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neuroimagen:dcm2bids

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neuroimagen:dcm2bids [2019/06/05 09:31]
osotolongo [Know your data ;-)]
neuroimagen:dcm2bids [2020/08/04 10:58] (current)
Line 42: Line 42:
 </code> </code>
  
-Esto genera los archivos NIfTI y //.json// con el contenido del DCM. De aqui debemos gerar el archivo de configuracion.+Esto genera los archivos NIfTI y //.json// con el contenido del DCM. De aqui debemos generar el archivo de configuracion.
  
 Lo que nos interesa es T1, T2, DTI y fMRI. Vamos a empezar por el T1,  Lo que nos interesa es T1, T2, DTI y fMRI. Vamos a empezar por el T1, 
Line 402: Line 402:
  ]  ]
 } }
 +[osotolongo@detritus tmp]$ tree sub-0024/
 sub-0024/ sub-0024/
 ├── anat ├── anat
Line 422: Line 422:
 3 directories, 12 files 3 directories, 12 files
 </code> </code>
 +
 +===== Convirtiendo =====
 +
 +Ya tengo la estructura de conversón hecha. Ahora debo intentar convertir los sujetos segun la base de datos del proyecto.
 +
 +Tengo la estructura de nombres y directorio almacenados en //ni_names.csv// y la configuracion en //tmpbids/conv_config.json//.
 +
 +Como siempre que se corre en un grupo grande empiezan a surgir problemas asi que he tenido que hacer algunos cambios en la configuracion.
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus tmpbids]$ cat conv_config.json
 +{
 +        "descriptions": [
 +                {
 +                        "dataType": "anat",
 +                        "modalityLabel": "T1w",
 +                        "criteria": {
 +                                "SeriesDescription": "t1_mprage_sag_p2_iso"
 +                        }
 +                },
 +                {
 +                        "dataType": "anat",
 +                        "modalityLabel": "T2w",
 +                        "criteria": {
 +                                "SeriesDescription": "t2_space_dark-fluid_sag_p2_iso"
 +                        }
 +                },
 +                {
 +                        "dataType": "func",
 +                        "modalityLabel": "bold",
 +                        "customLabels": "task-rest",
 +                        "criteria": {
 +                                "SeriesDescription": "*resting_state*",
 +                                "RepetitionTime": 2.13
 +                        }
 +                },
 +                {
 +                        "dataType": "func",
 +                        "modalityLabel": "bold",
 +                        "customLabels": "task-rest_dir-PA_sbref",
 +                        "criteria": {
 +                                "SeriesDescription": "ep2d_fid_basic_bold_p2_PA"
 +                        }
 +                },
 +                {
 +                        "dataType": "func",
 +                        "modalityLabel": "bold",
 +                        "customLabels": "task-rest_dir-AP_sbref",
 +                        "criteria": {
 +                                "SeriesDescription": "ep2d_fid_basic_bold_p2_AP"
 +                        }
 +                },
 +                {
 +                        "dataType": "dwi",
 +                        "modalityLabel": "dwi",
 +                        "criteria": {
 +                                "SeriesDescription": "DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP"
 +                        }
 +                },
 +                {
 +                        "dataType": "dwi",
 +                        "modalityLabel": "dwi",
 +                        "customLabels": "dir-PA_sbref",
 +                        "criteria": {
 +                                "SeriesDescription": "DTIep2d_diff_mddw_4b0_PA"
 +                        }
 +
 +                }
 +        ]
 +}
 +</code>
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus tmpbids]$ for x in `cat ../ni_names.csv`; do pname=$(echo ${x} | awk -F"," '{print $1}'); id=$(echo ${x} | awk -F"," '{print $2}'); dcm2bids -d /nas/corachan/MOPEAD/${pname}
 +/ -p ${id} -c conv_config.json; done
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:--- dcm2bids start ---
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:OS:version: Linux-2.6.32-431.17.1.el6.centos.plus.x86_64-x86_64-with-centos-6.10-Final
