# Detritus Wiki

### Site Tools

genetica:bonngwas

#### BonnGWAS

Organizando SNPs de T. Becker

1.- Poniendolos en una linea

for x in list*.txt; do cat $x | awk {'print$1'} >> ${x%.txt}.cont; cat$x | awk {'print $2'} >>${x%.txt}.cont; sort ${x%.txt}.cont >${x%.txt}.sc; rm ${x%.txt}.cont; done Que estupidez!!!!! Asi mejor: $ for x in list*.txt; do cat $x | awk {'print$1"\n"$2'} | sort | uniq >${x%.txt}.sc; done

2.- Buscando proxys

SNP data set: 1000 Genomes Pilot 1
r2 threshold: 0.7
Population panel: CEU
Distance limit: 100

→ .proxies

3.- Proxies reales

$find_pairs.pl x.txt ->construye las parejas de proxies tomando las parejas originales de x.txt y los proxies de cada marcador de x.proxies. Escribe el resultado en x.pairs 4.- Despues hemos hecho esto: $ cat *.pairs | sort | uniq -cd > pairs.txt
$sort -r pairs.txt > p2.txt$ cat p3.txt | awk '{print $2" "$3}' > p4.txt

Resumiendo:

$cat *.pairs | sort | uniq -cd | sort -r | awk '{print$2" "$3}| > p4.txt  y para los sets: $ awk '{print $1}' p4.txt > set1.txt$ awk '{print $2}' p4.txt > set2.txt$ sort set1.txt | uniq > set1a.txt
$sort set2.txt | uniq > set2a.txt$ cat set1a.txt set2a.txt > sets.txt

Resumiendo:

$awk '{print$1}' p4.txt | sort | uniq > set1.txt
$awk '{print$2}' p4.txt | sort | uniq > set2.txt
$cat set1.txt set2.txt > sets.txt O incluso en una linea, (no estoy seguro de que funcione) $ cat awk '{print $1}' p4.txt | sort | uniq awk '{print$2}' p4.txt | sort | uniq > sets.txt

$nohup plink --bfile /home/data/Variomics/TGEN_impQC2 --epistasis --epi1 1 --epi2 1 --set-test --set sets.txt --allow-no-sex --out /home/aruiz/Downloads/p4/TGEN_impQC2_sets &  Nota: Antes hay que editar sets.txt, $ head ../sets.txt
rs10000964
rs10002814
rs10002954
rs10003224
rs10005124
rs10005324
rs10007504
rs10008064
rs10008274

5.- Luego que ya tenemos los resultados de plink, usar /opt/gntics/grep4dbs.sh o /opt/gngtics/gpcc.pl

$grep4dbs.sh ../p4.txt ADMURimpQC2_sets.epi.cc GenADA_impQC2_sets.epi.cc TGEN_impQC2_sets.epi.cc ADNIimpQC2_sets.epi.cc NIA_AD_impQC2_sets.epi.cc$ awk {'print $1" "$3" "$2" "$4" "$5" "$6" "$7'} db.epi.cc > db.epi.cc_tmp.reorder$ gpcc.pl ../p4.txt db.epi.cc_tmp.reorder
$mv db.epi.cc_tmp.reorder.cool db.epi.cc.ok 6.- Meta-analisis!!!!!!! Segun, Combining probability from independent tests: the weighted Z-method is superior to Fisher’s approach, M. C. WHITLOCK, doi: 10.1111/j.1420-9101.2005.00917.x, el meta se hace con este codigo (corriendo /opt/gntics/zscore.pl) . La forma mas simple sigue la expresión, $$Z = \frac{1}{\sqrt{k}} \sum_{i=1}^{k} Z_{i}$$ siendo$Z(p) = \phi^{-1}(p)$y$\phi\$ la CDF de la normal. Luego,

$$p = \phi (Z) = \phi \left( \frac{1}{\sqrt{k}} \sum_{i=1}^{k} \phi^{-1}(p_i) \right)$$

Para la CDf e ICDF se usa http://search.cpan.org/~callahan/Math-CDF-0.1/CDF.pm