User Tools

Site Tools


neuroimagen:cpac

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

neuroimagen:cpac [2019/05/16 09:28]
osotolongo
neuroimagen:cpac [2020/08/04 10:58]
Line 1: Line 1:
-====== CPAC ====== 
- 
-Una opcion para preprocesar las imagenes fMRI es utilizar [[http://fcp-indi.github.io/docs/user/index.html|C-PAC]].  
- 
-Se instala bajando una imagen [[https://www.docker.com/|docker]] que he transformado a [[https://www.sylabs.io/|Singularity]]. Siguiendo [[http://fcp-indi.github.io/docs/user/quick.html#running-on-singularity|la documentacion]] puede lanzarse como, 
- 
-<code bash> 
-[osotolongo@brick01 mopead]$ singularity run --cleanenv -B /nas/data/mopead/bids:/bids_dataset -B /nas/data/mopead/cpac_out:/outputs -B /nas/data/mopead/tmp:/scratch /nas/software/cpac-latest.simg /bids_dataset /outputs participant --participant_label sub-0001 
-</code> 
- 
-**Nota:** el tag //--cleanenv// es necesario para que //singularity// no tome las variables del //bash_profile// de la maquina sino las de la imagen.  
- 
-y por supuesto, la primera vez no funciona, 
- 
-<code> 
-         *********************************** 
-190516-08:51:36,763 nipype.workflow ERROR: 
-         could not run node: resting_preproc_sub-0001_ses-1.anat_preproc_afni_0.anat_skullstrip 
-190516-08:51:36,765 nipype.workflow INFO: 
-         crashfile: /outputs/crash/crash-20190516-084320-osotolongo-anat_skullstrip-28dd4540-f205-44b7-9ad2-c4af06706a15.pklz 
-190516-08:51:36,769 nipype.workflow INFO: 
-         *********************************** 
-</code> 
- 
-Puedo cambiar el //skullstrip// para hacerlo con FSL, pero he de especificarlo en la configuracion del pipeline. Asi que me copio un archivo previo y lo cambio. 
- 
-<code> 
-# Choice of using AFNI or FSL-BET to perform SkullStripping 
-skullstrip_option: [BET] 
-</code> 
- 
-La orden ahora es ligeramente diferente, 
- 
-<code> 
- 
-</code> 
- 
  
neuroimagen/cpac.txt ยท Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)