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genetica:pywgs

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genetica:pywgs [2020/10/15 08:21]
osotolongo [Opciones extra] 		genetica:pywgs [2020/10/27 16:12]
osotolongo [Programatic tree]
Line 464: Line 464:
 ord_content += '#SBATCH --mail-type=END\n' ord_content += '#SBATCH --mail-type=END\n'
 ord_content += '#SBATCH --mail-user='+os.environ.get('USER')+'\n' ord_content += '#SBATCH --mail-user='+os.environ.get('USER')+'\n'
-if(debug):+if not debug:
   ord_content += 'rm -rf '+wdir+'/*/tmp\n'   ord_content += 'rm -rf '+wdir+'/*/tmp\n'
 else: else:
Line 478: Line 478:
 {{:genetica:its_fucking_cool.gif?300| {{:genetica:its_fucking_cool.gif?300|
 8-)}} 8-)}}
 +
 +----
 +
 +**Nota:** Aqui hemos usado la funcion //subprocess.getoutput()// para capturar el jobid del proceso que se ejecuta. Esto es dando por sentado que vamos a usar **Python 3**. Si vamos a usar **Python 2.7** o algo asi, en lugar de,
 +
 +<code python>
 +  jobid = subprocess.getoutput('sbatch --parsable --dependency=afterok:'+str(ujobid)+' '+orderfile)
 +</code>
 +
 +ha de hacerse algo asi,
 +
 +<code python>
 +  order = ['sbatch --parsable --dependency=afterok:'+str(ujobid)+' '+orderfile]
 +  jobid = int(subprocess.check_output(order, shell=True))
 +</code>
 +
 +----
 ===== Ejecucion ===== ===== Ejecucion =====
  
Line 684: Line 701:
 gatk4 = container+' gatk --java-options "-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true -Xmx16G"' gatk4 = container+' gatk --java-options "-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true -Xmx16G"'
 gatk4_l = container+' gatk --java-options "-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true -Xmx16G -XX:+UseConcMarkSweepGC"' gatk4_l = container+' gatk --java-options "-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true -Xmx16G -XX:+UseConcMarkSweepGC"'
 +</code>
 +
 +en principio todo los demas es igual,
 +
 +<code>
 +[osotolongo@brick03 wgs]$ bin/cwgs.py -o /home/osotolongo/wgs/temp -c only.txt -s /the_dysk/BGI_exome/F18FTSEUET0180/HUMehbE/
 +Submitted batch job 76
 +Submitted batch job 77
 +Submitted batch job 78
 +Submitted batch job 79
 +Submitted batch job 83
 +Submitted batch job 84
 +Submitted batch job 85
 +Submitted batch job 86
 +Submitted batch job 90
 +Submitted batch job 91
 +Submitted batch job 92
 +Submitted batch job 93
 +Submitted batch job 97
 +[osotolongo@brick03 wgs]$ squeue
 +             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON) 
 +                80      fast sam_seq- osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                81      fast verify_s osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                82      fast validate osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                87      fast sam_seq- osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                88      fast verify_s osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                89      fast validate osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                94      fast sam_seq- osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                95      fast verify_s osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                96      fast validate osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                97      fast  wgs_end osotolon PD       0:00      1 (Dependency) 
 +                76      fast sam_seq- osotolon  R       0:08      1 brick01 
 +                77      fast sam_seq- osotolon  R       0:08      1 brick01 
 +                78      fast sam_seq- osotolon  R       0:08      1 brick01 
 +                79      fast sam_seq- osotolon  R       0:07      1 brick01 
 +                83      fast sam_seq- osotolon  R       0:05      1 brick01 
 +                84      fast sam_seq- osotolon  R       0:05      1 brick01 
 +                85      fast sam_seq- osotolon  R       0:05      1 brick01 
 +                86      fast sam_seq- osotolon  R       0:05      1 brick01 
 +                90      fast sam_seq- osotolon  R       0:05      1 brick02 
 +                91      fast sam_seq- osotolon  R       0:05      1 brick02 
 +                92      fast sam_seq- osotolon  R       0:05      1 brick02 
 +                93      fast sam_seq- osotolon  R       0:05      1 brick02 
 </code> </code>
  
genetica/pywgs.txt ยท Last modified: 2020/10/27 16:12 by osotolongo

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