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genetica:pywgs

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genetica:pywgs [2020/10/16 14:09]
osotolongo [Usando containers]
genetica:pywgs [2020/10/22 10:23]
osotolongo [Programatic tree]
Line 464: Line 464:
 ord_content += '#SBATCH --mail-type=END\n' ord_content += '#SBATCH --mail-type=END\n'
 ord_content += '#SBATCH --mail-user='+os.environ.get('USER')+'\n' ord_content += '#SBATCH --mail-user='+os.environ.get('USER')+'\n'
-if(debug):+if not debug:
   ord_content += 'rm -rf '+wdir+'/*/tmp\n'   ord_content += 'rm -rf '+wdir+'/*/tmp\n'
 else: else:
Line 478: Line 478:
 {{:genetica:its_fucking_cool.gif?300| {{:genetica:its_fucking_cool.gif?300|
 8-)}} 8-)}}
 +
 +**Nota:** Aqui hemos usado la funcion //subprocess.getoutput()// para capturar el jobid del proceso que se ejecuta. Esto es dando por sentado que vamos a usar **Python 3**. Si vamos a usar **Python 2.7** o algo asi, en lugar de,
 +
 +<code python>
 +  jobid = subprocess.getoutput('sbatch --parsable --dependency=afterok:'+str(ujobid)+' '+orderfile)
 +</code>
 +
 +ha de hacerse algo asi,
 +
 +<code python>
 +  order = ['sbatch --parsable --dependency=afterok:'+str(ujobid)+' '+orderfile]
 +  jobid = int(subprocess.check_output(order, shell=True))
 +</code>
 ===== Ejecucion ===== ===== Ejecucion =====
  
genetica/pywgs.txt ยท Last modified: 2020/10/27 16:12 by osotolongo