User Tools

Site Tools


neuroimagen:afni_proc

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
Next revision Both sides next revision
neuroimagen:afni_proc [2020/01/28 15:34]
osotolongo [Del template a los scripts]
neuroimagen:afni_proc [2020/01/31 08:52]
osotolongo [Procesando fMRI con AFNI (single subject)]
Line 5: Line 5:
 https://blog.cogneurostats.com/2013/05/29/single-subject-analysis-in-afni/ https://blog.cogneurostats.com/2013/05/29/single-subject-analysis-in-afni/
  
 +**Revisar aqui primero :**
 +https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/programs/afni_proc.py_sphx.html
 ===== Construyendo el template ===== ===== Construyendo el template =====
  
Line 274: Line 276:
  
 </code> </code>
 +
 +===== Resultados =====
  
 Revisar esto visualmente con AFNI tiene truco, Revisar esto visualmente con AFNI tiene truco,
Line 279: Line 283:
 <code bash> <code bash>
 [osotolongo@detritus mopead]$ cd afni_out/sub_0001.results/ [osotolongo@detritus mopead]$ cd afni_out/sub_0001.results/
-[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ afni -yesplugouts & +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ afni -dset all_runs.sub_0001+tlrc 
-[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ plugout_drive -com all._runs.sub_0001+tlrc+ 
 +Thanks go to J Evans for useful feedback 
 + 
 +Initializing: X11.++ AFNI is detached from terminal. 
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ . Widgets...... Input files: 
 + dataset count = 1 
 + Time series   = 22 files read 
 +  NLfit & NLerr= Optimizer (AFNI_NLFIM_METHOD) is SIMPLEX 
 +  NLfit & NLerr= Found 26 models 
 + Plugins       = 52 libraries read 
 + 
 +++ NOTE: This version of AFNI was built Sep 30 2013 ++ 
 +++ NOTE: 'Define Markers' is hidden: right-click 'DataDir' to see it 
 +++ NOTE: you may want to consider creating a '.afnirc' file in your home 
 +         directory, to control AFNI's setup.  For more details, see 
 +   http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/program_help/README.environment.html
 </code> </code>
-{{ :neuroimagen:2020-01-28-163344_grim.png |}}+ 
 +{{ :neuroimagen:2020-01-29-103059_grim.png |}}
  
 **nota:** Necesito otro monitor mas! **nota:** Necesito otro monitor mas!
 +
 +{{ :neuroimagen:2020-01-29-112733_grim.png |}}
 +
 +https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/programs/afni_proc.py_sphx.html#main-outputs-many-datasets-are-created
 +
 +Para el //resting state//, el archivo de output con los datos limpios es //errts+sub_XXXX+tlrc//. Puedo convertirlo a formato NIfTI facilmente,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ 3dAFNItoNIFTI -prefix sub_0001_fmri_clean errts.sub_0001+tlrc
 +++ 3dAFNItoNIFTI: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (Sep 30 2013) [64-bit]
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslinfo sub_0001_fmri_clean.nii
 +data_type      FLOAT32
 +dim1           54
 +dim2           64
 +dim3           50
 +dim4           200
 +datatype       16
 +pixdim1        3.000000
 +pixdim2        3.000000
 +pixdim3        3.000000
 +pixdim4        2.130000
 +cal_max        0.0000
 +cal_min        0.0000
 +file_type      NIFTI-1+
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ 3dAFNItoNIFTI -prefix sub_0001_anat pb03.sub_0001.r01.volreg+tlrc
 +++ 3dAFNItoNIFTI: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (Sep 30 2013) [64-bit]
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslinfo sub_0001_anat.nii
 +data_type      INT16
 +dim1           54
 +dim2           64
 +dim3           50
 +dim4           200
 +datatype       4
 +pixdim1        3.000000
 +pixdim2        3.000000
 +pixdim3        3.000000
 +pixdim4        2.130000
 +cal_max        0.0000
 +cal_min        0.0000
 +file_type      NIFTI-1+
 +[osotolongo@detritus sub_0001.results]$ fslview_deprecated sub_0001_anat.nii sub_0001_fmri_clean.nii -l "render1" -b 0,6 -t 0.7
 +
 +</code>
 +
 +{{ :neuroimagen:2020-01-30-114522_grim.png |}}
 +{{ :neuroimagen:2020-01-30-160900_grim.png |}}
 +
 +===== y ahora? =====
 +
 +Postprocessing,
 +
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2013/04/09/using-r-with-afni/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2014/03/25/r-for-mri-lovers-part-1/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2014/09/03/r-for-mri-lovers-part-2/
 +  * https://blog.cogneurostats.com/2013/07/24/creating-volume-rois-in-afni/
 +
neuroimagen/afni_proc.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)