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--- neuroimagen:altdti_2020 [2020/02/03 11:12]
osotolongo [Tractografia]
+++ neuroimagen:altdti_2020 [2020/08/04 10:58]
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-====== experimento DTI ======
-===== Generalidades =====
-El procesamiento se realiza con [[neuroimagen:pipe04_user|la version 0.4 del pipeline]]
-==== Objetivo ====
-Determinar los valores de anisotropia fraccional ([[https://en.wikipedia.org/wiki/Fractional_anisotropy|FA]])  y difusividad media([[https://en.wikipedia.org/wiki/Diffusion_MRI#Measures_of_anisotropy_and_diffusivity|MD]]) en los tractos que conectan la corteza Fronto-Parietal para los sujetos del protocolo FACEHBI.
-==== Registro ====
-=== Problemas ===
-La adquisición DTI se ha realizado con una orientación distinta  al T1w. Esto por sí solo no seria  un problema pero los cortes se han calculado para adquirir la **materia blanca** en su totalidad y no el cerebro completo.
-El resultado es que las imagenes DTI estan cortadas en la parte superior de la cabeza y el corregistro a cualquier espacio es casi imposible.
-{{ :neuroimagen:sub-0078_dwi.png |}}
-=== Soluciones ===
-Se procede en varios pasos par aintentar hacer un registro decente,
-  - Se registra (flirt, fnirt) la imagen FA al atlas FMRIB58_FA
-  - Usando esta transformacion (applywarp) se registra el B0 a espacio MNI
-  - Se aplica una mascara (fslmaths) del B0 registrado sobre el template MNI y se obtiene un espacio MNI recortado al DTI del sujeto
-  - Se registra (antsRegistrationSyN.sh) el template MNI a espacio nativo T1
-  - Se usa la transformacion (antsApplyTransforms) para pasar el template MNI recortado a espacio nativo
-  - Se aplica una mascara (fslmaths) de este template recortado al T1 y se obtiene un T1 recortado
-  - Se registra (epi_reg) el DTI a este T1 recortado
-  - Se invierte la matriz de la transformacion (convert_xfm) y se convierte a formato ANTS (c3d_affine_tool).**Ya tenemos una transformación valida del T1 al B0!**
-  - Se pasa (antsApplyTransforms) el T1 a espacio nativo DTI usando esta matriz
-  - Se pasa el template MNI a espacio nativo T1 y de ahi a espacio nativo DTI
-  - Se pasan los Atlas JHU  a espacio nativo T1 y de ahi a espacio nativo DTI
-Basicamente,
-<code bash>
-$ dti_reg.pl -chop -time '12:0:0' facehbi
-</code>
-{{ :neuroimagen:sub-0078_dwi_rmni.png |}}
-==== Tractografia ====
-Una vez efectuado el registro correcto pasamos a planificar la tractografia. Obtenemos la corteza Fronto-Temporal a partir de la segmentacion de FS. Los FS-LUT han de ser,
-<code>
-</code>
-Se toma la segmentacion de FS y se lleva a espacio nativo DTI (**Ya tenemos la matriz correcta**). De aqui se toman los LUT correspodientes.
-{{ :neuroimagen:sub-0078_dwi_ctx.png |}}
-Usando las ROIs ya en espacio nativo DTI se lanza la tractografia,
-Todo esto se agrupa con el comando,
-<code bash>
-$ dti_track.pl -t1 -time '12:0:0' facehbi
-</code>
-{{ :neuroimagen:2020-02-03-113047_grim.png |}}
-===== Metricas =====
-Ahora hay que extraer los valores de FA y MD en los tractos calculados,
-<code bash>
-$ for x in `ls -d working/*_probtrack_out`; do mv $x `echo $x | sed 's/out/FPCustom/'`;done
-$ dti_metrics_tracks.pl -path FPCustom facehbi
-</code>

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