Detritus Wiki

La instalacion de esembl-vep deberia ser simple, pero no lo es. Dada la heterogeneidad de sistemas del cluster, es bastante complicado de instalar, ya que requiere versiones de modulos de Perl no disponibles para Centos 7 u 8.

Afortunadamente, existe un container Docker que podemos usar. No tenemos Docker instalado en el cluster, pero si Singularity. asi que basicamente construimos una imagen de singularity y la usamos.

Para usar el container docker, construimos la imagen de singularity. Nota: Hay que hacerlo en un brick por problemas de espacio en /tmp . Nota 2: Para actualizar la imagen se hace exactamente lo mismo,

[root@brick01 ~]# singularity build /nas/usr/local/opt/singularity/vep.simg docker://ensemblorg/ensembl-vep:latest
Build target already exists. Do you want to overwrite? [N/y] y
INFO:    Starting build...
Getting image source signatures
...
...
...
INFO:    Creating SIF file...
INFO:    Build complete: /nas/usr/local/opt/singularity/vep.simg

Lo mas sencillo para ejecutar el container es hacer un alias que haga todo el llamado y montaje de las unidades.

[smoreno@detritus ~]$ cat .alias
alias vep='singularity run --cleanenv -B /nas:/nas -B /the_dysk:/the_dysk /nas/usr/local/opt/singularity/vep.simg vep'

Asi, que para ejecutar el programa bastaria cargar los alias y hacer,

[smoreno@detritus ~]$ vep
#----------------------------------#
# ENSEMBL VARIANT EFFECT PREDICTOR #
#----------------------------------#

Versions:
  ensembl              : 101.856c8e8
  ensembl-funcgen      : 101.b918a49
  ensembl-io           : 101.943b6c2
  ensembl-variation    : 101.851c7e0
  ensembl-vep          : 101.0

Help: dev@ensembl.org , helpdesk@ensembl.org
Twitter: @ensembl

http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/index.html

Usage:
./vep [--cache|--offline|--database] [arguments]

Basic options
=============

--help                 Display this message and quit

-i | --input_file      Input file
-o | --output_file     Output file
--force_overwrite      Force overwriting of output file
--species [species]    Species to use [default: "human"]
                       
--everything           Shortcut switch to turn on commonly used options. See web
                       documentation for details [default: off]                       
--fork [num_forks]     Use forking to improve script runtime

For full option documentation see:
http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html