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:python:version: 3.4.8 (default, Apr  9 2018, 11:43:18) [GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18)]
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:dcm2bids:version: 2.1.4
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:dcm2niix:version: v1.0.20191031
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:participant: sub-0001
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:session:
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:config: /nas/data/mopead/tmpbids/conv_config.json
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:BIDS directory: /nas/data/mopead/tmpbids
 +INFO:dcm2bids.utils:Running dcm2niix -b y -ba y -z y -f '%3s_%f_%p_%t' -o /nas/data/mopead/tmpbids/tmp_dcm2bids/sub-0001 /nas/corachan/MOPEAD/24A8DVSH/
 +INFO:dcm2bids.dcm2niix:Check log file for dcm2niix output
 +INFO:dcm2bids.sidecar:Sidecars pairing:
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  013_24A8DVSH_ep2d_bold_p2_resting_state_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  017_24A8DVSH_asl_3d_tra_iso_3.0_highres_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  019_24A8DVSH_asl_3d_tra_iso_3.0_highres_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  021_24A8DVSH_DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:_T1w  <-  5001_24A8DVSH_t1_mprage_sag_p2_iso_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:_T2w  <-  6001_24A8DVSH_t2_space_dark-fluid_sag_p2_iso_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  7001_24A8DVSH_pd+t2_tse_tra_p2_3mm_20180714105659_e1
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  7001_24A8DVSH_pd+t2_tse_tra_p2_3mm_20180714105659_e1a
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  8001_24A8DVSH_t2_swi_tra_p2_384_2mm_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  9001_24A8DVSH_t2_swi_tra_p2_384_2mm_20180714105659_ph
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  10001_24A8DVSH_t2_swi_tra_p2_384_2mm_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  11001_24A8DVSH_t2_swi_tra_p2_384_2mm_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:_task-rest_bold  <-  12001_24A8DVSH_ep2d_bold_p2_resting_state_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:_task-rest_dir-AP_sbref_bold  <-  14001_24A8DVSH_ep2d_fid_basic_bold_p2_AP_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:_task-rest_dir-PA_sbref_bold  <-  15001_24A8DVSH_ep2d_fid_basic_bold_p2_PA_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  16001_24A8DVSH_asl_3d_tra_iso_3.0_highres_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  18001_24A8DVSH_asl_3d_tra_iso_3.0_highres_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  18001_24A8DVSH_asl_3d_tra_iso_3.0_highres_20180714105659a
 +INFO:dcm2bids.sidecar:_dwi  <-  20001_24A8DVSH_DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  22001_24A8DVSH_DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  23001_24A8DVSH_DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  24001_24A8DVSH_DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  25001_24A8DVSH_DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:No Pairing  <-  27001_24A8DVSH_DTIep2d_diff_mddw_48dir_p3_AP_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.sidecar:_dir-PA_sbref_dwi  <-  28001_24A8DVSH_DTIep2d_diff_mddw_4b0_PA_20180714105659
 +INFO:dcm2bids.dcm2bids:moving acquisitions into BIDS folder
 +</code>
 +
 +<code bash>[osotolongo@detritus tmpbids]$ tree sub-0001/
 +sub-0001/
 +├── anat
 +│   ├── sub-0001_T1w.json
 +│   ├── sub-0001_T1w.nii.gz
 +│   ├── sub-0001_T2w.json
 +│   └── sub-0001_T2w.nii.gz
 +├── dwi
 +│   ├── sub-0001_dir-PA_sbref_dwi.json
 +│   ├── sub-0001_dir-PA_sbref_dwi.nii.gz
 +│   ├── sub-0001_dwi.bval
 +│   ├── sub-0001_dwi.bvec
 +│   ├── sub-0001_dwi.json
 +│   └── sub-0001_dwi.nii.gz
 +└── func
 +    ├── sub-0001_task-rest_bold.json
 +    ├── sub-0001_task-rest_bold.nii.gz
 +    ├── sub-0001_task-rest_dir-AP_sbref_bold.json
 +    ├── sub-0001_task-rest_dir-AP_sbref_bold.nii.gz
 +    ├── sub-0001_task-rest_dir-PA_sbref_bold.json
 +    └── sub-0001_task-rest_dir-PA_sbref_bold.nii.gz
 +
 +3 directories, 16 files
 +</code>
 +
 +
neuroimagen/dcm2bids.1559727064.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:45 (external edit)