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cluster

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cluster [2018/09/20 09:11]
osotolongo
cluster [2020/08/04 10:58] (current)
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 [[https://youtu.be/q5SG7U76tls | Get it started ]] [[https://youtu.be/q5SG7U76tls | Get it started ]]
  
-El cluster (//brick//) consta de cuatro nodos (//brick00, brick01, brick02 y brick03//). Lo que sigue describe la operativa básica para ejecutar tareas en estas maquinas de una manera ordenada+El cluster (//brick//) consta de tres nodos (//brick01, brick02 y brick03//). Lo que sigue describe la operativa básica para ejecutar tareas en estas maquinas de una manera ordenada
  
 {{ ::topologia.png?direct&300 |}} {{ ::topologia.png?direct&300 |}}
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 mas: https://wiki.fysik.dtu.dk/niflheim/SLURM#configure-slurm mas: https://wiki.fysik.dtu.dk/niflheim/SLURM#configure-slurm
 +
 +
 +----
 +
 +**Nota**: Todo lo que estaba hecho en Perl, usando HPC, ha dejado de funcionar. Los modulos dan error. NO obstante, los docs estan aqui: [[oldway_cluster|HPC::Runner::Slurm (AKA the hat trick)]]
 +
 +----
  
 ==== The real life (--multi-prog) ==== ==== The real life (--multi-prog) ====
 +
 +[[https://www.youtube.com/watch?v=PstrAfoMKlc|Fighter]]
 +
 +Vamos a intentar usar todo esto para algo util. Digamos que queremos ejecutar un programa con diferentes argumentos en los nodos del cluster. Para ello usamos **sbatch**
 +
 +<code>
 +$ sbatch test.sh
 +</code>
 +
 +El script //test.sh// no es un programa real sino que es una orden de ejecucion de las tareas.
 +
 +<code bash test.sh>
 +#!/bin/bash
 +#SBATCH --time=100
 +#SBATCH --ntasks-per-node=20
 +#SBATCH -n 50
 +#SBATCH --mail-type=ALL
 +#SBATCH --mail-user=osotolongo
 +srun --exclusive --multi-prog test.conf
 +</code>
 +
 +Este script lo unico que hace es configurar minimamente **sbatch** y lanzar el comando **srun**. 
 +  * La directiva //time// especifica cuantos minutos dejaremos correr el trabajo. Con //--time=0// no se aplica límite de tiempo. 
 +  * Las directivas importantes aqui son //--ntasks-per-node=20// y //-n 50//. La primera dice a **sbatch** que lance 20 tareas en cada nodo, la segunda que hay un total de 50 tareas. para que todo vaya bien n/ntask-per-node < 3. Por ejemplo si ponemos //--ntasks-per-node=10//, entonces dara error porque 50/10=5. //Esto se puede quitar pero si lanzamos 50 tareas las metera todas en brick01 y el ejemplo no servira de nada//.
 +  * Las directivas //--mail-type=ALL// y //--mail-user=osotolongo// dicen que envie por email todo lo que ocurra al usuario //osotolongo//. Si el usuario de cada uno esta bien configurado, esto deberia funcionar para cada uno con solo cambiar el nombre.
 +  * El comando **srun** lee el archivo //test.conf// y ejecuta las ordenes que hay dentro de este archivo.
 +
 +El archivo //test.conf// tiene la siguiente estructura
 +<code>
 +0       test_runner.sh test/blah1.txt
 +1       test_runner.sh test/blah2.txt
 +2       test_runner.sh test/blah3.txt
 +3       test_runner.sh test/blah4.txt
 +4       test_runner.sh test/blah5.txt
 +5       test_runner.sh test/blah6.txt
 +.
 +.
 +.
 +45      test_runner.sh test/blah46.txt
 +46      test_runner.sh test/blah47.txt
 +47      test_runner.sh test/blah48.txt
 +48      test_runner.sh test/blah49.txt
 +49      test_runner.sh test/blah50.txt
 +</code>
 +
 +La primer columna debe numerar las tareas, comenzando en **0** y terminando en **n-1**.La segunda columna no es mas que la orden a ejecutar (en el ejemplo //test_runner.sh//),con todos los argumentos correspondientes (en este caso un nombre de archivo).
