Existe un numero de paquetes de software que procesan la neuroimagen en formato BIDS. Necesito elaborar alguna manera sencilla de procesar los archivos existentes de los proyectos y trasladarlos a este formato.

Voy a empezar con el fMRI,

fmri2bids.pl

#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Data::Dump qw(dump);
 
my $idir = "fmri";
my $bdir = "bids";
 
opendir my ($dh), $idir or die "Could not open dir: $!";
my @files = grep { /.*s\d+\.nii\.gz/ } readdir $dh; 
close $dh;
 
foreach my $nifti (@files){
	(my $sn = $nifti) =~ s/\D+(\d+)s\d+\.nii\.gz/$1/;
	my $odir = $bdir."/sub-".$sn."/func";
	my $order = "mkdir -p $odir";
	print "$order \n";
	system($order);
	(my $ifns = $nifti) =~ s/(\D+\d+s\d+)\.nii\.gz/$1/;
	(my $ifnp = $nifti) =~ s/(\D+\d+)s\d+\.nii\.gz/$1/;
	my $ifn = $idir."/".$nifti;
	my $ofn = $odir."/sub-".$sn."_task-rs_run-1_bold.nii.gz";
	$order = "cp $ifn $ofn";
	print "$order\n";
	system($order);
	$ifn = $idir."/".$ifns.".json";
	$ofn = $odir."/sub-".$sn."_task-rs_run-1_bold.json";
	$order = "cp $ifn $ofn";
	print "$order\n";
        system($order);
	$ifn = $idir."/".$ifnp."_a2p.nii.gz";
	$ofn = $odir."/sub-".$sn."_dir-a2p_bold.nii.gz";
        $order = "cp $ifn $ofn";
        print "$order\n";
        system($order);
        $ifn = $idir."/".$ifnp."_p2a.nii.gz";
        $ofn = $odir."/sub-".$sn."_dir-p2a_bold.nii.gz";
        $order = "cp $ifn $ofn";
        print "$order\n";
        system($order);
}

lo mismo podemos hacer para el dti,

para los T1,

y para los T2,

Y de esta manera, al correr estos script lainformacion del proyecto que da en el formato deseado,

bids
├── sub-0001
│   ├── anat
│   │   ├── sub-0001_T1w.json
│   │   ├── sub-0001_T1w.nii.gz
│   │   ├── sub-0001_T2w.json
│   │   └── sub-0001_T2w.nii.gz
│   ├── dwi
│   │   ├── sub-0001_dwi_dir-a2p.nii.gz
│   │   ├── sub-0001_dwi.json
│   │   └── sub-0001_dwi.nii.gz
│   └── func
│       ├── sub-0001_dir-a2p_bold.nii.gz
│       ├── sub-0001_dir-p2a_bold.nii.gz
│       ├── sub-0001_task-rs_run-1_bold.json
│       └── sub-0001_task-rs_run-1_bold.nii.gz
├── sub-0002
│   ├── anat
│   │   ├── sub-0002_T1w.json
│   │   ├── sub-0002_T1w.nii.gz
│   │   ├── sub-0002_T2w.json
│   │   └── sub-0002_T2w.nii.gz
│   ├── dwi
│   │   ├── sub-0002_dwi_dir-a2p.nii.gz
│   │   ├── sub-0002_dwi.json
│   │   └── sub-0002_dwi.nii.gz
│   └── func
│       ├── sub-0002_dir-a2p_bold.nii.gz
│       ├── sub-0002_dir-p2a_bold.nii.gz
│       ├── sub-0002_task-rs_run-1_bold.json
│       └── sub-0002_task-rs_run-1_bold.nii.gz
........

Nota: Falta mover los PETs pero tengo que tomar la decision de como guardarlos correctamente. Hay 4 archivos por sujeto y el proceso es algo mas complejo. Ademas hay que reconvertirlos para copiar los archivos .json.

Nota2: Cuando hay mas de un archivo por sujeto el procedimiento no sirve. Por eso he toamod el proyecto MOPEAD como piloto. Pensar como hacerlo.

Nota3: He tenido que retocar las plantillas para convertir de DCM a NIfTI. Debo poder hacer esto directamnte desde DCM. Revisar las plantillas para hacerlo .