genetica:wgs
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genetica:wgs [2020/05/20 08:31] osotolongo [Opciones extra] |
genetica:wgs [2020/08/04 10:58] (current) |
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| Line 3: | Line 3: | ||
| El objetivo es definir un procedimiento que procese un numero grande de secuencias WGS en el menor tiempo posible. Para ello,una vez definido el pipeline deberemos automatizar las tareas e integrarlas en el schedule manager del cluster ([[: | El objetivo es definir un procedimiento que procese un numero grande de secuencias WGS en el menor tiempo posible. Para ello,una vez definido el pipeline deberemos automatizar las tareas e integrarlas en el schedule manager del cluster ([[: | ||
| + | ** Nota: Aunque el script de ejecución final está integrado en el cluster de Fundació ACE, puede ser modificado fácilmente para integrarlo en cualquier otro cluster que use [[https:// | ||
| ===== tl;dr ===== | ===== tl;dr ===== | ||
| < | < | ||
| Line 207: | Line 208: | ||
| </ | </ | ||
| - | < | + | < |
| $orderfile = $outdir.'/ | $orderfile = $outdir.'/ | ||
| open ORD, "> | open ORD, "> | ||
| Line 467: | Line 468: | ||
| </ | </ | ||
| ++++ | ++++ | ||
| - | + | {{: | |
| - | 8-) | + | 8-)}} |
| ===== Ejecucion ===== | ===== Ejecucion ===== | ||
| Line 633: | Line 634: | ||
| Digamos que de un pool de sujetos han fallado 2 o 3. No queremos tener que ejecutar el analisis para todos los sujetos, solo para los que han fallado. No queremos mover los sujetos que han fallado a un nuevo directorio pues atenta contra la organizacion del trabajo y el uso correcto del tiempo. | Digamos que de un pool de sujetos han fallado 2 o 3. No queremos tener que ejecutar el analisis para todos los sujetos, solo para los que han fallado. No queremos mover los sujetos que han fallado a un nuevo directorio pues atenta contra la organizacion del trabajo y el uso correcto del tiempo. | ||
| - | Para esto existe la opcion //-cut// | + | Para esto existe la opcion // |
| + | |||
| + | La forma correcta de utilizarlo es la siguiente. Ejemplo, si solo queremos que se ejecute el analisis en los sujetos //seq-8// y //seq-27//, hacemos el siguiente archivo, | ||
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| + | < | ||
| + | [osotolongo@brick03 WGS]$ cat / | ||
| + | seq-8 | ||
| + | seq-27 | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | y tras esto ejecutamos algo como, | ||
| + | |||
| + | < | ||
| + | $ ./wgs.pl -cut / | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | que hara todo el procedimiento pero solo para estos sujetos. | ||
| === debug === | === debug === | ||
genetica/wgs.1589963480.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:48 (external edit)
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