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get_fs_xnatapic_notas

Notas para obtener FS metrics del XNAT

Primero obtener el experiment_id del DCM.

[osotolongo@detritus bin]$ dckey -k "PatientID" /nas/corachan/f5cehbi/F001/F001____.SR.RM_CRANEO_PROT_.1.1.2020.03.07.15.56.02.523.38529109.dcm 2>&1
D99338338

Ahora obtener el xnat_code del experiment_id

[osotolongo@detritus ~]$ xnatapic list_experiments --project_id f5cehbi --label | grep D99338338 | awk -F"," {'print $1'}
XNAT_E00104

Ya se puede obtener el archivo de datos,

[osotolongo@detritus facehbi]$ xnatapic get_fsresults --experiment_id XNAT_E00104 --stats aseg fake
[osotolongo@detritus facehbi]$ ls fake/
aseg.stats
get_fs_xnatapic_notas.txt · Last modified: 2020/08/04 10:58 (external edit)