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medicacion2021

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medicacion2021 [2021/03/28 13:44]
osotolongo [Limpieza] 		medicacion2021 [2021/04/03 10:42] (current)
osotolongo [tl;dr]
Line 2: Line 2:
  
 Ver programas en github: https://github.com/asqwerty666/medica Ver programas en github: https://github.com/asqwerty666/medica
 +
 +===== tl;dr =====
 +
 +El formato de la base de datos de input ha de ser:
 +<code>
 +<ID_Subject>;<ID_visita>;<Texto libre>
 +</code>
 +
 +y se ejecutan dos scripts consecutivos,
 +
 +<code bash>
 +$ ./parse.pl medicamentos.db
 +$ ./apply_rules.pl -r med_rules_ed_0219.txt
 +</code>
 +
 +Y los resultados quedan en el archivo //meds_matrix.csv//. ;-)
 ===== Antes de empezar ===== ===== Antes de empezar =====
  
Line 235: Line 251:
 </code> </code>
  
 +**Ahora, las reglas han de revisarse y editarse a mano. Esto no hay manera de evitarlo pero solo ha de hacerse una vez. La proxima vez que se haga el analisis se usara el mismo archivo de reglas.**
 +
 +===== Reglas de CIMA =====
 +
 +https://cima.aemps.es/cima/publico/nomenclator.html
 +
 +Me bajo la lista de medicamentos comercializados en España y la convierto a CSV. Luego hago esto:
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@brick03 medicaion_dev]$ awk -F";" '{print $2}' Medicamentos.csv | tail -n +2 | sed 's/\// /g' |awk '{print $1}' | tr '[:upper:]' '[:lower:]' | sort | uniq > medicamentos.list
 +</code>
 +
 +O si quiero tener los principios activos,
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@brick03 medicaion_dev]$ awk -F";" '{print $2";"$8";"$9}' Medicamentos.csv | tail -n +2 | sed 's/\// /g' | tr '[:upper:]' '[:lower:]' | sort | uniq | sed 's/\.//g' > medicamentos_pa.list
 +[osotolongo@brick03 medicaion_dev]$ sed 's/\([^ ]*\).*;\(.*\);\(.*\)/\1;\2;\3/' medicamentos_pa.list | uniq > mpa.list
 +</code>
 +
 +
 +===== Aplicando las reglas =====
 +
 +Aqui he de leer tres cosas antes que nada. Primero, las reglas que hemos construido. Estas las voy a asignar a un hash de arrays,
 +
 +<code perl>
 +my %wrules;
 +open RDF, "<$rules_file" or die "No rules file";
 +while (<RDF>){
 +        (my $rkey, my $rvalue) = /^(\w*): (.*)$/;
 +        chomp $rvalue;
 +        my @lpat = split /\|/, $rvalue;
 +        %{$wrules{$rkey}} = map {$_ => 1} @lpat unless !$rkey;
 +}
 +close RDF;
 +
 +</code>
 +
 +Luego, la lista de principios activos de [[https://cima.aemps.es/cima/publico/home.html|CIMA]].
 +
 +<code perl>
 +my %cima;
 +open ADF, "<$mpa";
 +while (<ADF>){
 +        my ($med, $pal, $pan) = /^(.*);(.*);(.*)$/;
 +        my @pas = split /, /, $pal;
 +        for (@pas) {s/\s+/_/g;}
 +        $cima{$med} = [ @pas ];
 +}
 +close ADF;
 +</code>
 +
 +
 +Ahora cargo base de datos ya revisada, que si todo va bien sera el output del script anterior.
 +
 +<code perl>
 +my $dbfile = 'parsed_meds.csv';
 +
 +my %visits;
 +my %meds;
 +open IDF, "<$dbfile" or die "Database file do not exists\n";
 +while(<IDF>){
 +        my ($pid, $vid, $ldata) = /^(\d+);(\d+);(.*)$/;
 +</code>
 +
 +Pero voy a ir llenando el hash de output (// %visits //) a medida que leo. Primero meto toda la medicacion de la visita en un array,
 +
 +<code perl>
 +        if($ldata){
 +                my @mlist = split /,/, $ldata;
 +</code>
 +
 +y ahora, para cada elemento de este array, recorro las reglas, buscando si este termino existe dentro de alguna regla. 
 +
 +<code perl>
 +                foreach my $med (@mlist){
 +                        if ($med){
 +                                foreach my $rkey (sort keys %wrules){
 +                                        if(exists($wrules{$rkey}{$med})){
 +                                                foreach my $pa (@{$cima{$rkey}}){
 +                                                        $meds{$pa} = 1;
 +                                                        $visits{$pid}{$vid}{$pa} = 1;
 +                                                }
 +                                                last;
 +                                        }
 +                                }
 +                        }
 +                }
 +</code>
 +
 +Cuando encuentro este elemento en las reglas, marco tods los ID de principios activos correspondientes a este medicamento como existentes en esa visita y ademas los sumo a las variables que he de escribir. Si no se encuentra este termino, se concluye que no es ningun medicamento (pues no esta en ninguna regla) y no se hace nada.
 +
 +Una vez llenados los medicamentos de cada visita hemos de escribirlo en forma matricial. Primero escribimos los headers,
 +
 +<code perl>
 + open ODF, ">$ofile" or die "Could not open file !!!!!!\n";
 +print ODF "Interno,Fecha_visita";
 +foreach my $med (sort keys %meds){
 +        print ODF ",$med";
 +}
 +print ODF "\n";
 +</code>
 +
 +Y ahora llenamos los valores correspondientes a cada visita con un 1, caso de existir y un 0 en caso contrario.
 +
 +<code perl>
 +foreach my $pid (sort keys %visits){
 +        foreach my $vid (sort keys %{$visits{$pid}}){
 +                print ODF "$pid,$vid";
 +                foreach my $med (sort keys %meds){
 +                        if(exists($visits{$pid}{$vid}{$med})){
 +                                print ODF ",1";
 +                        }else{
 +                                print ODF ",0";
 +                        }
 +                }
 +                print ODF "\n";
 +        }
 +}
 +close ODF;
 +</code>
 +
 +**TADA!**
  
medicacion2021.1616939056.txt.gz · Last modified: 2021/03/28 13:44 by osotolongo

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