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genetica:preproc_models

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Como preparar un metanalisi de los modelos de plink

Corriendo los modelos

Para sacar el analisis de modelos que esta implementado en plink se ejecuta algo como

$ plink plink --bfile archivo --model --allow-no-sex --out archivo

Esto deja el resultado en un archivo llamado archivo.model. Como aqui el objetivo final es un meta analisi vamos a ahcerlo para todas las DB del Variomics,

$ for x in `ls ../Variomics/*.bed`; do plink --bfile ${x%.bed} --model --allow-no-sex --out $(basename ${x%.bed}); done

Esto deja una serie de archivos de resultado,

[osotolongo@detritus models]$ ls -lah *.model
-rw-rw-r-- 1 osotolongo osotolongo 479M May 15 13:18 ADMURimpQC2.model
-rw-rw-r-- 1 osotolongo osotolongo 831M May 15 13:20 ADNIimpQC2.model
-rw-rw-r-- 1 osotolongo osotolongo 692M May 15 13:22 GenADA_impQC2.model
-rw-rw-r-- 1 osotolongo osotolongo 805M May 15 13:25 NIA_AD_impQC2.model
-rw-rw-r-- 1 osotolongo osotolongo 597M May 15 13:26 TGEN_impQC2.model
genetica/preproc_models.1368617906.txt.gz · Last modified: 2020/08/04 10:48 (external edit)