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neuroimagen:dcm2bids

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Convertir DICOMs a BIDS

Dada la creciente aparicion de software de analisis que utiliza el formato BIDS necesitamos implementar un procedimiento para convertir las imagenes DICOM directamente. Ya hemos implementado un esquema para convertir los NIfTI deberiamos quitar el paso intermedio y asegurarnos que no haya perdida de datos por el camino. Voy a empezar mirando dmc2bids que parece prometedor.

Know your data

Lo mas complicado es que tenemos que escribir un archivo de configuracion para el proceso.

Primero corremos dcm2bids_scaffold que genera la estructura necesaria para ejecutar la conversion,

[osotolongo@detritus tmp]$ dcm2bids_scaffold
[osotolongo@detritus tmp]$ ls
CHANGES  code  dataset_description.json  derivatives  participants.json  participants.tsv  README  sourcedata

Ahora ejecutamos dcm2bids_helper sobre un sujeto de ejemplo,

[osotolongo@detritus tmp]$ dcm2bids_helper -d /nas/corachan/MOPEAD/24N223T4/
neuroimagen/dcm2bids.1559635667.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:46 (external edit)