 +
 +=== Probando ===
 +
 +<code>
 +[osotolongo@detritus cluster]$ sbatch test.sh 
 +Submitted batch job 842
 +[osotolongo@detritus cluster]$ squeue
 +             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
 +               842     debug  test.sh osotolon  R       0:03      3 brick[01-03]
 +</code>
 +
 +El programa a ejecutar es un script sencillo que recibe como argumento un nombre de archivo,
 +
 +<code>
 +[osotolongo@detritus cluster]$ cat test_runner.sh 
 +#!/bin/sh
 +file=$1
 +count=0
 +while [ $count -le 10 ]
 +do
 +        echo $count >> $file
 +        ((count++))
 +        sleep 50
 +done
 +echo Nice! >> $file
 +</code>
 +
 +y tambien me he escrito un script para que me escriba el //test.conf//,
 +
 +<code>
 +[osotolongo@detritus cluster]$ cat test_generator.sh 
 +#!/bin/sh
 +count=0
 +while [ $count -lt 50 ]
 +do
 +        cn=$((count+1))
 +        echo "$count    test_runner.sh test/blah${cn}.txt" >> test.conf
 +        ((count++))
 +done
 +</code>
 +
 +Luego, corro primero,
 +
 +<code>
 +$ ./test_generator.sh
 +</code>
 +
 +que me hace el //test.conf// y luego,
 +
 +<code>
 +$ sbatch test.sh
 +</code>
 +
 +Los archivos se generan correctamente,
 +
 +<code>
 +[osotolongo@detritus cluster]$ ls test
 +blah10.txt  blah15.txt  blah1.txt   blah24.txt  blah29.txt  blah33.txt  blah38.txt  blah42.txt  blah47.txt  blah5.txt
 +blah11.txt  blah16.txt  blah20.txt  blah25.txt  blah2.txt   blah34.txt  blah39.txt  blah43.txt  blah48.txt  blah6.txt
 +blah12.txt  blah17.txt  blah21.txt  blah26.txt  blah30.txt  blah35.txt  blah3.txt   blah44.txt  blah49.txt  blah7.txt
 +blah13.txt  blah18.txt  blah22.txt  blah27.txt  blah31.txt  blah36.txt  blah40.txt  blah45.txt  blah4.txt   blah8.txt
 +blah14.txt  blah19.txt  blah23.txt  blah28.txt  blah32.txt  blah37.txt  blah41.txt  blah46.txt  blah50.txt  blah9.txt
 +</code>
 +
 +y el contenido es el que debe ser,
 +
 +<code>
 +[osotolongo@detritus cluster]$ cat test/blah1.txt
 +0
 +1
 +2
 +3
 +4
 +5
 +6
 +7
 +8
 +9
 +10
 +Nice!
 +</code>
 +
 +Los emails también se envian correctamente,
 +
 +{{ ::screenshot_from_2018-09-20_11-45-17.png?nolink |}}
 +
 +==== Hard batching ====
 +
 +[[https://www.youtube.com/watch?v=86URGgqONvA|Run to the hills]]
 +
 +El procedimiento anterior funciona OK cuando se lanzan pocas tareas que consuman tiempo. Si hemos de lanzar muchas tareas rapidas lo mejor no es usar un solo //srun// con el switch //--multi-prog// sino lanzar un //sbatch// para cada proceso.
 +
 +Ahora el //test_generator// es distinto, cada proceso se ejecutara con un sbatch, que hay que construir en un bucle. Luego basta con hacer un ejecutable que lance los //sbatch// consecutivamente,
 +<code bash test_generator2.sh>
 +#!/bin/sh
 +#Creo los batch a ejecutar
 +count=0
 +while [ $count -lt 50 ]
 +do
 +        cn=$((count+1))
 +        echo "#!/bin/bash" > test_run_${cn}.sh
 +        echo "#SBATCH -J test" >> test_run_${cn}.sh
 +        echo "#SBATCH --mail-type=FAIL,TIME_LIMIT,STAGE_OUT" >> test_run_${cn}.sh
 +        echo "#SBATCH --mail-user=`whoami`" >> test_run_${cn}.sh
 +        echo "srun test_runner.sh test/blah${cn}.txt" >> test_run_${cn}.sh
 +        ((count++))
 +done
 +#Creo un archivo que ejecute los batch
 +count=0
 +echo "#!/bin/bash" > test.sh
 +while [ $count -lt 50 ]
 +do
 +        cn=$((count+1))
 +        echo "sbatch test_run_${cn}.sh" >> test.sh
 +        ((count++))
 +done
 +# Creo un script de aviso
 +echo "#!/bin/bash" > mailme.sh
 +echo "#SBATCH -J test" >> mailme.sh
 +echo "#SBATCH --mail-type=END" >> mailme.sh
 +echo "#SBATCH --mail-user=`whoami`" >> mailme.sh
 +echo "srun :" >> mailme.sh
 +echo "sbatch --dependency=singleton mailme.sh" >> test.sh
 +chmod +x test.sh
 +</code>
 +**Nota:** Cada proceso se ejecuta independientemente y solo envia emails en caso de fallo, para recibir un aviso cuando se termina la ejecucion es necesario crear y ejecutar un porceso que lo haga y que dependa especificamente de que todos los procesos previos terminen. La forma natural es ejecutarlo con el comando //sbatch --dependency=singleton//, pero ojo que esto se ejecutara cuando todos los procesos con elmismo nombre y bajo el mismo usuario hayan terminado, asi que ha de asignarse a cada proceso el mismo nombre (//swarm//). Si hay que lanzar dos //swarm// diferentes hay que hacerlo con un nombre distinto y correr porque seras condenado a la guillotina por el administrador del cluster. Ojo, que este proceso (que aparece como Dependency bajo //squeue//) en realidad no hace nada, solo manda un email cuando se ejecuta.
