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neuroimagen:cpac

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CPAC

Una opcion para preprocesar las imagenes fMRI es utilizar C-PAC.

Se instala bajando una imagen docker que he transformado a Singularity. Siguiendo la documentacion puede lanzarse como,

[osotolongo@brick01 mopead]$ singularity run --cleanenv -B /nas/data/mopead/bids:/bids_dataset -B /nas/data/mopead/cpac_out:/outputs -B /nas/data/mopead/tmp:/scratch /nas/software/cpac-latest.simg /bids_dataset /outputs participant --participant_label sub-0001

Nota: el tag –cleanenv es necesario para que singularity no tome las variables del bash_profile de la maquina sino las de la imagen.

y por supuesto, la primera vez no funciona,

         ***********************************
190516-08:51:36,763 nipype.workflow ERROR:
         could not run node: resting_preproc_sub-0001_ses-1.anat_preproc_afni_0.anat_skullstrip
190516-08:51:36,765 nipype.workflow INFO:
         crashfile: /outputs/crash/crash-20190516-084320-osotolongo-anat_skullstrip-28dd4540-f205-44b7-9ad2-c4af06706a15.pklz
190516-08:51:36,769 nipype.workflow INFO:
         ***********************************

Puedo cambiar el skullstrip para hacerlo con FSL, pero he de especificarlo en la configuracion del pipeline. Asi que me copio un archivo previo y lo cambio.

# Choice of using AFNI or FSL-BET to perform SkullStripping
skullstrip_option: [BET]

La orden ahora es ligeramente diferente,

[osotolongo@brick01 mopead]$ singularity run --cleanenv -B /nas/data/mopead:/project -B /nas/data/mopead/bids:/bids_dataset -B /nas/data/mopead/cpac_out:/outputs -B /nas/data/mopead/tmp:/scratch /nas/software/cpac-latest.simg --pipeline_file /project/cpac_pipeline_config.yml /bids_dataset /outputs participant --participant_label sub-0002
neuroimagen/cpac.1557999093.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:47 (external edit)