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neuroimagen:afni_proc

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neuroimagen:afni_proc [2020/01/28 15:35]
osotolongo [Del template a los scripts]
neuroimagen:afni_proc [2020/01/31 22:20]
osotolongo [Resultados]
Line 5: Line 5:
 https://blog.cogneurostats.com/2013/05/29/single-subject-analysis-in-afni/ https://blog.cogneurostats.com/2013/05/29/single-subject-analysis-in-afni/
  
 +**Revisar aqui primero:**
 +https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/programs/afni_proc.py_sphx.html
 ===== Construyendo el template ===== ===== Construyendo el template =====
  
Line 274: Line 276:
  
 </code> </code>
 +
 +===== Resultados =====
  
 Revisar esto visualmente con AFNI tiene truco, Revisar esto visualmente con AFNI tiene truco,
Line 279: Line 283:
 <code bash> <code bash>
 [osotolongo@detritus mopead]$ cd afni_out/sub_0001.results/ [osotolongo@detritus mopead]$ cd afni_out/sub_0001.results/
-[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ afni -yesplugouts & +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ afni -dset all_runs.sub_0001+tlrc 
-[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ plugout_drive + 
 +Thanks go to J Evans for useful feedback 
 + 
 +Initializing: X11.++ AFNI is detached from terminal. 
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ . Widgets...... Input files: 
 + dataset count = 1 
 + Time series   = 22 files read 
 +  NLfit & NLerr= Optimizer (AFNI_NLFIM_METHOD) is SIMPLEX 
 +  NLfit & NLerr= Found 26 models 
 + Plugins       = 52 libraries read 
 + 
 +++ NOTE: This version of AFNI was built Sep 30 2013 ++ 
 +++ NOTE: 'Define Markers' is hidden: right-click 'DataDir' to see it 
 +++ NOTE: you may want to consider creating a '.afnirc' file in your home 
 +         directory, to control AFNI's setup.  For more details, see 
 +   http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/program_help/README.environment.html
 </code> </code>
-{{ :neuroimagen:2020-01-28-163344_grim.png |}}+ 
 +{{ :neuroimagen:2020-01-29-103059_grim.png |}}
  
 **nota:** Necesito otro monitor mas! **nota:** Necesito otro monitor mas!
 +
 +{{ :neuroimagen:2020-01-29-112733_grim.png |}}
 +
 +https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/programs/afni_proc.py_sphx.html#main-outputs-many-datasets-are-created
 +
 +Para el //resting state//, el archivo de output con los datos limpios es //errts+sub_XXXX+tlrc//. Puedo convertirlo a formato NIfTI facilmente,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ 3dAFNItoNIFTI -prefix sub_0001_fmri_clean errts.sub_0001+tlrc
 +++ 3dAFNItoNIFTI: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (Sep 30 2013) [64-bit]
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslinfo sub_0001_fmri_clean.nii
 +data_type      FLOAT32
 +dim1           54
 +dim2           64
 +dim3           50
 +dim4           200
 +datatype       16
 +pixdim1        3.000000
 +pixdim2        3.000000
 +pixdim3        3.000000
 +pixdim4        2.130000
 +cal_max        0.0000
 +cal_min        0.0000
 +file_type      NIFTI-1+
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ 3dAFNItoNIFTI -prefix sub_0001_anat pb03.sub_0001.r01.volreg+tlrc
 +++ 3dAFNItoNIFTI: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (Sep 30 2013) [64-bit]
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslinfo sub_0001_anat.nii
 +data_type      INT16
 +dim1           54
 +dim2           64
 +dim3           50
 +dim4           200
 +datatype       4
 +pixdim1        3.000000
 +pixdim2        3.000000
 +pixdim3        3.000000
 +pixdim4        2.130000
 +cal_max        0.0000
 +cal_min        0.0000
 +file_type      NIFTI-1+
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslview_deprecated sub_0001_anat.nii sub_0001_fmri_clean.nii -l "render1" -b 0,6 -t 0.7
 +
 +</code>
 +
 +{{ :neuroimagen:2020-01-30-114522_grim.png |}}
 +{{ :neuroimagen:2020-01-30-160900_grim.png |}}
 +{{:neuroimagen:recording.mp4|}}
 +
 +
 +===== y ahora? =====
 +
 +Postprocessing,
 +
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2013/04/09/using-r-with-afni/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2014/03/25/r-for-mri-lovers-part-1/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2014/09/03/r-for-mri-lovers-part-2/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2013/07/24/creating-volume-rois-in-afni/
 +
neuroimagen/afni_proc.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)