbi/tmp_2nifti/; fi; done; y=$(ls /nas/facehbi/tmp_2nifti/ | head -n 1); dcm2nii -o /nas/facehbi/tmp/ /nas/facehbi/tmp_2nifti/$y;

que da una salida muy ruidosa, pero funciona. Para hacerlos todos de una tacada habria que iterar esto por todos los sujetos.

for s in `ls -d /nas/clinic/* | grep FACEHBI | grep "B$"`; do sbj=$(echo $s |sed 's/.*-F\(.*\)B$/\1/');  for x in `find ${s}/DICOM/ -type f`; do if [[ `dckey -k "SeriesDescription" $x 2>&1 | grep  "4x5min"` ]]; then cp $x /nas/facehbi/tmp_2nifti/; fi; done; y=$(ls /nas/facehbi/tmp_2nifti/ | head -n 1); dcm2nii -o /nas/facehbi/tmp/ /nas/facehbi/tmp_2nifti/$y; conv=$(ls /nas/facehbi/tmp/ | head -n 1); fslsplit /nas/facehbi/tmp/${conv} /nas/facehbi/fbb_first/smc0${sbj}s -t; rm -rf /nas/facehbi/tmp/*; rm -rf /nas/facehbi/tmp_2nifti/*; done

Correccion de movimiento

Ahora tenemos 4 archivos representando la integracion de 5 min y hay que corregistrarlos al espacio de usuario. Lo primero es traer el archivo de freesurfer y luego corregistrar cada uo de los fbb al user space. despues se ha de unirlos temporalmente y hacer un mcflirt.

lo primero seria traerse la mri del directorio de freesurfer

get_fs_subj

y luego corregistrar cada imagen al espacio del sujeto. Hay 4 variantes para esto.

1.- Intentando registrar cada imagen independientemente.

fbb_reg

2.- Usando la informacion de un registro para el resto

fbb_regc

3.- Usando la informacion solo del cerebro extraido para hacer el corregistro

fbb_regb

4.- el mas complicado, usando una mascara. Este metodo se probo con el corregistro de PiBs y usa un umbral de intensidad

fbb_regm

Esto lo he intentado agrupar en el script fbb_correct.pl,

fbb_correct.pl (chunk)

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