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genetica:bonngwas_all

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genetica:bonngwas_all [2013/01/31 13:41]
tgif
genetica:bonngwas_all [2020/08/04 10:58] (current)
Line 48: Line 48:
  
 my $ifile = shift; my $ifile = shift;
- 
 die "Must supply input filename!\n" unless ($ifile); die "Must supply input filename!\n" unless ($ifile);
- 
 (my $bn) = $ifile =~ /^(.*)\..*$/; (my $bn) = $ifile =~ /^(.*)\..*$/;
 my $pfile = $bn.'.proxies'; my $pfile = $bn.'.proxies';
 my $ofile = $bn.'.pairs'; my $ofile = $bn.'.pairs';
- 
 my $tl = int qx/wc -l $ifile | awk {'print \$1'}/; my $tl = int qx/wc -l $ifile | awk {'print \$1'}/;
- 
- 
 open(IPF, "<$ifile") or die "Cant open input file\n"; open(IPF, "<$ifile") or die "Cant open input file\n";
- 
- 
 my @pairs; my @pairs;
- 
 print "looking for pairs in $tl inputs...\n"; print "looking for pairs in $tl inputs...\n";
- 
 my $l = 0; my $l = 0;
- 
 while(<IPF>){ while(<IPF>){
  (my $a, my $b) = /(rs\d{1,18})\s+(rs\d{1,18})/;  (my $a, my $b) = /(rs\d{1,18})\s+(rs\d{1,18})/;
Line 76: Line 66:
  my @aps = uniq get_proxies($a, $pfile);  my @aps = uniq get_proxies($a, $pfile);
  my @bps = uniq get_proxies($b, $pfile);  my @bps = uniq get_proxies($b, $pfile);
- 
  foreach my $ap (sort @aps){  foreach my $ap (sort @aps){
  foreach my $bp (sort @bps){  foreach my $bp (sort @bps){
Line 120: Line 109:
 </code> </code>
  
-5.- TRas esto ya se puede correr intersnp deuna manera racional.+5.- Tras esto ya se puede correr intersnp deuna manera racional.
  
-PAr alos dos ultimos pasos hemos hecho un script que engloba el procesamiento de un test en todas las DBs.+Para los dos ultimos pasos hemos hecho un script que engloba el procesamiento de un test en todas las DBs.
  
 <code perl isnp4all.pl> <code perl isnp4all.pl>
genetica/bonngwas_all.1359639713.txt.gz ยท Last modified: 2020/08/04 10:48 (external edit)