#!/bin/bash mkdir fsga_ awk -F',' '{if($) print}' fsga_data_swicv.csv > fsga_/fsga_data.csv awk -F',' '{print "Input "$1" Main",$2,$4,$}' fsga_/fsga_data.csv | sed 's/Input internal_id_fac Main/Variables/;s/ydiff/Years/;s/age/Age/;s/sex/Gender/;s/level_education_fac/Education/' > fsga_/_body.csv echo 'GroupDescriptorFile 1' > fsga_/headers_.txt echo 'Title FACEBI_verbs_' >> fsga_/headers_.txt echo 'Class Main' >> fsga_/headers_.txt echo '0 0 0 1' > fsga_/.mtx cat fsga_/headers_.txt fsga_/_body.csv > fsga_/.fsgd awk -F',' '{print "Input "$1" Main",$2,$4,$,$13}' fsga_/fsga_data.csv | sed 's/Input internal_id_fac Main/Variables/;s/ydiff/Years/;s/age/Age/;s/sex/Gender/;s/level_education_fac/Education/' > fsga_/v_body.csv cat fsga_/headers_.txt fsga_/v_body.csv > fsga_/v.fsgd echo '0 0 0 1 0' > fsga_/v.mtx [osotolongo@brick03 fsga]$ cat templates/runner.sh #!/bin/bash ## area mris_preproc --fsgd v.fsgd --cache-in area.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi lh --out lh..area.10.mgh mris_preproc --fsgd v.fsgd --cache-in area.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi rh --out rh..area.10.mgh mri_glmfit --y lh..area.10.mgh --fsgd v.fsgd --C v.mtx --surf fsaverage lh --glmdir lh.a.glmdir mri_glmfit --y rh..area.10.mgh --fsgd v.fsgd --C v.mtx --surf fsaverage rh --glmdir rh.a.glmdir mri_glmfit-sim --glmdir lh.a.glmdir --cache 3 neg --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir lh.a.glmdir --cache 3 pos --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir rh.a.glmdir --cache 3 neg --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir rh.a.glmdir --cache 3 pos --cwp 0.05 --2spaces ## thickness mris_preproc --fsgd .fsgd --cache-in thickness.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi lh --out lh..thickness.10.mgh mris_preproc --fsgd .fsgd --cache-in thickness.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi rh --out rh..thickness.10.mgh mri_glmfit --y lh..thickness.10.mgh --fsgd .fsgd --C .mtx --surf fsaverage lh --glmdir lh..glmdir mri_glmfit --y rh..thickness.10.mgh --fsgd .fsgd --C .mtx --surf fsaverage rh --glmdir rh..glmdir mri_glmfit-sim --glmdir lh..glmdir --cache 3 neg --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir lh..glmdir --cache 3 pos --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir rh..glmdir --cache 3 neg --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir rh..glmdir --cache 3 pos --cwp 0.05 --2spaces ## volume mris_preproc --fsgd v.fsgd --cache-in volume.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi lh --out lh..volume.10.mgh mris_preproc --fsgd v.fsgd --cache-in volume.fwhm10.fsaverage --target fsaverage --hemi rh --out rh..volume.10.mgh mri_glmfit --y lh..volume.10.mgh --fsgd v.fsgd --C v.mtx --surf fsaverage lh --glmdir lh.v.glmdir mri_glmfit --y rh..volume.10.mgh --fsgd v.fsgd --C v.mtx --surf fsaverage rh --glmdir rh.v.glmdir mri_glmfit-sim --glmdir lh.v.glmdir --cache 3 neg --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir lh.v.glmdir --cache 3 pos --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir rh.v.glmdir --cache 3 neg --cwp 0.05 --2spaces mri_glmfit-sim --glmdir rh.v.glmdir --cache 3 pos --cwp 0.05 --2spaces