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neuroimagen:facehbi

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neuroimagen:facehbi [2019/06/04 15:42]
osotolongo [MRI]
neuroimagen:facehbi [2020/08/04 10:58] (current)
Line 352: Line 352:
 **Y ahora viene lo bueno pues hay que arreglar y/o rehacer toda la visita 2 por los posibles errores producto de esto.** **Y ahora viene lo bueno pues hay que arreglar y/o rehacer toda la visita 2 por los posibles errores producto de esto.**
  
 +m( **otro problema** hay algunos drop-outs que no he conseguido identificar y estan repetidos en la visita 2. Por suerte, alguien los ha encontrado pormi ;-).
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus f2cehbi]$ cat delete.txt
 +F172
 +F176
 +F191
 +</code>
 +Las lineas que habria que borrar,
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus f2cehbi]$ for x in `cat delete.txt`; do grep ${x} *.csv; done
 +dates_mri.csv:F172,20151201
 +gdata_mri.csv:F172,0143,20121341,01.12.2015
 +guia_mri.csv:0143,F172
 +ids.csv:F172,143
 +info_mri.csv:F172,20121341,20151201
 +info_mri_proper.csv:F172,20121341,01.12.2015
 +internos.csv:F172,20121341
 +dates_mri.csv:F176,20151201
 +gdata_mri.csv:F176,0147,20150810,01.12.2015
 +guia_mri.csv:0147,F176
 +ids.csv:F176,147
 +info_mri.csv:F176,20150810,20151201
 +info_mri_proper.csv:F176,20150810,01.12.2015
 +internos.csv:F176,20150810
 +dates_mri.csv:F191,20151230
 +gdata_mri.csv:F191,0160,20151116,30.12.2015
 +guia_mri.csv:0160,F191
 +ids.csv:F191,160
 +info_mri.csv:F191,20151116,20151230
 +info_mri_proper.csv:F191,20151116,30.12.2015
 +internos.csv:F191,20151116
 +</code>
 +//Not so hard//,
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus f2cehbi]$ for x in `cat delete.txt`; do sed -i "/${x}/d" *.csv; done
 +</code>
 +:-P
 ==== FBB ====  ==== FBB ==== 
 one random file by subject, one random file by subject,
Line 440: Line 478:
 </code> </code>
  
