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neuroimagen:afni_proc

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neuroimagen:afni_proc [2020/01/30 09:10]
osotolongo [Del template a los scripts]
neuroimagen:afni_proc [2020/08/04 10:58] (current)
Line 5: Line 5:
 https://blog.cogneurostats.com/2013/05/29/single-subject-analysis-in-afni/ https://blog.cogneurostats.com/2013/05/29/single-subject-analysis-in-afni/
  
 +**Revisar aqui primero:**
 +https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/programs/afni_proc.py_sphx.html
 ===== Construyendo el template ===== ===== Construyendo el template =====
  
Line 274: Line 276:
  
 </code> </code>
 +
 +===== Resultados =====
  
 Revisar esto visualmente con AFNI tiene truco, Revisar esto visualmente con AFNI tiene truco,
Line 306: Line 310:
 https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/programs/afni_proc.py_sphx.html#main-outputs-many-datasets-are-created https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/programs/afni_proc.py_sphx.html#main-outputs-many-datasets-are-created
  
-Para el //resting state//, el archivo de output con los datos limpios es //errts+sub_XXXX+tlrc//.+Para el //resting state//, el archivo de output con los datos limpios es //errts+sub_XXXX+tlrc//Puedo convertirlo a formato NIfTI facilmente, 
 + 
 +<code bash> 
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ 3dAFNItoNIFTI -prefix sub_0001_fmri_clean errts.sub_0001+tlrc 
 +++ 3dAFNItoNIFTI: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (Sep 30 2013) [64-bit] 
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslinfo sub_0001_fmri_clean.nii 
 +data_type      FLOAT32 
 +dim1           54 
 +dim2           64 
 +dim3           50 
 +dim4           200 
 +datatype       16 
 +pixdim1        3.000000 
 +pixdim2        3.000000 
 +pixdim3        3.000000 
 +pixdim4        2.130000 
 +cal_max        0.0000 
 +cal_min        0.0000 
 +file_type      NIFTI-1+ 
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ 3dAFNItoNIFTI -prefix sub_0001_anat pb03.sub_0001.r01.volreg+tlrc 
 +++ 3dAFNItoNIFTI: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (Sep 30 2013) [64-bit] 
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslinfo sub_0001_anat.nii 
 +data_type      INT16 
 +dim1           54 
 +dim2           64 
 +dim3           50 
 +dim4           200 
 +datatype       4 
 +pixdim1        3.000000 
 +pixdim2        3.000000 
 +pixdim3        3.000000 
 +pixdim4        2.130000 
 +cal_max        0.0000 
 +cal_min        0.0000 
 +file_type      NIFTI-1+ 
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslview_deprecated sub_0001_anat.nii sub_0001_fmri_clean.nii -l "render1" -b 0,6 -t 0.7 
 + 
 +</code> 
 + 
 +{{ :neuroimagen:2020-01-30-114522_grim.png |}} 
 +{{ :neuroimagen:2020-01-30-160900_grim.png |}} 
 +{{:neuroimagen:recording.mp4|}} 
 + 
 + 
 +===== y ahora? ===== 
 + 
 +Postprocessing,
  
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2013/04/09/using-r-with-afni/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2014/03/25/r-for-mri-lovers-part-1/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2014/09/03/r-for-mri-lovers-part-2/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2013/07/24/creating-volume-rois-in-afni/
  
neuroimagen/afni_proc.1580375440.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:47 (external edit)