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neuroimagen:facehbi_c

Metiendo FACEHBI en el cluster

El proyecto FACEHBI es un excelente piloto para desarrollar el trabajo de projectos de neuroimagen subsiguientes en el cluster, por dos razones.Primero el desarrollo longitudinal hace necesario un replanteamiento constante de los procedimientos y segundo, el trabajo en lotes es tan intenso que necesariamente un solo servidor de calculo se hace pequeño. No obstante, hay etapas (como las de organizacion de la informacion) que no son paralelizables o al menos no facil o eficientemente.

MRI

to NiFTI

Primero revisemos como convertir un DICOM a NiFTI-1. Se usa

 dckey -k "SeriesDescription" $file 

para encontrar la serie apropiada.

DELETEME

Tras un par de pruebas, veo que no vale la pena paralelizar nada aqui. Esto demora 10 min como maximo para todos juntos (y se hace una sola vez!). Asi que lo dejo aqui y se hara tal y como esta en la pagina de facehbi

Lo importante seria paralelizar en el cluster los procesos de freesurfer (recon-all y demas pesca)

neuroimagen/facehbi_c.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)