#!/bin/bash

PROY=$1
shift
SUBJECT=$1
shift
DIR=$1
shift

echo PROY=$PROY
echo SUBJECT=$SUBJECT
echo DIR=$DIR

#Todos los archivos en el directorio son de la misma fecha y paciente
PTID=$(dckey -k "PatientID" "$(find "${DIR}/" -type f | head -n 1)" 2>&1 | sed 's/[ \t]$//g')
#Es posible que justo el primer archivo de la serie no tenga PatientID: buscamos el primero que lo tenga
for f in $(find "$DIR/" -type f); do
	if PTID=$(dckey -k "PatientID" "$f" 2>&1 | sed 's/[ \t]$//g') && ! [ -z "$PTID" ] ; then
		break
	fi
done
echo PTID=$PTID

#Crear el proyecto y el sujecto
if [[ -z $(xnatapic list_projects --project_id ${PROY}) ]]; then
        xnatapic create_project --project_id ${PROY};
fi
if [[ -z $(xnatapic list_subjects --project_id ${PROY} --subject_id ${SUBJECT}) ]]; then
         xnatapic create_subject --project_id ${PROY} --subject_id ${SUBJECT};
fi

#Subir los archivos
xnatapic upload_dicom --project_id ${PROY} --subject_id ${SUBJECT} --experiment_id ${PTID} --mixed-series ${DIR}
 
#Ejecutar pipeline de conversion
DCMC=$(xnatapic list_pipelines --project_id ${PROY} | grep DicomToNifti_Y)
if [[ $DCMC == DicomToNifti_Y ]]; then 
        xnatapic run_pipeline --project_id ${PROY} --pipeline DicomToNifti_Y --experiment_id ${PTID}; 
fi