 +Vamos a probarlo,
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus cluster]$ ./test_generator2.sh 
 +[osotolongo@detritus cluster]$ ls
 +mailme.sh     test_run_10.sh  test_run_15.sh  test_run_1.sh   test_run_24.sh  test_run_29.sh  test_run_33.sh  test_run_38.sh  test_run_42.sh  test_run_47.sh  test_run_5.sh  test_runner.sh
 +test     test_run_11.sh  test_run_16.sh  test_run_20.sh  test_run_25.sh  test_run_2.sh   test_run_34.sh  test_run_39.sh  test_run_43.sh  test_run_48.sh  test_run_6.sh  test.sh
 +test.conf     test_run_12.sh  test_run_17.sh  test_run_21.sh  test_run_26.sh  test_run_30.sh  test_run_35.sh  test_run_3.sh   test_run_44.sh  test_run_49.sh  test_run_7.sh
 +test_generator2.sh  test_run_13.sh  test_run_18.sh  test_run_22.sh  test_run_27.sh  test_run_31.sh  test_run_36.sh  test_run_40.sh  test_run_45.sh  test_run_4.sh   test_run_8.sh
 +test_generator.sh   test_run_14.sh  test_run_19.sh  test_run_23.sh  test_run_28.sh  test_run_32.sh  test_run_37.sh  test_run_41.sh  test_run_46.sh  test_run_50.sh  test_run_9.sh
 +[osotolongo@detritus cluster]$ cat test_run_1.sh
 +#!/bin/bash
 +#SBATCH -J test
 +#SBATCH --mail-type=FAIL,TIME_LIMIT,STAGE_OUT
 +#SBATCH --mail-user=osotolongo
 +srun test_runner.sh test/blah1.txt
 +[osotolongo@detritus cluster]$ cat test.sh
 +#!/bin/bash
 +sbatch test_run_1.sh
 +sbatch test_run_2.sh
 +sbatch test_run_3.sh
 +sbatch test_run_4.sh
 +sbatch test_run_5.sh
 +...................
 +sbatch test_run_50.sh
 +sbatch --dependency=singleton mailme.sh
 +
 +[osotolongo@detritus cluster]$ ./test.sh 
 +Submitted batch job 15262
 +Submitted batch job 15263
 +Submitted batch job 15264
 +Submitted batch job 15265
 +Submitted batch job 15266
 +Submitted batch job 15267
 +Submitted batch job 15268
 +...............
 +
 +[osotolongo@detritus cluster]$ squeue
 +             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
 +             15312     devel     test osotolon PD       0:00      1 (Dependency)
 +             15262     devel     test osotolon  R       0:03      1 brick01
 +             15263     devel     test osotolon  R       0:03      1 brick01
 +             15264     devel     test osotolon  R       0:03      1 brick01
 +             15265     devel     test osotolon  R       0:00      1 brick01
 +             15266     devel     test osotolon  R       0:00      1 brick01
 +....................
 +</code>
 +
 +{{::email_done.png|}}
 +
 +
 +===== Paralelizando un archivo de ordenes =====
 +
 +Podemos abstraer todo esto en un script simple para paralelizar las ordenes escritas en un solo archivo.
