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neuroimagen:bioface_atn

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neuroimagen:bioface_atn [2022/06/13 14:08]
osotolongo [evaluando WMH]
neuroimagen:bioface_atn [2022/06/14 08:22]
osotolongo [evaluando WMH]
Line 387: Line 387:
  
 OK, ya puestos también podemos hacerlo con las WMH calculadas desde T2W. Yo uso PGS, para las WMH de T2w, asi que tengo que pegarlas a las tablas, OK, ya puestos también podemos hacerlo con las WMH calculadas desde T2W. Yo uso PGS, para las WMH de T2w, asi que tengo que pegarlas a las tablas,
 +
 +(Ejemplo con facehbi)
 +
 +<code>
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ sed 's/;/,/' facehbi_mri.csv > codes.csv
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ sed -i '1iSubject,Subject_ID' codes.csv
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ join -t, codes.csv facehbi_wmh_metrics.csv | awk -F',' '{print $2","$3}' > facehbi_wmh.csv
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ ./xnat_get_age.pl -x facehbi
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ xnat_pullfs.pl -s aseg -p facehbi -o base_aseg.csv
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ xnat_pullfs.pl -s aparc -p facehbi -o base_aparc.csv
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ join -t, base_aseg.csv base_aparc.csv > base_full.csv
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ (head -n 1 facehbi_age_data.csv && tail -n +2 facehbi_age_data.csv | sort -t, -n)> facehbi_age_data_sorted.csv
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ join -t, facehbi_age_data_sorted.csv facehbi_wmh.csv > facehbi_age_wmh.csv
 +[osotolongo@brick03 facehbi]$ join -t, base_full.csv facehbi_age_wmh.csv > input_data.csv
 +
 +</code>
  
 Claro que aqui hay que usar la tabla de UCD WMH, Claro que aqui hay que usar la tabla de UCD WMH,
Line 453: Line 469:
  
 ++++ (**NO WAY**, explicar como se hace que hay que meter el ucd_wmh de ADNI y sacar wl WMH con PGS) ++++ (**NO WAY**, explicar como se hace que hay que meter el ucd_wmh de ADNI y sacar wl WMH con PGS)
 +
 +Con BIOFACE:
  
 ^ no WMH ^ T1w WMH ^ T2w WMH ^ ^ no WMH ^ T1w WMH ^ T2w WMH ^
Line 461: Line 479:
 | +2- | 9 (10%) | 4 (4%) | | +2- | 9 (10%) | 4 (4%) |
  
 +Con FACEHBI:
  
 +^ no WMH ^ T1w WMH ^ T2w WMH ^
 +| {{ :neuroimagen:facehbi_classifier_output_hippocampus.png?400 |}} | {{ :neuroimagen:facehbi_classifier_output_hippocampus_w.png?400 |}} | {{ :neuroimagen:facehbi_classifier_output_hippocampus_w2.png?400 |}} |
 +
 +^ ^ T1w WMH ^ T2w WMH ^
 +| -2+ | 0 | 0 |
 +| +2- | 21 (4%) | 10 (2%) |
neuroimagen/bioface_atn.txt · Last modified: 2022/06/14 08:22 by osotolongo