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neuroimagen:dando_formato_a_las_resultados

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Formato de entrega de los resultados de analisis

MRI

El primer paso es sacar las fechas de los DICOM.

Ejemplo con FACEHBI,

[osotolongo@detritus facehbi]$ for x in /nas/corachan/facehbi/*;do n=$(echo ${x} | awk -F"/" {'print $5'}); f=$(find ${x} -type f |grep -v "DTI"| head -1); d=$(dckey -k "AcquisitionDate" ${f} 2>&1); echo ${n},${d}; done > dates_mri.csv
[osotolongo@detritus facehbi]$ sed -i '1iPSubject,Date' dates_mri.csv
[osotolongo@detritus facehbi]$ head dates_mri.csv
PSubject,Date
F001,20141205
F002,20141205
F003,20141211
F004,20141212
F005,20150107
F006,20141223
F007,20141219
F008,20141220
F009,20150110

Ademas necesitamos un archivo con el numero de historia clinica interno, pues es necesario para el procesamiento de otras variables (no aqui!). Esto se recibirá en cualquier formato pero es necesario convertirlo en algo asi,

[osotolongo@detritus facehbi]$ head internos.csv
PSubject,Interno
F001,20090806
F002,20131084
F003,20130456
F004,20080130
F005,20141272
F006,20141107
F007,20080716
F008,20131483
F009,20141277

Vamos a unirlos ahora,

[osotolongo@detritus facehbi]$ join -t, internos.csv dates_mri.csv > info_mri.csv
[osotolongo@detritus facehbi]$ head info_mri.csv
PSubject,Interno,Date
F001,20090806,20141205
F002,20131084,20141205
F003,20130456,20141211
F004,20080130,20141212
F005,20141272,20150107
F006,20141107,20141223
F007,20080716,20141219
F008,20131483,20141220
F009,20141277,20150110
neuroimagen/dando_formato_a_las_resultados.1578144271.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:46 (external edit)