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--- medicacion2021 [2021/03/29 16:18]
osotolongo [Reglas]
+++ medicacion2021 [2021/04/03 10:42] (current)
osotolongo [tl;dr]
@@ Line 2: / Line 2: @@
 Ver programas en github: https://github.com/asqwerty666/medica
+===== tl;dr =====
+El formato de la base de datos de input ha de ser:
+<code>
+<ID_Subject>;<ID_visita>;<Texto libre>
+</code>
+y se ejecutan dos scripts consecutivos,
+<code bash>
+$ ./parse.pl medicamentos.db
+$ ./apply_rules.pl -r med_rules_ed_0219.txt
+</code>
+Y los resultados quedan en el archivo //meds_matrix.csv//. ;-)
 ===== Antes de empezar =====
@@ Line 236: / Line 252: @@
 **Ahora, las reglas han de revisarse y editarse a mano. Esto no hay manera de evitarlo pero solo ha de hacerse una vez. La proxima vez que se haga el analisis se usara el mismo archivo de reglas.**
+===== Reglas de CIMA =====
+https://cima.aemps.es/cima/publico/nomenclator.html
+Me bajo la lista de medicamentos comercializados en España y la convierto a CSV. Luego hago esto:
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 medicaion_dev]$ awk -F";" '{print $2}' Medicamentos.csv | tail -n +2 | sed 's/\// /g' |awk '{print $1}' | tr '[:upper:]' '[:lower:]' | sort | uniq > medicamentos.list
+</code>
+O si quiero tener los principios activos,
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 medicaion_dev]$ awk -F";" '{print $2";"$8";"$9}' Medicamentos.csv | tail -n +2 | sed 's/\// /g' | tr '[:upper:]' '[:lower:]' | sort | uniq | sed 's/\.//g' > medicamentos_pa.list
+[osotolongo@brick03 medicaion_dev]$ sed 's/\([^ ]*\).*;\(.*\);\(.*\)/\1;\2;\3/' medicamentos_pa.list | uniq > mpa.list
+</code>
 ===== Aplicando las reglas =====
-Aqui he de leer dos cosas antes que nada. Primero, las reglas que hemos construido. Estas las voy a asignar a un hash de arrays,
+Aqui he de leer tres cosas antes que nada. Primero, las reglas que hemos construido. Estas las voy a asignar a un hash de arrays,
 <code perl>
@@ Line 253: / Line 286: @@
 close RDF;
+</code>
+Luego, la lista de principios activos de [[https://cima.aemps.es/cima/publico/home.html|CIMA]].
+<code perl>
+my %cima;
+open ADF, "<$mpa";
+while (<ADF>){
+        my ($med, $pal, $pan) = /^(.*);(.*);(.*)$/;
+        my @pas = split /, /, $pal;
+        for (@pas) {s/\s+/_/g;}
+        $cima{$med} = [ @pas ];
+}
+close ADF;
 </code>
@@ Line 282: / Line 329: @@
                                 foreach my $rkey (sort keys %wrules){
                                         if(exists($wrules{$rkey}{$med})){
-                                                $meds{$rkey} = 1;
+                                                foreach my $pa (@{$cima{$rkey}}){
-                                                $visits{$pid}{$vid}{$rkey} = 1;
+                                                        $meds{$pa} = 1;
+                                                        $visits{$pid}{$vid}{$pa} = 1;
+                                                }
                                                 last;
                                         }
@@ Line 291: / Line 340: @@
 </code>
-Cuando encuentro este elemento en las reglas, marco el ID de la regla como existente en esa visita y ademas lo sumo a las variables que he de escribir. Si no se encuentraeste termino, se concluye que no es ningun medicamento (pues no esta en ninguna regla) y no se hace nada.
+Cuando encuentro este elemento en las reglas, marco tods los ID de principios activos correspondientes a este medicamento como existentes en esa visita y ademas los sumo a las variables que he de escribir. Si no se encuentra este termino, se concluye que no es ningun medicamento (pues no esta en ninguna regla) y no se hace nada.
 Una vez llenados los medicamentos de cada visita hemos de escribirlo en forma matricial. Primero escribimos los headers,
@@ Line 323: / Line 372: @@
 </code>
-TADA!
+**TADA!**

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