 +
 +Ejemplo, este script,
 +
 +<code perl slurmize.pl>
 +#!/usr/bin/perl
 +use strict;
 +use warnings;
 +
 +#Cambiar aqui el tiempo maximo de ejecucion
 +my $time = '3:0:0';
 +
 +my $ifile = $ARGV[0];
 +my $wdir = 'slurm';
 +mkdir $wdir;
 +my $count = 0;
 +open IPDF, "<$ifile" or die "Could not open input file\n$!\n";
 +while (<IPDF>) {
 +        $count++;
 +        my $ofile = sprintf ("%s_%04d", 'sorder', $count);
 +        $ofile = $wdir.'/'.$ofile;
 +        open ORD, ">$ofile";
 +        print ORD '#!/bin/bash'."\n";
 +        print ORD '#SBATCH -J '.$ifile."\n";
 +        print ORD '#SBATCH -c 8'."\n";
 +        print ORD '#SBATCH --mem-per-cpu=4G'."\n";
 +        print ORD '#SBATCH --time='.$time."\n"; #si no ha terminado en X horas matalo
 +        print ORD '#SBATCH --mail-type=FAIL,TIME_LIMIT,STAGE_OUT'."\n"; #que mande email solo cuando falle
 +        print ORD '#SBATCH --mail-user='."$ENV{'USER'}\n";
 +        print ORD '#SBATCH -p fast'."\n";
 +        print ORD '#SBATCH -o '.$wdir.'/'.$ifile.'-%j'."\n";
 +        print ORD "srun $_\n";
 +        close ORD;
 +        system("sbatch $ofile");
 +}
 +close IPDF;
 +my $orderfile = $wdir.'/'.$ifile.'_end.sh';
 +open ORD, ">$orderfile";
 +print ORD '#!/bin/bash'."\n";
 +print ORD '#SBATCH -J '.$ifile."\n";
 +print ORD '#SBATCH --mail-type=END'."\n"; #email cuando termine
 +print ORD '#SBATCH --mail-user='."$ENV{'USER'}\n";
 +print ORD '#SBATCH -o '.$wdir.'/'.$ifile.'_end-%j'."\n";
 +print ORD ":\n";
 +close ORD;
 +my $xorder = 'sbatch --dependency=singleton'.' '.$orderfile;
 +exec($xorder);
 +</code>
 +
 +lee un archivo de entrada y ejecuta cada linea como una tarea de SLURM. Para esto basta hacer,
 +
 +<code bash>
 +$ ./slurmize.pl ordenes.txt
 +</code>
 +
 +donde //ordenes.txt// es cualquier listado de tareas.
 +
 +==== ejemplo ====
 +  * Las ordenes deben ejecutarse dentro del directorio /nas/ para que el sistema de archivos sea accesible a todos los nodos.
 +  * Escribo las ordenes dentro de un archivo (en este caso //test//)
 +  * Ejecuto el script dando como argumento el nombre del archivo de ordenes
 +  * Las tareas seenvian a los nodos del cluster
 +  * El output (STDOUT & STDERR) queda dentro del directorio //slurm// en un archivo distinto para cada proceso
 +  * Tambien pueden mirarse los scripts individuales que quedan en el mismo directorio
 +
 +
 +<code bash>
 +[osotolongo@detritus slurmit]$ pwd
 +/nas/osotolongo/slurmit
 +[osotolongo@detritus slurmit]$ cat test
 +sleep 2000;hostname
 +sleep 2000;hostname
 +sleep 2000;hostname
 +[osotolongo@detritus slurmit]$ ./slurmize.pl test
 +Submitted batch job 129583
 +Submitted batch job 129584
 +Submitted batch job 129585
 +Submitted batch job 129586
 +[osotolongo@detritus slurmit]$ squeue | grep test
 +            129586      fast     test osotolon PD       0:00      1 (Dependency)
 +            129583      fast     test osotolon  R       0:06      1 brick02
 +            129584      fast     test osotolon  R       0:06      1 brick02
 +            129585      fast     test osotolon  R       0:06      1 brick02
 +[osotolongo@detritus slurmit]$ tree
 +.
 +├── slurm
 +│   ├── sorder_0001.sh
 +│   ├── sorder_0002.sh
 +│   ├── sorder_0003.sh
 +│   ├── test-129583
 +│   ├── test-129584
 +│   ├── test-129585
 +│   └── test_end.sh
 +├── slurmize.pl
 +└── test
 +
 +1 directory, 9 files
 +
 +</code>
 +
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