 +
 +
 +==== Integrar fechas con datos ====
 +<code perl join_conv.pl>
 +#!/usr/bin/perl
 +
 +use strict;
 +use warnings;
 +use Data::Dump qw(dump);
 +
 +my %fdates = ( FBBv0 => "conv_dicom_fbb_v0_date.csv",
 +        FBBv2 => "conv_dicom_fbb_v2_date.csv",
 +        MRIv0 => "conv_dicom_mri_v0_date.csv",
 +        MRIv2 => "conv_dicom_mri_v2_date.csv",
 +);
 +
 +my %ofiles = ( FBBv0 => "facehbi_fbb_v0_date_a.csv",
 +        FBBv2 => "facehbi_fbb_v2_date_a.csv",
 +        MRIv0 => "facehbi_mri_v0_date_a.csv",
 +        MRIv2 => "facehbi_mri_v2_date_a.csv",
 +);
 +
 +my $info_file = "internos.csv";
 +my %internos;
 +
 +open IIF, "<$info_file";
 +while(<IIF>){
 +        if(/(F.*);(.*)/){
 +                (my $fnumber, my $inumber) = /(F.*);(.*)/;
 +                $internos{$fnumber} = $inumber;
 +        }
 +}
 +close IIF;
 +
 +my %dates;
 +foreach my $fdate (sort keys %fdates){
 +        open IDF, "<$fdates{$fdate}" or die "NO such file!";
 +        while(<IDF>){
 +                if(/(F.*);(.*)/){
 +                        (my $fnumber, my $date) = /(F.*);(.*)/;
 +                        (my $cdate = $date) =~ s/(\d{4})(\d{2})(\d{2})/$3.$2.$1/;
 +                        $dates{$fnumber}{$fdate} = $cdate;
 +                }
 +        }
 +        close IDF;
 +        open ODF, ">$ofiles{$fdate}";
 +        print ODF "FACEHBI; Interno; Fecha\n";
 +        foreach my $fnumber (sort keys %internos){
 +                print ODF "$fnumber; ";
 +                if (exists $internos{$fnumber}){
 +                        print ODF "$internos{$fnumber}; ";
 +                        if (exists($dates{$fnumber}) && exists($dates{$fnumber}{$fdate})){
 +                                print ODF "$dates{$fnumber}{$fdate}\n";
 +                        }else{
 +                                print ODF "NA\n";
 +                        }
 +                }
 +        }
 +        close ODF;
 +}
 +              
 +</code>
 +<code>
 +osotolongo@daisy:~/Cloud/NI_ACE/facehbi> scp -P 20022 detritus.fundacioace.com:/nas/data/facehbi/facehbi_mri.csv ./
 +facehbi_mri.csv                                                                                                                                                 100%  764KB   1.5MB/  00:00    
 +osotolongo@daisy:~/Cloud/NI_ACE/facehbi> sed 's/0/F/; s/Subject/FACEHBI/' facehbi_mri.csv > facehbi_mri_v0.csv
 +osotolongo@daisy:~/Cloud/NI_ACE/facehbi> join -t";" facehbi_mri_v0_date_a.csv facehbi_mri_v0.csv > facehbi_mri_v0_data.csv
 +</code>
 +
 +jodidos problemas de permisos m(
 +<code>
 +[root@detritus ~]# chmod g+rwx /nas/data/subjects/facehbi_smc0003 -R
 +.....
 +[osotolongo@detritus facehbi]$ ls /nas/data/subjects/facehbi_smc0003/
 +bem  label  labels  morph  mpg mri
 +[osotolongo@detritus facehbi]$ cat soloeste.csv 
 +0003;smc
 +[osotolongo@detritus facehbi]$ precon.pl -cut soloeste.csv facehbi
 +</code>
 +
 +===== Reprocesamiento =====
 +
 +Primero reconvertir los que estan mal, borrar los directorios de FS, crearlos de nuevo y recalcular FS.
 +
 +<code>
 +[osotolongo@detritus facehbi]$ awk -F"/" '{print $5}' mover_estos.txt | sed 's/F/0/;s/_.*/;smc/' > /nas/data/v2MriPet/repetir.csv
 +...
 +[osotolongo@detritus v2MriPet]$ awk -F";" '{print $1}' repetir.csv | sed 's/0/F/' > mri_repetir.dir
 +[osotolongo@detritus v2MriPet]$ for x in `cat mri_repetir.dir`; do for s in /nas/corachan/facehbi_2/${x}/*; do if [[ `dckey -k "SeriesDescription" ${s}/Img00001.dcm 2>&1 | grep "t1_mprage_sag_p2_iso_1.0$"` ]]; then dcm2niix -z y -o /nas/data/v2MriPet/tmp ${s}; fi; done; mkdir /nas/data/v2MriPet/processed/${x}; mv tmp/* /nas/data/v2MriPet/processed/${x}/ ;done
 +[osotolongo@detritus v2MriPet]$ for a in `ls  processed/F*/*.nii.gz`; do b=$(echo $a | sed s'/processed\/F/\/nas\/data\/v2MriPet\/mri\/smc0/; s/\/Serie(/s000/; s/).*/.nii.gz/'); mv ${a} ${b}; done
 +[osotolongo@detritus v2MriPet]$ for x in `awk -F";" '{print $1}' repetir.csv` ; do rm -rf /nas/data/subjects/v2MriPet_smc${x}; done
 +[osotolongo@detritus v2MriPet]$ fsl2fs.pl -cut repetir.csv v2MriPet
 +[osotolongo@detritus v2MriPet]$ precon.pl -cut repetir.csv v2MriPet
 +Submitted batch job 17319
 +[osotolongo@detritus v2MriPet]$ squeue
 +             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
 +             17319     devel fs_recon osotolon PD       0:00      1 (Dependency)
 +             17293     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17294     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17295     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17296     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17297     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17298     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17299     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17300     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17301     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17302     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17303     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17304     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17305     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17306     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17307     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17308     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17309     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17310     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17311     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17312     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17313     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17314     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17315     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17316     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17317     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +             17318     devel fs_recon osotolon  R       0:04      1 brick03
 +
 +</code>
  
neuroimagen/facehbi.1559662937.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:47 (external edit)