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--- neuroimagen:facehbi [2019/06/05 08:30] – [Reprocesamiento] osotolongo
+++ neuroimagen:facehbi [2020/03/05 09:56] – [MRI] quitando reperitdos de v2 osotolongo
@@ Line 352: / Line 352: @@
 **Y ahora viene lo bueno pues hay que arreglar y/o rehacer toda la visita 2 por los posibles errores producto de esto.**
+m( **otro problema** hay algunos drop-outs que no he conseguido identificar y estan repetidos en la visita 2. Por suerte, alguien los ha encontrado pormi ;-).
+<code bash>
+[osotolongo@detritus f2cehbi]$ cat delete.txt
+F172
+F176
+F191
+</code>
+Las lineas que habria que borrar,
+<code bash>
+[osotolongo@detritus f2cehbi]$ for x in `cat delete.txt`; do grep ${x} *.csv; done
+dates_mri.csv:F172,20151201
+gdata_mri.csv:F172,0143,20121341,01.12.2015
+guia_mri.csv:0143,F172
+ids.csv:F172,143
+info_mri.csv:F172,20121341,20151201
+info_mri_proper.csv:F172,20121341,01.12.2015
+internos.csv:F172,20121341
+dates_mri.csv:F176,20151201
+gdata_mri.csv:F176,0147,20150810,01.12.2015
+guia_mri.csv:0147,F176
+ids.csv:F176,147
+info_mri.csv:F176,20150810,20151201
+info_mri_proper.csv:F176,20150810,01.12.2015
+internos.csv:F176,20150810
+dates_mri.csv:F191,20151230
+gdata_mri.csv:F191,0160,20151116,30.12.2015
+guia_mri.csv:0160,F191
+ids.csv:F191,160
+info_mri.csv:F191,20151116,20151230
+info_mri_proper.csv:F191,20151116,30.12.2015
+internos.csv:F191,20151116
+</code>
+//Not so hard//,
+<code bash>
+[osotolongo@detritus f2cehbi]$ for x in `cat delete.txt`; do sed -i "/${x}/d" *.csv; done
+</code>
+:-P
 ==== FBB ====
 one random file by subject,
@@ Line 439: / Line 477: @@
 </code>
+==== Integrar fechas con datos ====
+<code perl join_conv.pl>
+#!/usr/bin/perl
+use strict;
+use warnings;
+use Data::Dump qw(dump);
+my %fdates = ( FBBv0 => "conv_dicom_fbb_v0_date.csv",
+        FBBv2 => "conv_dicom_fbb_v2_date.csv",
+        MRIv0 => "conv_dicom_mri_v0_date.csv",
+        MRIv2 => "conv_dicom_mri_v2_date.csv",
+);
+my %ofiles = ( FBBv0 => "facehbi_fbb_v0_date_a.csv",
+        FBBv2 => "facehbi_fbb_v2_date_a.csv",
+        MRIv0 => "facehbi_mri_v0_date_a.csv",
+        MRIv2 => "facehbi_mri_v2_date_a.csv",
+);
+my $info_file = "internos.csv";
+my %internos;
+open IIF, "<$info_file";
+while(<IIF>){
+        if(/(F.*);(.*)/){
+                (my $fnumber, my $inumber) = /(F.*);(.*)/;
+                $internos{$fnumber} = $inumber;
+        }
+}
+close IIF;
+my %dates;
+foreach my $fdate (sort keys %fdates){
+        open IDF, "<$fdates{$fdate}" or die "NO such file!";
+        while(<IDF>){
+                if(/(F.*);(.*)/){
+                        (my $fnumber, my $date) = /(F.*);(.*)/;
+                        (my $cdate = $date) =~ s/(\d{4})(\d{2})(\d{2})/$3.$2.$1/;
+                        $dates{$fnumber}{$fdate} = $cdate;
+                }
+        }
+        close IDF;
+        open ODF, ">$ofiles{$fdate}";
+        print ODF "FACEHBI; Interno; Fecha\n";
+        foreach my $fnumber (sort keys %internos){
+                print ODF "$fnumber; ";
+                if (exists $internos{$fnumber}){
+                        print ODF "$internos{$fnumber}; ";
+                        if (exists($dates{$fnumber}) && exists($dates{$fnumber}{$fdate})){
+                                print ODF "$dates{$fnumber}{$fdate}\n";
+                        }else{
+                                print ODF "NA\n";
+                        }
+                }
+        }
+        close ODF;
+}
+</code>
+<code>
+osotolongo@daisy:~/Cloud/NI_ACE/facehbi> scp -P 20022 detritus.fundacioace.com:/nas/data/facehbi/facehbi_mri.csv ./
+facehbi_mri.csv                                                                                                                                                 100%  764KB   1.5MB/s   00:00
+osotolongo@daisy:~/Cloud/NI_ACE/facehbi> sed 's/0/F/; s/Subject/FACEHBI/' facehbi_mri.csv > facehbi_mri_v0.csv
+osotolongo@daisy:~/Cloud/NI_ACE/facehbi> join -t";" facehbi_mri_v0_date_a.csv facehbi_mri_v0.csv > facehbi_mri_v0_data.csv
+</code>
+jodidos problemas de permisos m(
+<code>
+[root@detritus ~]# chmod g+rwx /nas/data/subjects/facehbi_smc0003 -R
+.....
+[osotolongo@detritus facehbi]$ ls /nas/data/subjects/facehbi_smc0003/
+bem  label  labels  morph  mpg	mri
+[osotolongo@detritus facehbi]$ cat soloeste.csv
+;smc
+[osotolongo@detritus facehbi]$ precon.pl -cut soloeste.csv facehbi
+</code>
 ===== Reprocesamiento =====
-Primero reconvertir los que estan mal,
+Primero reconvertir los que estan mal, borrar los directorios de FS, crearlos de nuevo y recalcular FS.
 <code>